Vichy ayant accepté la déportation de plusieurs catégories de juifs étrangers, le flux des réfugiés se déplaça au cours de l'été 1942 du nord-ouest vers les frontières vaudoises et surtout genevoises et valaisannes. La pression se relâcha en revanche au Jura septentrional. Paul Graber, conseiller national socialiste, tenta de dépasser le débat: refouler en sachant les conséquences, «c'est commettre un geste que la conscience ne peut pas accepter. Il ne s'agit pas, comme d'aucuns le croient, de s'amuser à faire les généreux, de faire parler son coeur et d'opposer le coeur à la raison. Non, il y a des choses qu'un être humain ne peut pas accepter». L'opposition entre les impératifs de l'éthique et ceux de la raison d'Etat, c'est le fonds du débat déjà engagé à l'OSAR ou à la FSCI avec Rothmund. La peur de la déstabilisation par les étrangers ne faisait plus guère recette pour l'instant, mais la hantise du nombre subsistait largement avec ses conséquences matérielles. On ne pouvait pas trop affirmer que les limites étaient dépassées et certains craignaient plutôt la création de minorités, mais trop de générosité aujourd'hui créerait demain des excédents. Fallait-il accepter les risques de la mission de la Suisse ou peser sur les freins en prévision du long terme ?

Si l'inhumanité de la politique fédérale fut dénoncée, Rothmund reçut aussi ses volées de bois vert pour sa dureté et pour l'indépendance dont il jouissait dans ses initiatives (celle du 13 août par exemple). Ces critiques rejaillissaient évidemment sur son chef qui tolérait ses agissements. Fort du soutien parlementaire et éperonné par l'accroissement des fugitifs, le Conseil fédéral approuva de nouvelles instructions qui furent téléphonées le 26 septembre aux frontières y compris dans le secteur Sud remis dans la loi commune. Comme en réponse à certains parlementaires et aux défenseurs des juifs, les consignes rappelaient que la race n'ouvrait pas l'asile politique et qu'il fallait «refouler sans exception les juifs français parce qu'ils ne courent pas de danger dans leur patrie» (Les non-Français n'étaient pas mentionnés et restaient donc interdits !). Par exception à la règle générale du refoulement des illégaux, il ne fallait pas refouler en cas de «mesure extrêmement dure». Bénéficiaient de ce privilège les malades, les femmes enceintes, les gens âgés de 65 ans et plus, même avec un conjoint plus jeune, les enfants de moins de 16 ans, seuls ou avec leurs parents, les fugitifs qui rendent plausible qu'ils avaient des parents ou des relations proches en Suisse. Ces importantes concessions ne seront plus remises en question dans leur principe. Le 9 octobre, les corps d'armée I et IV étaient chargés de renforcer la surveillance des frontières genevoises et bas-valaisannes et de bloquer les passages par des barbelés. On entrait ainsi dans une phase nouvelle. La bénédiction parlementaire au choix d'une politique fondée sur la raison d'Etat et l'urgence des besoins avaient balayé les réticences de l'administration à recourir à l'armée, et les réserves de celle-ci à accepter une nouvelle et lourde mission.

D'après les chiffres, ces mesures remportèrent un demi-succès seulement. Elles donnèrent certes un coup de frein après une semaine d'adaptation et la mise en place des postes militaires, mais les admissions restèrent à un niveau nettement plus élevé que dans le premier semestre. En cette fin de 1942, les événements se précipitent en France, obligeant la Suisse à s'adapter rapidement: l'arrivée à Paris du Gauleiter Sauckel en juin déclenche le recrutement de main-d'oeuvre pour les usines allemandes. Laval croit atténuer le mal en obtenant un échange de trois engagés «volontaires» contre le retour d'un prisonnier. Immanquablement, cette «relève» se solde pour la Suisse par l'arrivée de quelques fugitifs: jusqu'à l'occupation totale, ils sont réacheminés en France par Annemasse avec leur accord, ou refoulés sur place. Devant le maigre succès de son opération, l'occupant décrète le 1er septembre le Service du travail obligatoire, que Vichy adopte à son tour. Des centaines de milliers d'ouvriers et de jeunes gens y sont assujettis par vastes contingents successifs. Combien iraient chercher en Suisse un refuge, préventif ou non ? Ils ne répondaient pas à la notion admise de politiques, et, une fois de plus, le critère du nombre l'emporta: le 14 décembre, le Conseil fédéral décida de les refouler pour autant qu'ils n'avaient pas commis d'actes révolutionnaires justifiant la fuite et l'asile politique. La réaction suisse s'explique d'autant mieux que le sort fait aux victimes, sans être enviable certes, n'avait pas le but punitif ou destructeur des camps de concentration et n'impliquait pas à ce moment de danger particulier en dehors des cas disciplinaires.

Plus lourde de conséquences encore, l'occupation totale de la France le 11 novembre ouvrit une phase nouvelle dont on ne pouvait pas deviner l'ampleur au début. Avant même la confirmation de l'opération, Rothmund analysa la situation avec Jezler et conclut que l'on ne pourrait pas refouler des réfugiés français alors qu'on avait accepté des milliers de non-Français, en partie juifs et apatrides. Cependant les Allemands allaient sans doute rapidement fermer les frontières et le nombre des réfugiés resterait faible. Dès le mois de décembre, la réalité démentit cet espoir; le flux des réfugiés se reprit à augmenter, surtout depuis le milieu du mois. Jusqu'à l'exode italien de juillet 1943, la réglementation ne varia plus que sur deux prescriptions de détail le 26 juillet, l'une éleva l'âge d'admission des jeunes filles de 16 à 18 ans, l'autre autorisa l'entrée comme prisonniers évadés de militaires hollandais rapatriés des camps allemands en 1940, mais obligés par l'occupant de les réintégrer en 1943.

Durant les six premiers mois de 1943, la proportion des refoulés ne descendit plus au-dessous de 30%, sauf en février, alors qu'elle n'avait pas atteint 20% depuis septembre 1942. Même si ces chiffres sont approximatifs, les ordres de grandeur respectifs dénotent bien le succès des consignes de décembre. Le Conseil fédéral avait dépassé largement sa limite antérieure idéale de 6000 à 7000 réfugiés, ce qui justifiait le maintien de sa sévérité, mais il maîtrisait mieux la situation, ce qui semblait prouver son efficacité. La situation ainsi réglée aux frontières, la préoccupation majeure de l'Etat porta désormais sur la gestion des 13 000 à 14 000 nouveaux arrivés entre janvier 1942 et juin 1943.