Le 31 juillet 1941, Göring décrète la solution finale. Le 20 janvier suivant, la fameuse conférence de Wannsee lui donne son élan. Le calvaire juif prend son déploiement systématique. Drainant partout les Israélites, les déportations vers les camps de l'Est n'épargnent dès le printemps aucun pays de l'Europe occupée. Les recensements, les regroupements en ghettos, les étoiles jaunes et autres mesures antérieures facilitent les rafles. A Paris, le tristement célèbre coup de filet des 16 et 17 juillet entasse près de 13 000 personnes au Vélodrome d'hiver et à Drancy avant d'être déportées. La France de Vichy collabore et fournit ses contingents de victimes. Pour sauver - provisoirement - ses propres ressortissants, elle abandonne ou fournit aux Allemands les juifs étrangers. Ses agents ratissent les villes ou vident les camps de la zone Sud. Juifs et étrangers de Belgique et de Hollande subissent le même sort. Les rescapés cherchent à fuir les polices déchaînées et, de ces trois pays, beaucoup aboutissent en Suisse. De mois en mois plus nombreux, ils tentent de franchir sa frontière occidentale, profitant du manque de personnel allemand ou suisse, souvent avec l'aide de passeurs.

Du 28 juillet au 11 août, il entre en Suisse 293 illégaux, plus que dans le premier trimestre de l'année. A Berne, on s'effraie. On tient toujours les 6000 à 7000 réfugiés présents pour la limite extrême du supportable et l'on en sait assez sur la politique allemande pour ne pas l'attribuer à un caprice: la vague ne fait que commencer. La question se pose brutalement: faut-il sauver des milliers de vies humaines en ouvrant les frontières ou persévérer dans les refoulements, justifiés déjà à réitérées reprises ? Pour permettre à von Steiger, puis au Conseil fédéral de trancher, Jezler, chef du bureau des réfugiés, rédige en fin juillet un rapport qui dresse le bilan de la politique menée depuis 1939, fournit les informations sur la situation du moment et analyse les facteurs qui peuvent peser sur la décision à prendre. Le document ne cache pas les réalités: «La situation des juifs parait aujourd'hui particulièrement grave en Europe occupée par l'Allemagne, dans le Protectorat [la Bohème-Moravie], la Hollande, la Belgique et la France septentrionale. Les Juifs qui y vivent ignorent à chaque instant si dans l'heure suivante, ils ne seront pas déportés, emprisonnés comme otages ou même exécutés sous un prétexte quelconque... Dans les territoires occupés, au moindre incident, les autorités d'occupation dirigent leurs soupçons et leurs premières mesures contre les juifs d'abord. En tant que tel, le juif est déjà suspect. S'il est en outre attrapé en France occupée, alors qu'il fuit de Hollande ou de Belgique vers la Suisse, il risque la pire présomption d'activité dangereuse pour l'Etat (entente avec l'ennemi) et devra subir les sanctions correspondantes». Aussi l'administration fédérale avait-elle laissé entrer, puis interné la plus grande partie des derniers fugitifs, de nationalités les plus diverses. Ceux de zone libre continuaient à être refoulés malgré leur position périlleuse: on y comptait 170 000 étrangers indésirables encouragés à émigrer ailleurs! Mais l'expérience montrait que chaque franchissement clandestin réussi de la frontière était connu des proches restés au pays d'origine et attirait de nouveaux réfugiés. A cause de l'acharnement des Allemands, qui sévissaient même désormais en zone libre, il fallait donc prévoir un afflux démesuré de milliers de fugitifs. Seul cet argument s'ajoutait au stock usuel du ravitaillement précaire du pays, des difficultés de réémigrer, de la sécurité extérieure et intérieure, des problèmes d'hébergement, de l' infiltration d'espions, etc. Toutes ces raisons «commandent que nous nous montrions fort réservés dans l'admission de réfugiés». 

