Le fils d’Otton II, un enfant, ne pouvait gouverner et certains surent faire observer que l'empereur était déjà mort quand le couronnement du jeune Otton eut lieu et que, par conséquent, la légitimité n'était pas totale. Henri le Querelleur, maintenu en prison, parvint à s'enfuir et manifesta ses prétentions au trône. Il réussit à s'emparer à la fois du jeune souverain et des insignes royaux et prétendit à la royauté. Il l’obtint mais les évêques (avec à leur tête l’archichapelain Willigis) qui, dans un premier temps, avaient cru, eux aussi, que le choix d'un chef capable d'agir tout de suite s'imposait, reconnurent que si Otton III ne pouvait évidemment rien faire par lui-même, sa mère (Théophano) et sa grand-mère (Adélaïde) avaient les qualités requises pour gouverner à sa place. Il apparut très vite que la rébellion était condamnée par la majorité, et Henri le Querelleur ne tarda pas à faire sa soumission à Pâques 984. Mais des pans entiers de l’édifice d’Otton Ier s’effondrent : à l’Est, au Nord et aussi à l’intérieur du royaume avec les prétentions de Henri le Querelleur (que l’on calma en lui rendant le duché de Bavière). A l’ouest, la mort de Lothaire mit fin à ses prétentions. Son fils et successeur, Louis V, eut à peine le temps de prendre le pouvoir et de consentir à faire la paix qu'il mourut d'un accident de chasse, fin mai 987 ; la place était libre pour Hugues Capet, que l'archevêque de Reims, fervent impérialiste, fit élire contre Charles dit « de Lorraine », frère du défunt. L’arrivée des Capétiens sur le trône de France mettait un terme aux revendications sur la Lotharingie. Otton n'avait rien à craindre des princes allemands. Il pouvait se laisser aller à un rêve qu'avait dû entretenir sa mère, porter la couronne de l'Empire d'Occident. D'autres devaient l'y inciter, qu'on trouve déjà, ou qu'on trouvera, auprès de lui, parmi lesquels des clercs surtout, Bernward d'Hildesheim, Léon de Verceil, Gerbert d'Aurillac.

A la majorité d’Otton III, un appel du pape Jean XV que les Crescents, une des grandes familles de Rome, avaient contraint de fuir, atteignit Otton III au printemps de 995. Le pape meurt alors qu’Otton est en chemin pour l’Italie, il nomme alors Brunon, son chapelain et son cousin, comme s'il s'agissait de nommer un évêque ordinaire. Devenu Grégoire V, ce dernier fit d'Otton l'empereur des Romains, en le couronnant le 21 mai 996. Sur une nature aussi sensible que celle du jeune souverain - il avait seize ans - la cérémonie du sacre devait nécessairement produire des effets durables et profonds. Deux préoccupations allaient dès lors retenir le nouvel empereur : la lutte permanente contre les grands de Rome et leurs ambitions personnelles d'une part, la rénovation du titre impérial d'autre part. La première n'a rien pour surprendre ; elle est un leitmotiv des relations des empereurs allemands et des princes italiens. Rome entra dans la vie d’Otton, il en devint amoureux ; la grandeur d'autrefois y était présente partout et les Romains « pleuraient sur la ville humiliée, puissante mère devenue pauvre fille ». À ce premier coup de foudre vinrent s'ajouter ceux que produisit sur Otton la rencontre de deux hommes, bien différents, mais tous deux étonnants. Adalbert, l'évêque de Prague, que les Przemislides, la famille rivale de la sienne, empêchaient d'accomplir son ministère, avait découvert à Rome sa véritable vocation: l'action missionnaire. L'empereur fit sa connaissance et d'interminables conversations nourrirent une amitié que la séparation ne devait pas altérer. La tonalité mystique dont tous les projets d'Otton III nous font entendre la résonance, c'est dans la puissante autorité morale d'Adalbert qu'elle a son origine. Gerbert d'Aurillac, qui n'a probablement pas touché de la même manière le coeur d'Otton, l'a certainement frappé surtout par son intelligence. Archevêque de Reims, il était venu chercher à Rome la confirmation de ses droits qui étaient contestés sur place.

Otton dut revenir en Italie pour mâter la révolte contre Grégoire V que menait Crescentius et son antipape Jean XVI (Jean Philagathos) (février 998), il le fit brutalement. Le laïc fut promptement saisi et exécuté sans pitié, le clerc fut arrêté, mutilé, exhibé, incarcéré, finit misérablement sa vie sur la paille humide d'un cachot. Bien que la Donation de Constantin interdit à l'empereur de résider dans la ville où le successeur de Pierre habitait, Otton se fit aménager une demeure sur le Palatin, l'antique séjour des Césars. Les fonctions urbaines furent redistribuées par l'empereur et les plus importantes, la préfecture de la ville et le commandement de la milice, furent attribuées à des hommes de confiance. Enfin, à la mort de Grégoire V, en 999, Otton III le remplaça par Gerbert qui prit le nom de Sylvestre Il. C’était là le grand projet que portait gravé la Bulle d'or : la rénovation de l'empire des Romains, l'érection d'une grande résidence sur le mont Palatin, le règne sur le monde chrétien en symbiose avec le pape Sylvestre Il.

