Médecin et psychologue suisse, Flournoy est, avec son neveu Edouard Claparède, celui qui, dès la fin du dix-neuvième siècle, a donné à la psychologie genevoise une renommée internationale. Ami de William James, lecteur de Kant, qu’il enseigne, passionné d’histoire et de philosophie des sciences, il est le premier occupant d’une chaire de psychologie expérimentale existant au sein d’une faculté des sciences, et crée le laboratoire de psychologie de l’université de Genève, où Claparède prendra sa succession en 1904.

Flournoy a peu écrit comparativement à son neveu. Mais son premier essai en psychologie, "Métaphysique et psychologie" l’a tout de suite fait connaître à l’étranger. Il y proposait une élégante solution du problème posé par le rapport entre psychologie et physiologie – le parallélisme comme simple hypothèse de travail –, qui sera ultérieurement reprise et révisée par Piaget. Il y proposait aussi des préceptes méthodologiques qui lui ont permis d’aborder, avec une grande ouverture d’esprit, mais avec prudence, l’étude des phénomènes paranormaux (dont le spiritisme, auquel s’intéressait également vivement W. James).

Flournoy est surtout connu en histoire de la psychologie pour la monographie qu’il a consacrée à une médium, dont il a réussi à expliquer les comportements sans aucune hypothèse supranormale. L’analyse qu’il fait de ses comportements est proche des analyses de Janet et de Freud. Comme celui-ci, Flournoy a l’idée d’un inconscient dynamique et créateur, aussi manifestera-t-il une certaine sympathie pour la psychanalyse.

En ce qui concerne les rapports de Flournoy et de Piaget, le plus frappant est peut-être la commune position qu’ils adoptent quant au rapport entre la psychologie et la critique de la connaissance. Il y a place pour tous deux, d’un côté pour une approche psychologique des faits de connaissance, et de l’autre pour une analyse logique, sans qu’il soit possible de réduire la seconde à la première. Ces quelques considérations suffisent à montrer les liens pouvant exister entre Flournoy et Piaget.

Parmi les écrits de Flournoy on mentionnera, en plus de "Métaphysique et psychologie" (1889), "Des Indes à la planète Mars" (1900), "La philosophie de William James" (1911), "Esprits et médiums" (1911) et "L’idée centrale de la critique de la raison pure" (publié en 1885 dans les "Archives de psychologie").