Les faits saillants de l'histoire du Val-de-Travers n'abondent pas dans le XIVe siècle. A Amédée succéda Rollin ou Raoul, son fils, qui en 1311 rendit hommage à Jean de Châlons. En 1337, Raoul accorda aux habitants de sa terre de Mijoux (Verrières) et de la Côte-aux-Fées certains privilèges; il les déclara quittes de la taille et de la main-morte. Il leur demanda seulement « le lods au douzième denier; deux sols pour chaque cheval ou chaque boeuf, un sol par vache et quatre deniers par chèvre ou mouton; ceux qui n'auront pas de bétail payeront deux sols ». A ce moment-là les Verrières se composaient de maisons isolées. D'après les reconnaissances dressées à la fin du règne de Raoul, on distinguait six classes d'habitants : les nobles en très petit nombre; les francs ou hommes libres, descendants des gens de guerre ; les bourgeois, créés par la Charte de 1214 et qui avaient acquis la bourgeoisie de la ville; les francs habergeants, qui n'étaient autres que les étrangers reçus ou habergés par le seigneur suivant l'expression de l'époque; les francs-sergents dont l'obligation principale était la garde du Châtelard; enfin, les taillables qui devaient l'usage et la taille.

Le comte Louis, comte et seigneur de Neuchâtel, ayant vendu en 1343, du consentement de Catherine, sa femme, les biens qu'elle avait eus à titre de douaire (droit qu'avait la veuve sur les biens de son mari), lui assure le capital de cette vente en lui assignant le Châtelard du Vauxtravers et toutes les villas qui dépendent de la seigneurie de ce lieu qui s'étendait « depuis le lieu appelé Bayhiart (Bayards) jusqu'au lieu appelé la Clusate (la Clusette entre Rochefort et Noiraigue) ». C'était la ruine politique du prieuré, ruine à laquelle devait bientôt succéder la ruine matérielle. Jusqu'alors les limites de l'ancien domaine du Prieuré ne s'étendaient pas au delà de la Combe et de la Tour Bayard d'un côté et de la Clusette de l'autre. Les Verrières faisaient partie de la terre de Joux. Mais déjà sous le comte Rodolphe (1337) une partie de cette terre, c'est-à-dire Mijoux, la Côte-aux-Fayes et les Verrières Suisses avaient passé aux sires de Neuchâtel. Le comte Louis, toujours pressé d'argent, quelques mois après avoir vendu le Val-de-Travers à sa femme Catherine vendit aussi à Guidon de Romont, comme fief, la villa appelée la bonne villa "des Verreyres... depuis le lieu dit Bayar jusqu'à la villa des Verreyres du sire de Joux". Il faut cependant que ce fief ait été racheté par le comte Louis, car nous verrons plus loin qu'en 1372 il en disposa en faveur de Girard, bâtard de feu Jean son fils.

En 1366, le comte Louis attaqua Philippe, duc de Bourgogne, et, dévasta ses terres près de Besançon. Le duc pour se venger vint brûler le Val-de-Travers, fit prisonnier le comte Louis avec d'autres et ne les relâcha qu'après avoir obtenu ce qui lui avait été pris. Louis mourut en 1373. En 1367, le comte Louis ayant acquis de l’empereur plusieurs droits régaliens, on prétend qu'il établit au Vallon une justice criminelle, présidée par un châtelain, la justice civile devint sédentaire. Un événement malheureux valut quelques franchises à cette contrée. Jean, fils du comte Louis, fut fait prisonnier en Bourgogne : il fallut trouver la grosse somme promise pour sa rançon et ce fut à cette occasion que le comte Louis vendit des franchises à ses sujets du Val-de-Travers, entre autres son droit d'Ohmgeld (ou de Tavernage) pour 650 florins, droit que les communes revendirent ensuite à la maison Du Terreaux. A cette occasion le comte Louis voulut que ses successeurs jurassent l'observation des franchises de ces peuples, et c'est là que se trouve l'origine des serments réciproques qui se célèbrent à Môtiers à l'avènement d'un nouveau souverain et où tous les habitants de cette ancienne baronnie, qui ne sont pas appelés ailleurs à raison de leurs bourgeoisies, devaient se rendre. C'est encore à cette époque, c'est-à-dire sous le règne du comte Louis, qu'on doit rapporter l'origine du banneret du Val-de-Travers (cette charge remonte à l'époque de la féodalité et on donnait ce nom au vassal qui parvenait à fournir au comte un certain nombre d'hommes libres équipés pour le suivre en guerre; comme récompense le comte donnait à son vassal une bannière qui devait être en même temps le signe de son autorité. Cette charge fut introduite dans les villes et provinces, le Val-de-Travers eut le sien en 1370) ; il siégeait dans les anciennes audiences à côté des bannerets de Neuchâtel, du Landeron et de Boudry. Le banneret était à la fois l'un des chefs de la milice, l'organe du peuple et le surveillant des franchises et coutumes, et était pris parmi les habitants de la contrée. Cet office a cessé d'exister au Val-de-Travers au XVIIe siècle avec la nouvelle organisation des milices.