Le choix de ce nom signifiait clairement qu'Otton tenait la place de Constantin puisque le souverain pontife dont celui ci avait été le contemporain était Sylvestre Il. Mais si les acteurs voulaient être les mêmes, ce n'était pas pour jouer la même pièce. Tout au contraire : le nouveau Constantin s'était promis de reprendre ce que l'ancien avait offert au Sylvestre de jadis. Dans un texte solennel, en janvier 1001, les rapports entre le pape et l'empereur furent définis clairement. Il y était dit que la Donation de Constantin avait été falsifiée ; l'incurie des papes l'avait complètement dévalorisée. Otton rejette la Donation de Constantin, en vertu de laquelle il n'aurait jamais dû se fixer à Rome ni intervenir dans les États de l'Église. Pour lui, celle-ci est sans conteste une imposture et c'est de la capitale de l'Empire rénové en Occident que, nouveau Constantin ayant un nouveau Sylvestre pour partenaire, il gouverne souverainement le monde. Quant au privilège qu'avait accordé son grand-père au Saint-Siège, l'Ottonianum, Otton III avait toujours refusé de le confirmer. Certes, Otton donnait au successeur de Pierre huit comtés de la Pentapole, mais il s'agissait de biens, précisait l'acte, qui appartenaient à l'empereur, d'une donation donc, et non pas d'une restitution. « Esclave des Apôtres », l'empereur était le représentant direct de Pierre et responsable de son patrimoine. Avec le pape, en quelque sorte sur le même plan que lui, il gouvernerait la chrétienté, présidant à ses côtés les synodes. Rome était la capitale du monde, la mère de toutes les églises, mais Otton voulait en être le véritable maître. À Rome, Sylvestre dépendait d'Otton presque autant qu'à Constantinople le patriarche du basileus. Ce programme était le fruit de la collaboration de l'empereur, du pape et de l'un des conseillers les plus écoutés d'Otton, Léon de Verceil. Au seuil du deuxième millénaire, l'empereur pouvait se dire qu'une étape importante avait été franchie ; une nouvelle bulle fut adoptée dont la devise, dans sa brièveté, sonnait comme un coup de trompette: Aurea Roma. De nouveau, un rayon de gloire dorait le front de Rome.

Comme Constantin s'était qualifié d'isapostolos, égal des apôtres, Otton III se proclamait soit servus Apostoloruni, soit servus Jesu Christi ; la seconde version du titre signifiait qu'il avait reçu du Christ directement le mandat d'étendre et de consolider son règne. L’empire et la chrétienté, pour lui, c'était tout un. Cette vocation de missionnaire et de réformateur, il la tenait d'Adalbert, cet ami si cher qui avait trouvé la mort chez les païens de la Basse-Vistule et dont Otton cultivait pieusement le souvenir. Les aspirations religieuses qu'avait éveillé naguère l'ancien évêque de Prague furent renforcées par deux autres maîtres spirituels, Nil de Rossano, qui reprocha sévèrement à l'empereur d'avoir châtié trop cruellement Philagathos, et le futur fondateur des Camaldules, Romuald, dont Otton fit son confident et son conseiller. Le souverain, qui était convaincu que Rome était devenue la sentine du vice, était bien décidé à la purger. La tâche était urgente, car, si personne ne connaîtrait jamais ni le jour, ni l'année du jugement dernier, le Seigneur pouvait venir à l'improviste ; malheur au serviteur qu'il trouverait endormi ! Il fallait donc agir vite pour empêcher la chrétienté de s'enliser dans la médiocrité. La meilleure façon d'obtenir son redressement, n'était-ce pas de lui proposer l'entreprise enthousiasmante de l'évangélisation ? Otton, parce qu'il tenait à mener cette action avec la ferveur requise, s'efforça d'éliminer tout ce qui en lui-même portait la marque du péché ; il fit retraite dans un souterrain près de Saint-Clément, peut-être dans l'ancien sanctuaire de Mithra. Le choix de ce lieu n'était pas sans signification ; à deux pas de là reposait la dépouille de saint Cyrille, l'apôtre du monde slave envoyé dans ces contrées avec son frère Méthode par le basileus. Or, entre les principes adoptés par Byzance pour la mission et ceux qu'appliqua le fils de Theophano, la similitude est frappante. Il accordait rapidement l'autonomie des structures ecclésiastiques aux nouvelles communautés chrétiennes. De même, il ne touchait pas à l'indépendance des États dont les chefs avaient reçu le baptême. Ceux-ci étaient incorporés à la famille des souverains chrétiens grâce aux liens que créait entre eux la compaternité : l'empereur devenait volontiers le parrain du nouveau baptisé. Cette politique, il est vrai, déplaisait aux prélats allemands de Mayence, de Magdebourg et de Salzbourg qui avaient bien compté soumettre à leur autorité les Églises nouvelles.

