L’amélioration des méthodes agricoles, de l’enseignement et de la production industrielle ne reste pas sans effet sur le système politique. Une élite montante, industrielle, agricole et intellectuelle, remet en question le rôle de la classe dirigeante.

Insensiblement se préparait une modification fondamentale dans l’attitude envers l’autorité traditionnelle. L’idée de l’égalité entre les hommes n’était guère mise en doute, mais son application n’était pas de ce monde ! 

L’ordre de la société et le gouvernement ne sont plus d’origine divine, l’État devient l’objet de la perfectibilité humaine. Ce changement, au demeurant fondamental, n’est certes pas la cause de la Révolution, mais il a fortement influencé la forme qu’elle va prendre. Il est évident que l’opposition à l’État n’a rien de nouveau, mais jusqu’alors, les revendications des opposants ne mettaient guère fondamentalement en question le système politique, mais visaient à acquérir des privilèges dans le cadre de ce système (il s’agissait souvent de rétablir d’anciens droits abolis par l’État centralisateur). 

La Révolution américaine est l’exemple typique de cette nouvelle sorte de révolte. Les idéaux proclamés par la Déclaration d’indépendance et la Constitution de 1786 sont tout autres que ceux de l’Ancien Régime.

La Révolution française donne le signal de l’action révolutionnaire en Suisse. Dès 1790-1791, des agitations ont lieu ; en 1795-1796, de graves troubles éclatent dans la région de Zurich : la stabilité de l’ensemble du système politique se trouve dangereusement mise en question. Passée la première phase révolutionnaire, la consolidation de l’État bourgeois à partir de 1795 et ses aspirations expansionnistes modifièrent les buts de la France. La politique de Bonaparte s’insère tout naturellement dans les visées hégémoniques qui avaient déjà été celles du royaume. C’est à ce moment que la Suisse est incorporé à l’espace stratégique français. Le but de la nouvelle République est de s’entourer d’un cordon d’États alliés pour protéger son propre développement révolutionnaire. C’est au nom de la liberté et de l’humanité toute entière que les troupes françaises entre en Suisse…

L’espoir des révolutionnaires suisses de voir la France contribuer à l’établissement d’un ordre nouveau est cruellement déçu. Pendant plus de deux ans la Suisse devient le champ de bataille de l’Europe.

La paix de Campoformio (défaite de l’Autriche) en octobre 1797, fait entrer la Suisse définitivement dans la sphère d’hégémonie de la France. Le système politique helvétique, basé sur un jeu de balance entre la France et l’Autriche, s’écroule. 

En décembre 1797, les troupes françaises annexent la partie sud de l’évêché de Bâle. Les Confédérés n’opposent aucune résistance. La Diète fédérale se réunit, pour la dernière fois, en décembre 1797 ; elle démontre l’impossibilité d’une action commune, bien qu’un ardent sentiment national et la volonté d’un avenir commun s’y expriment encore fortement. Au nom de la Révolution, les troupes françaises occupent les régions qui se proclament indépendantes. Aucun canton ne mettra sur pied une défense efficace ; Berne échoue et seule la Suisse centrale résiste jusqu’au mois de mai 1798.