Par son troisième testament, le comte Louis instituait ses filles Isabelle et Varenne comme héritières et détachait de la juridiction de Môtiers les Verrières qu'il donna à Jean et à Vauthier ses bâtards : «Et premièrement les dessus dictes Ysabel et Vrena mes bien amees filles fait mes hoirs... dou chastellart dou Vaultravers et de tout le vaul dou dit louf et de toutes lour appertinences... Item vuil et ordine que mes dictes filles soyent tenues et doigent reimbre davant dus ant après lensinuation de ce presant testamant la gagière de Miejour… la ballyent à Jehan et Vauthier, mes bâstard… ». Mais la comtesse Isabelle s'empara des Verrières qui furent détachées en 1373 de la juridiction de Môtiers par le comte Louis et érigées en Mairie et promit de les remettre à Jean et à Vauthier, à leur majorité. Elle renouvela les franchises précédemment accordées; elle accorda en outre des terres en fief à deux gentilshommes gascons: Ces deux cadets de maison, dont l'un s'appelait Antoine d'Andoing et l'autre Pierre d'Unillacq, s'étant retirés dans le Brisgau où ils auraient rendu de bons services pendant quelques années à Égon, comte de Fribourg, père de Conrad, on fit, pour les gratifier, épouser au premier la fille unique de Du Terraux (donzel et châtelain de Môtiers qui était le dernier de sa maison). Antoine d'Andoing, en épousant cette héritière, eut son fief et prit en même temps par le consentement de la comtesse le nom et les armes des Du Terraux. On donna à défricher à Pierre d'Unillacq des terres qui étaient couvertes de bois et l'on prit occasion de l'appeler Du Bois ; de là vint qu'ils changèrent de nom tous deux. La postérité de ce D'Unillacq, autrement Du Bois, fut une des plus nombreuses du comté. Ce sont les Du Bois d'aujourd'hui, et quoique leur origine soit noble ils n'étaient pas regardés comme tels; ils étaient tous paysans et habitaient pour la plupart Travers, Rosières et Noiraigue. La terre qui avait été accensée à ce D'Unillacq porte aujourd'hui le nom de Vers chez le Bois ou vers chez les Bods. Isabelle organisa la justice du pays et établit au Vauxtravers une cours de justice locale; elle mourut en 1395 en instituant comme héritier Conrad de Fribourg.

Isabelle avait ordonné à son successeur de remettre les Verrières (et Rochefort) à Jean et Vauthier. Conrad refusa de mettre cet ordre à exécution. Ce fut dès lors une suite de démêlés dans lesquels Vauthier usa de tous les moyens frauduleux pour entrer en possession de ses fiefs. Il y parvint plus ou moins, mais ne cessa d'avoir des difficultés avec Conrad. Sous le règne de Vauthier, le château de Rochefort était devenu un lieu de brigandage. On prétendait qu'au moyen de signaux correspondant entre le château de Bevaix, celui de Rochefort, et celui de Roussillon au-dessus de Buttes, on se prévenait d'un lieu à l'autre que des voyageurs devaient passer. S'ils échappaient à l'un de ces postes, ils ne manquaient pas de tomber dans les embûches tendues par l'autre. Le comte de Neuchâtel informé de ces faits fit raser les trois châteaux. Vauthier finit par tomber entre les mains de Conrad qui lui fit couper la tête le 19 février 1412. Les Verrières furent alors réunies au domaine. Par contre, Conrad détacha Travers de la Châtellenie et l'érigea en seigneurie en 1418, et remit celle-ci à Jean de Vaumarcus, se réservant cependant le droit de glaive. La justice de Travers pouvait instruire la procédure d'un criminel, prononcer même la peine de mort, mais la cour de Môtiers pouvait seule le livrer au bourreau. L'acte d'inféodation de la terre de Travers réserve que le Seigneur fera garder par ses sujets le fort de la Clusette, et l'on sait qu'en 1476, lorsque Charles le Téméraire voulut pénétrer dans le pays, on garnit aussi le passage de la Clusette de quelques troupes. Ces faits démontrent qu'il devait exister dans l'endroit escarpé entre Brot et Noiraigue un fort, dit de la Clusette, bâti dans le courant du moyen âge et qui gardait l'entrée du vallon. Il n'en reste aucun vestige, mais son existence est constatée par des documents irrécusables.