Ainsi l'Église polonaise était soustraite à l'obédience germanique. En signe du pacte d'amitié qui le liait à l'empereur, Boleslas reçut une réplique de la Sainte Lance; il porta la couronne d'Otton quelques instants et fut appelé « frère et coopérateur de l'empire, ami et allié du peuple romain ». Libres et fidèles, l'Église et l'État de Pologne avaient donc trouvé leur place dans la chrétienté. Il en alla de même pour cette Hongrie dont les cavaliers inspiraient un demi-siècle plus tôt une vive crainte aux pays voisins. Adalbert avait pu, lors d'une de ses tournées missionnaires, confirmer la conversion du roi, dont le fils, Waïc, fut, en 994, baptisé à Cologne en présence d'Otton III qui fut le parrain de ce néophyte. Waïc, qui avait pris le nom d'Étienne, battit les adversaires du christianisme. Toujours en accord avec Sylvestre II, une province ecclésiastique fut créée à Gran, garantissant l'autonomie religieuse de la Hongrie. Le long de la côte dalmate, c'était sous l'impulsion de Venise que le christianisme progressait, Venise dont le doge avait fait d'Otton le parrain de son fils et de sa fille. Une grande famille de princes chrétiens s'était ainsi formée ; ses terres s'étendaient maintenant jusqu'à la Vistule d'un côté, jusqu'aux Carpates de l'autre; Otton III était devenu tout à la fois le souverain d'un empire associant les ethnies germaniques et les Italiens, de Milan à Rome, et le chef spirituel d'un ensemble d'États où voisinaient des Slaves et des Magyars. Dans les deux domaines, l'unité respectait la diversité. Pour Otton, l'an mil n'était pas placé sous le signe de la peur, mais sous celui de l'espérance.

Les romains se révoltèrent en janvier 1001. L’empereur eut beau les haranguer, rappelant qu'il avait quitté sa patrie pour eux et négligé ses Allemands ; l'éloquence déchirante de ce jeune homme toucha les amateurs de beau langage, elle ne les apaisa pas vraiment. Otton quitta donc Rome. Quelque chose en lui s'était brisé. D'abord, il envisagea d'abdiquer, ne s'accordant que trois ans pour réparer des erreurs dont la rébellion romaine avait révélé la gravité ; ensuite, il irait évangéliser les païens et gagner comme Adalbert la palme du martyre. Puis il se ressaisit, remit ses plans sur le métier, dépêchant l'évêque de Milan à Constantinople pour chercher la princesse, sa fiancée. Avant la fin de l'automne, il quitta Ravenne, où il s'était replié, mais il ne put reprendre la Ville éternelle. Épuisé par moins de 22 ans d'une vie particulièrement intense, il succomba le 24 janvier 1002 à un simple accès de malaria. Sa mort creusa dans le coeur de ses amis un vide si vertigineux qu'ils crurent avoir enterré les mirabilia mundi, toutes les merveilles du monde. Le pape ne lui survécut qu'un peu plus d'un an : entre Otton et Gerbert, la symbiose avait été complète ; l'une des « deux moitiés de Dieu » ne pouvait pas vivre sans l'autre. L'édifice construit par Otton Ill s'était écroulé ; son rêve d'unité dans la diversité s'était évanoui. Il avait vu trop grand ; il avait surestimé l'importance de ses moyens, misant davantage sur un enthousiasme qu'il croyait contagieux que sur la force des armes ; fasciné par la Ville éternelle et son histoire, il avait sous-estimé la xénophobie des Romains qui ne se résignaient pas à voir l'empire ressuscité par un barbare, fût-il mâtiné de Grec. Ce qu'avait construit Otton Ier, Otton III l'avait déséquilibré parce qu'il en avait déplacé le centre de gravité du nord au sud des Alpes et privilégié Rome aux dépens d'Aix-la-Chapelle. Pour éviter l'effondrement complet, il était nécessaire de remiser l'idéalisme et de rendre à la Realpolitik ses droits. 

Ainsi, vers l'an mil, tandis que s'écroule, avec le féodalisme, le système carolingien qui n'avait d'ailleurs jamais été très solide, et alors que l'idéologie de l'épiscopat devient illusoire, parce que les évêques n'ont pas les moyens de reconstituer l'office royal et parce que celui-ci est, au moins en France, durablement affaibli, le dialogue des pouvoirs se renoue entre les deux autorités théoriquement suréminentes, l'empereur et le pape, même si l'ambition utopique d'Otton III s'effondre à sa mort et même si la Papauté retourne à l'extrême médiocrité au gré des sordides manoeuvres romaines. Car, pour le moins, l'Empire existe et, selon des modalités diverses, s'installe au plus haut niveau du politique. C'est ce qui explique que, au cours,des trois siècles suivants, les relations de l'Eglise et de l'Etat, surtout quant aux doctrines qui vont les animer ou en être tirées, seront d'abord celles de la Papauté et de l'Empire.