C’est surtout Maximilien de Habsbourg qui recueillit l’héritage du Téméraire. Un autre événement heureux pour les Habsbourg : en 1490, Sigismond, archiduc d’Autriche, faisait abandon de tous ses droits en faveur de Maximilien. Il est clair qu’il existait désormais une menace virtuelle pour les Confédérés. 

Maximilien entendait bien rassembler au service de la restauration du pouvoir impérial en Allemagne toutes ses ressources. Les Habsbourg, depuis 1437, c’est-à-dire après une longue éclipse, occupaient à nouveau le trône de l’empereur ; ils étaient arrivés à doter la royauté allemande d’une base territoriale pour asseoir avec succès ses prétentions à l’hégémonie. Notons au passage que les dix cantons suisses jouissaient tous de l’immédiateté impériale, ils n’en étaient pas pour autant entièrement rassurés.

C’est au mois d’août 1495 que la Diète de Worms, avec son cortège d’institutions nouvelles (Diète annuelle, armée et tribunal permanents, et surtout impôt), vit ses décisions repoussées par les Confédérés. La guerre se profilait à l’horizon.

Cette guerre, dite chez nous « de Souabe », de l’autre côté du Rhin sera celle « de Suisse ». Le déclencheur fut l’affaire du Couvent de Münster. Le Couvent était disputé par l’évêché de Coire et le comté du Tyrol. A l’insu de Maximilien, les Tyroliens occupèrent le couvent en janvier 1499. La guerre était rendue inévitable ; du côté tyrolien, on invoqua le secours de la Ligue de Souabe, et du côté grison, celui des Confédérés.

Dès le début des opérations militaires les Suisses furent chaque fois victorieux. Mais ils se contentèrent d’assurer leur liberté et l’intégrité de leur domaine. La guerre devenait un ciment d’unité. Par contre, du côté allemand, la cohésion faisait totalement défaut. Bientôt Maximilien intervint en personne ; il déploie la bannière impériale, le 28 avril 1499, contre les Confédérés qu’il a préalablement mis au ban de l’Empire.

Le 22 mai 1499, les bandes grisonnes écrasent une armée autrichienne ; mais nullement découragé par ses échecs, du moment que les Suisses renoncent chaque fois à exploiter leur avantage, l'empereur entreprend une nouvelle offensive générale. Ce sera la dernière. Les Suisses triomphèrent à Dornach, le 22 juillet 1499. Maximilien dut négocier, sur tous les plans il avait perdu la partie. L’ambassadeur milanais Galeas Visconti put convaincre Maximilien à rabaisser l’orgueil de ses prétentions. La paix de Bâle fut conclue le 22 septembre 1499.

Nulle clause du traité de Bâle ne stipule expressément la séparation de la Suisse et de l’Empire. Mais le texte, en son entier, tant par ses affirmations que par ses silences, implique la renonciation du roi à tous les droits de suzeraineté qu’il avait voulu imposer à travers les décisions de la Diète de Worms. Il faudra attendre le traité de Westphalie, en 1648, pour voir la Suisse et l’Empire se détacher.

C’est en 1501, à la suite de la guerre de Souabe, que deux nouveaux cantons furent admis : Bâle et Schaffhouse.