Après la signature du traité de Lunéville, le futur médiateur de la Suisse, poursuivant en l'amplifiant la traditionnelle diplomatie capétienne, n'eut de cesse d'obtenir une Suisse pacifiée, raisonnablement affaiblie et tributaire de la Grande Nation. Si le traité de Lunéville, dans son article XI, reconnaissait à la nation helvétique le droit de changer les formes de son gouvernement, le Premier Consul était bien décidé à disposer d'un gouvernement à son goût. Une nouvelle constitution devait être mise en place, que cherchèrent à influencer les deux principaux partis en présence: les unitaires partisans d'un pouvoir central fort et les fédéralistes globalement favorables à un retour aménagé à l'Ancien Régime.

Le projet de la Malmaison est un exemple de compromis entre le penchant fédéraliste des conseillers de Bonaparte, Talleyrand et Hauterive, chef de la division politique au Ministère des relations extérieures, et le Premier Consul lui-même, favorable à l'époque à un projet de constitution sur les bases de l'unité de gouvernement tempérée par une administration décentralisée. Le projet de la Malmaison, du nom du château où résidait le Premier Consul, instituait dix-neuf cantons avec leur propre Constitution, des diètes cantonales, une Diète générale, un Sénat de 25 membres et un Petit Conseil de 4 membres seulement, présidé par deux landammanns de la Suisse, et des élections à deux degrés. Les municipalités nommaient des électeurs; ceux-ci, les membres de la Diète générale. Toutefois, le gouvernement français, à la recherche du juste milieu, tenait à préserver l'essentiel, c'est-à-dire «l'unité du gouvernement dans tous les objets qui sont d'un intérêt général pour l'Helvétie». La nouvelle Constitution devait sauvegarder l'essentiel: «Toute distinction doit être supprimée entre ce que l'on appelait confédérés, alliés, sujets» et «aux anciennes distinctions connues sous le nom de droits de bourgeoisie ou de souveraineté on substituera dans toute l'Helvétie un mode uniforme ou analogue de conditions d'éligibilité». Certes, le projet de la Malmaison élaboré sous l'égide du Premier Consul, compromis entre le système centralisateur et les aspirations fédéralistes des Suisses, ne fut jamais réellement appliqué bien qu'adopté en principe par le Corps législatif helvétique le 29 mai 1801. Toutefois cette matrice des constitutions futures de la Suisse servit de base à l'élaboration de l'Acte de Médiation introduit en 1803, lui-même modèle du projet de révision de 1832 et 1833, d'où est sortie la Constitution de 1848 qui marque toujours la naissance officielle de la Suisse moderne. Toutefois, le projet de la Malmaison n'a pas marqué les esprits sur le long terme, malgré son importance pour les institutions futures de la Suisse. N'avait-on pas intérêt autrefois à occulter le poids de l'étranger dans la formation des institutions politiques modernes de la Suisse ? Or, c'est bien la France qui acheva l'oeuvre minimale vitale d'unification de la Suisse qui allait lui permettre d'entrer dans l’ère contemporaine en 1848. Quand reconnaîtra-t-on que l'essai de république fédérative - moyen terme entre la Confédération d'Etats et la République une et indivisible - est l'une des origines de la Suisse contemporaine?

Les premières années du XIXe siècle comptent parmi les plus étonnantes et les plus déterminantes de l'histoire suisse. Certes, les révolutionnaires helvétiques ont été écrasés par ce que Maurice Agulhon nomme le poids empirique des réalités contingentes, mais il n’en reste pas moins que la Révolution helvétique a, quant aux institutions internes de la Suisse, instauré en bonne et due forme un Etat de droit moderne, conforme aux idées des Lumières, et légué aux régimes suivants le principe de l'égalité sociale, linguistique et territoriale ainsi que la conscience de la nécessité d'une armée nationale. En restructurant de force la Suisse, en rééquilibrant le poids de ses différentes composantes et en établissant l'égalité de droit entre les cantons et les anciens territoires sujets ou alliés, la République helvétique d'abord, puis la Médiation - en raison de sa longévité et de sa stabilité - ont posé les fondements solides et incontournables de l'Etat fédéral tel qu'il parviendra à s'imposer en 1848. Le passage obligé par le centralisme fut paradoxalement la condition sine qua non à l'établissement d'un Etat fédératif. Sans le déblocage salutaire de 1798 et la remise à plat des institutions en 1801-1803, point de Suisse régénérée et nouvelle, donc pas de fédéralisme.

Les Vaudois ont joué un rôle fort appréciable dans la refonte générale des institutions. Maurice Glayre, membre du Conseil exécutif, arrive à Paris à la fin octobre 1800 en qualité de ministre plénipotentiaire et envoyé extraordinaire de la République helvétique, tandis que son compatriote Louis Bégoz officie à Berne en qualité de ministre des Affaires étrangères. En compagnie de Stapfer, il négocia avec obstination le nouveau statut de la République helvétique.