Le corps numériquement le plus important de la SS fut la Waffen SS, c’est-à-dire la section purement militaire de l’Ordre noir, dont 500'000 Européens non allemands portèrent l’uniforme. L’origine de la Waffen SS remonte à la prise du pouvoir par Hitler en 1933. Poursuivant la reconstitution d’une véritable armée allemande, celui-ci crée, dès mars 1933, un bataillon d’infanterie affecté à sa garde, la SS Leibstandarte, placé sous les ordres du Bavarois Sepp Dietrich. Outre ce bataillon sont formées des unités en «disponibilité politique», les Politische Bereitschaften, affectées aux Länder sous l’autorité des responsables locaux du parti. Ce sont des troupes de volontaires, entraînés par des officiers de l’armée, mais soumis au contrôle des cadres de la SS générale. Ce caractère militaire et non politique retient l’attention de Heinrich Himmler, qui voit là un embryon d’armée politique dépendant de la SS. Il tente de convaincre le Führer de lui fournir les moyens de la mettre sur pied. Hitler l’autorise, en effet, à en augmenter les effectifs, mais sans revenir sur l’idée initiale d’une formation d’élite, avant tout militaire.

Le 14 mars 1935, Hitler remplace la Reichswehr par la Wehrmacht et rétablit le service militaire obligatoire. En même temps, il décide la création de la SS Verfügungstruppe (SSVT), noyau de la future division SS, qui regroupe la SS Leibstandarte et les Politische Bereitschaften. Cette décision provoque un malaise profond dans le haut commandement, qui ne peut admettre l’existence d’une unité combattante placée en dehors de la juridiction de l’armée... Il en résulte une lutte sournoise, permanente, entre Himmler et le haut commandement. Hitler, opportuniste, encore inquiet quant à la solidité de son pouvoir, ne tranche pas. Prudent, il tolère, cependant, l’accroissement progressif des effectifs, et les premières troupes qui pénétreront à Sarrebruck, lors de la remilitarisation de la Rhénanie en mars 1936, seront celles de la Leibstandarte SS Adolf Hitler.

Le recrutement est fondé sur une sélection draconienne au point de vue physique et racial. À la Leibstandarte, la taille minimale est de 1,80 mètre; pour les deux autres régiments elle est de 1,75 mètre. Ces unités rassemblent les spécimens les plus «purs» de la race germanique. Malgré la longue durée des engagements, les candidats sont nombreux: ils se recrutent surtout dans les «Jeunesses hitlériennes» et parmi les paysans (90%), attirés par une carrière où les distinctions sociales sont abolies. Les citadins et les bourgeois sont en proportion infime. L’instruction est fondée, on l’a vu, sur une très haute valeur athlétique. Les officiers comme la troupe sont tenus de pratiquer tous les sports de combat individuel et collectif. Les exercices avec tir réel sont fréquents, ceux d’accoutumance au feu occasionnent parfois des accidents mortels; Himmler prétend que ce dressage réaliste doit épargner de nombreuses vies, lors des combats. Mais ce qui distingue surtout le SS, c’est son éducation politique. L’endoctrinement idéologique y est aussi important que l’instruction militaire.

Pendant la Seconde Guerre mondiale, l’ardeur au combat des divisions SS entraîna des pertes souvent plus élevées que celles de la Wehrmacht. Mais ces soldats d’élite étaient à la recherche d’une réputation, conformément aux principes enseignés; ils avaient le sentiment d’appartenir à une race supérieure, méprisant et même haïssant les «sous-hommes» (Untermenschen ) comme les Juifs et les Slaves. Ils faisaient preuve d’une fidélité absolue aux principes nazis et d’une obéissance aveugle aux ordres reçus. Tout au long de la guerre, les effectifs de la Waffen SS ne cessèrent de grossir. Elle compta jusqu’à trente-huit divisions, et dix-sept nations y furent représentées. En 1946, le tribunal de Nuremberg refusa de dissocier dans l’accusation la Waffen SS des autres branches de la SS.