Le Val-de-Travers possédait donc à cette époque : la Châtellenie (depuis 1347) avec une cour civile et une cour criminelle; la Mairie des Verrières (depuis 1373) avec une cour civile, le criminel appartenait au châtelain du Vauxtravers; la Mairie de Travers (depuis 1413) avec une cour civile et criminelle mais n'avant pas le droit d'exécution, qui revenait à la cour de Môtiers. L'autorité judiciaire avait comme emblème le sceptre. Le sceptre des cours de justice en usage déjà dans les temps reculés, aboli en 1848, résumait l'autorité du prince et celle de la justice. C'est sur le sceptre que l'on prêtait le serment et que l'on jurait de dire la vérité, toute la vérité et rien que la vérité. Le corps de ces sceptres est en bois noir couvert d'aigles, ou de chevrons argentés, surmonté de l'aigle royal posé quelquefois sur d'élégants supports à trois consoles et terminé dans le bas par une pomme argentée précédée souvent de renflements et de listels. En 1424, Jean de Fribourg succéda à son père Conrad; il prêta serment à tous les peuples du Comté et confirma les franchises aux habitants des Verrières. Il régularisa les droits de la justice de Travers et fixa la composition des assises. Rodolphe de Hochberg reçut le comté en 1450, et son règne n'est marqué au Val-de-Travers que par la date de 1476. Le duc de Bourgogne voulait entrer en Suisse par le Val-de-Travers et prétendait exterminer tous ceux qui s'opposeraient à son passage, mais Rodolphe de Hochberg renforça de cinquante hommes la garnison de la Tour Bayard (elle était déjà de trois cent cinquante hommes). Le chanoine Hugues de Pierre, chroniqueur du chapitre de Neuchâtel, raconte l'événement comme suit : « Les gens de la Bonne-Ville, Biel, Cerlier et Landeron, arrivés en toute haste, furent ordonnés à la garde de la Tour Bayard où faisait beau voir accoure pareillement tous les hommes forts et gens de bien de la comté, aussi ceux de Monsieur de Valangin. Des archers furent mis et embusqués à la roche de Saint-Sulpy et en celle de la Cusseta (la Clusette). Bonne garde ainsi faicte et ordonnée, apparaît l'avant-bataille des Bourguignons cuydant descendre par la Tour Bayard et criant aux nostres de retrayer la chaîne et bailler passage, sinon tous pendus seraient. A cette semonce, ne fut respondu qu'à grands coups d'arquebusades; tant et si bien furent frottés les plus curieux et hardis Bourguignons que tous virèrent dos. Sur ce, le grand duc voyant le passage de la Tour Bayard clos aux siens, chemina sur Jougne et posa son ost devant Grandson. »

Rodolphe de Hochberg mourut en 1487 et eut pour successeur Philippe de Hochberg qui gouverna le pays jusqu'en 1503. La vie de chaque communauté est à cette époque dans son plein déploiement. Les fonctionnaires principaux : les justiciers, les gouverneurs (le grand et le petit), les anciens, les membres des conseils, les guets, les messeliers et jusqu'aux besageux (chargés du soin des fontaines) sont nommés chaque année dans l'assemblée générale de la Commune, le jour des Rois, puis solennellement installés dans leur poste après avoir prêté le serment, serment souvent très détaillé. Les archives communales contiennent ces serments qui ne diffèrent entre eux que par les détails des fonctions à remplir.