S’intéressant très tôt à la biologie et à la zoologie, Claparède entreprend des études de médecine couronnées par un doctorat en 1897. Parallèlement il s’oriente vers la psychologie et devient en 1904 directeur du laboratoire de psychologie à la faculté des sciences de l’université de Genève. Il y occupera la chaire de psychologie  jusqu’à sa mort. Il crée en 1912 l’école des sciences de l’éducation (Institut J.-J. Rousseau). Ses intérêts ont été très divers au cours de sa carrière. Il aborde des questions de perception, de psychologie animale, de psychologie juridique (il étudie en détail les mécanismes du témoignage), de psychologie de l’enfant, de pédagogie, etc. Ses idées sont marquées par le concept de fonction adaptative issu de ses préoccupations biologiques qu’il applique à la vie mentale. S’opposant aux théories associationnistes, Claparède montre que l’intelligence est une fonction active d’adaptation aux situations nouvelles. Face à une situation inconnue le sujet procède à des tâtonnements qui l’orientent dans la recherche d’hypothèses à vérifier.

Claparède est l’un des deux ou trois psychologues qui ont profondément nourri la psychologie de Piaget, notamment par sa psychologie de l’enfant et par sa psychologie de l’intelligence. Il y a certes chez les deux auteurs une approche plus complémentaire qu’identique par rapport au développement ou au fonctionnement de l’intelligence, dans la mesure où Claparède insiste bien davantage sur la dimension fonctionnelle de l’intelligence que sur son organisation ou sa structure. Pourtant, en étudiant des processus comme la prise de conscience ou la résolution de problème, Claparède a abouti à des résultats que Piaget n’aura aucune peine à intégrer dans sa psychologie; ces processus sont en effet des composantes des mécanismes de construction cognitive.

Mais c’est peut-être surtout comme fondateur et comme directeur de l’Institut Jean-Jacques Rousseau que Claparède a pu jouer un rôle de tout premier plan par rapport aux activités de Piaget en psychologie. Non seulement il lui a offert dès 1921 une charge de chef de travaux à l’Institut qui lui a permis de pouvoir très rapidement réaliser de nombreuses recherches sur la genèse des notions scientifiques, mais de plus la notoriété de Claparède, ainsi que les très nombreux échanges qu’il avait avec les psychologues du monde entier, ont facilité une reconnaissance quasi immédiate de son jeune collègue, alors très vite considéré comme un leader en psychologie génétique de l’intelligence.

Les principaux ouvrages de Claparède sont "L’association des idées" (1903), "Psychologie de l’enfant et pédagogie expérimentale" (1909), "L’éducation fonctionnelle" (1931) et un mémoire portant sur "La genèse de l’hypothèse" (1933).