Jeanne de Hochberg reçut la direction du comté qu'elle administra pendant son long règne de 1503 à 1512 et de 1529 à 1543. Entre temps, les douze cantons gouvernèrent. Cette période de l'occupation du comté par les cantons suisses fut somme toute favorable au développement du comté. Mais les cantons avaient fait sentir bien rudement au Val-de-Travers qu'ils étaient les maîtres du pays. Indignés de ce qu'un certain nombre de Neuchâtelois s'étaient enrôlés sous les drapeaux du roi de France contre lequel les cantons combattaient en Italie, ceux-ci envoyèrent trois cents soldats au Val-de-Travers en exécution militaire. Les réfractaires furent soumis à une amende de dix livres chacun, et s'ils ne pouvaient pas payer comptant ils avaient vingt jours de prison. Les chefs furent bannis, leurs biens confisqués et l'ordre fut donné an baillif de procéder immédiatement à un partage de ces biens entre les frères et soeurs, femmes et enfants des rebelles.

Une autre question qui aurait pu devenir grave fut réglée à l'amiable pendant que les cantons occupaient le comté. Il s'agissait de la délimitation de Neuchâtel et de la Franche-Comté. Les cantons réclamaient la garde du Val-de-Travers qui avait appartenu antérieurement au souverain de Neuchâtel. Ils allaient occuper le territoire contesté, lorsqu'une ambassade de l'empereur les arrêta. Mais celui-ci se vit contraint, pour les engager à se désister de leurs prétentions, de leur donner mille florins d'or. La démarcation des limites eut lieu au mois d'août 1594 et fut suivie du traité signé à Môtiers le 2 septembre suivant. Le gouvernement passa ensuite aux mains de la maison d'Orléans-Longueville jusqu'en 1707. Les six communes de la Châtellenie (Môtiers, Boveresse, Couvet, Fleurier, Saint-Sulpice, Buttes) avaient des intérêts communs dès le XlVe siècle. Chacune a obtenu du comté des propriétés foncières, des forêts, des pâturages, des exemptions. De leur côté les particuliers se sont successivement rachetés de quelques servitudes et ce fut sous Henri Il d'Orléans-Longueville que les dernières traces de main-mortalité disparurent. Ces communes avec celles de Travers et de Noiraigue devaient chacune 572 émines de froment au souverain pour le droit de fournage qui leur avait été concédé. Par acte du 31 mars 1831 cet impôt fut abandonné. L'événement capital de cette période fut la Réformation dont nous avons donné les péripéties dans un précédent chapitre. Cette époque est en outre marquée par des modifications assez importantes dans l'organisation judiciaire et législative du pays. C'est le temps des Consistoires seigneuriaux dont un existait à Môtiers, et des consistoires admonitifs dans chaque paroisse. Le consistoire seigneurial de Môtiers pour tout le Val-de-Travers fut établi en 1538, ainsi que celui de Travers. Celui de Môtiers était composé de tous les ministres de la baronnie du Val-de-Travers; chaque ministre prenait avec lui un ancien, et ce conseil était présidé par le châtelain. Celui de Travers, présidé par le maire, se composait du lieutenant, du pasteur et de quelques justiciers qui portaient le titre d'assesseurs. Les consistoires seigneuriaux reprenaient et châtiaient tous ceux qui commettaient contre les bonnes moeurs des fautes qui cependant n'étaient pas criminelles. Les consistoires admonitifs, composés du pasteur et des anciens, donnaient des exhortations, des censures, des menaces, interdisaient le Saint-Sacrement et renvoyaient les cas graves aux consistoires seigneuriaux.

Les forêts avaient été tellement ruinées par les maîtres de forge que les communes du Val-de-Travers craignaient à ce moment que le bois ne fît défaut. En 1627, Henri Il affranchit tout ce qui restait de main-mortables qui à ce moment formaient le tiers des habitants du Val-de-Travers. Tous furent affranchis sous le nom de francs-sujets, moyennant le paiement d'une somme égale à la sixième partie de leur bien, un léger cens personnel et l'obligation de ne pas prendre bourgeoisie, ni marier leurs filles uniques à des étrangers. Vers 1650 la réputation de l'industrie neuchâteloise s'étend au loin. En outre les hommes de guerre tous grands et forts sont connus comme bons soldats. Il y en avait 820 (120 à Travers, 400 au Vautravers et 300 aux Verrières) au Val-de-Travers, tous portant armes. Les pauvres et les indigents avaient le droit de mendier et dans ce but on marquait leurs habits. L'ordonnance signée Wallier dit : «Voyans le nombre des mendians s'accroître de jour à autre, occasion de ce que plusieurs au lieu de s'adonner au travail par lequel ils pourraient se subvenir se glissent parmi ceux qui sont vrayement pauvres et dignes de l'aumosne, à la surcharge du pays ; est la cause (pour y prévenir) que nous vous ordonnons de faire construire des marques et s'il y en a aucun d'iceux qui refusent de porter telle insigne de pauvreté, ils seront exclus de l'aumosne.» Couvet n'en comptait pas moins de 97. Il y en avait du reste un peu partout. Les mandements somptuaires étaient alors d'une extrême rigueur. La fin du XVIe siècle et le commencement du XVIIe siècle furent marqués par la persécution des sorciers. De 1580 à 1626, trente-trois sorciers (vingt-trois hommes et dix femmes) parurent à la barre du tribunal siégeant à Môtiers et la plupart furent condamnés à être brûlés vifs et leurs cendres jetées au vent. Deux seulement furent déclarés innocents et libérés. En 1616, dans une seule semaine, quatre sorciers furent irrévocablement jugés et condamnés. La justice était alors expéditive et sommaire. La fin du XVIIe siècle présente malgré tout plus d'un progrès, les moeurs s'étaient adoucies, les mandements étaient moins sévères. On travaillait beaucoup, la prospérité était revenue, les sorciers ne faisaient plus parler d'eux, l'agriculture et l'industrie surtout étaient dans une bonne voie. Le Val-de-Travers à cette époque est toujours divisé en trois parties : la Châtellenie du Vauxtravers, la Mairie des Verrières et la Seigneurie de Travers. Au début du XVIlle siècle la population s'augmenta d'un grand nombre de réfugiés réformés. Ils arrivèrent en foule dans le Val-de-Travers (en 1703, le seul village de Couvet en reçut 643). Des collectes furent organisées à leur intention et dans le but de permettre à plusieurs d'entre eux de poursuivre leur voyage. Toutefois le zèle se refroidit un peu, car de prétendus réfugiés abusèrent de l'hospitalité des habitants du Vallon et on dut interdire de les recevoir.