Nulle part, il faut le souligner, Rothmund ne nie les mesures d'exception contre les juifs relatées par son adjoint. Au contraire, la lecture du rapport Jezler devait persuader le Conseil fédéral de ne pas désavouer la politique suivie les derniers temps. Cette lettre est cauteleuse parce qu'elle veut justifier la tolérance du moment tout en conseillant l'intolérance pour l'avenir; elle reconnaît la nécessité morale de laisser entrer les juifs, mais cherche à les en dissuader ou à les en empêcher ; elle s'attaque aux passeurs, ennemis privilégiés du chef de la police qu'il juge largement responsables de la pression aux frontières. Le 13 août, en conclusion du processus, des instructions confidentielles de Rothmund aux organes frontaliers, aux polices cantonales et au service de renseignements enjoignent de ne plus accepter que les déserteurs, les prisonniers évadés, les Alsaciens en transit vers la zone libre et les réfugiés politiques. «Ceux qui n'ont pris la fuite qu'en raison de leur race, les juifs par exemple, ne doivent pas être considérés comme des réfugiés politiques.» Pour éviter toute mésaventure, les refoulés, sans être informés des motifs autorisant l'accueil, devaient être avertis qu'une nouvelle tentative de leur part obligerait la Suisse à les livrer directement à la police française ou allemande. Mais aucune mention de leur refoulement ne devait être portée sur leurs papiers «pour ne pas les mettre en danger à [leur] retour à l'étranger». Cette phrase était la seule allusion aux périls qui les menaçaient. En revanche l'introduction du document évoquait leur afflux croissant, leur organisation, les difficultés de la Suisse, etc., Tout devait se passer discrètement, car Rothmund ne voulait pas la répétition des scènes publiques de 1938 ni une «tempête de fou» au Parlement.

La décision présidentielle du 4 août (selon laquelle il fallait refouler même s'il pouvait en résulter des inconvénients sérieux) suivie des instructions de Rothmund a une importance considérable parce qu'elle rompt avec un principe fondamental de la politique d'asile: le danger de mort ou de sévices graves, occulté du reste dans la circulaire du chef de la police, l'emporte sur les autres considérations. Pourtant, le 2 janvier 1942, par exemple, l'Israelitisches Wochenblatt mentionnait déjà les déportations et d'autres journaux suivirent. De plus, les réfugiés racontaient ce qu'ils avaient vécu. L'administration avait donc bien d'autres sources que les militaires et douaniers allemands. Fin juillet ou début août 1942, Sagalowitz, responsable du service d'information juif JUNA, apprit d'un industriel allemand qu'il existait un plan systématique de destruction du peuple juif. Transmise à Riegner, représentant du Congrès juif mondial, la nouvelle parvint à Londres et à New York où les administrations y prêtèrent peu d'attention, faute de confirmations par d'autres sources. Les récits étaient si effrayants que les milieux juifs eux-mêmes ne voulurent d'abord pas y croire. On ignore si Berne fut également averti. Von Steiger et Rothmund "savent très exactement ce qui attend les réfugiés, même si du côté allemand on prétend d'autres choses. Ils connaissent exactement la misère des déportés raciaux". Cette affirmation contemporaine des événements ne s'appuie pas sur des documents; elle est en gros exacte, quoique l'on ne sache pas jusqu'où allaient les informations du conseiller fédéral ni la créance qu'il leur accordait: sa correspondance avec les comités juifs a disparu des Archives fédérales ou ne leur a pas été livrée... mais on sait qu'elle se trouvait dans ses papiers.  En 1956, il reconnaîtra avoir entendu beaucoup de choses, mais sans aucune preuve. Selon l'historien Jean-Claude Favez, qui corrobore ainsi les affirmations faites par von Steiger à propos du rapport Ludwig, les informations ne manquaient pas dans les milieux dirigeants, mais restaient dispersées et ne permettaient pas d'avoir «une vision claire et globale de la réalité» avant 1944. Même s'il faut entendre par ces mots la perception de la solution finale, cette date paraît tardive et pourrait être avancée d'un an au moins. Il semble plutôt qu'en 1942, l'administration se méfiait d'allégations jugées excessives et ne voulait pas fonder son action sur des on-dit. Enfin, la reconnaissance de l'authenticité des informations ne pouvait pas entraîner d'un coup la conviction intime de leur pertinence: les pogroms, on savait ce que c'était, le travail forcé aussi. La gestion rationnelle et bureaucratique du génocide dépassait l'entendement. Comme le reconnaissait Saly Braunschweig à une séance de la FSCI à laquelle assistait Rothmund, «on ne manque pas de rumeurs qui sont si effroyables qu'on ne peut leur accorder foi. Mais nous aurons bientôt l'habitude de devoir constater la réalité de l'impossible lui-même, si bien que nous ne pouvons plus traiter d'impossible même le summum de l'horrible». La connaissance du génocide n'est donc pas un phénomène univoque, et l'atmosphère générale ne favorisait pas la perception du drame dans toute son ampleur. Il fallait pourtant prendre rapidement des décisions majeures, dont la responsabilité se dilue au minimum entre Jezler, Rothmund, von Steiger et ses collègues. Rothmund justifiera plus tard sa rigueur par un argument qu'il jugeait à la fois prioritaire et péremptoire: la défense nationale ! Ce choix fait, la connaissance de la solution finale importait peu: «Ce n'est pas les dire, d'un camp ou de l'autre, ou des informations sur des horreurs contre les juifs qui pouvaient déterminer l'évolution de la pratique policière dans l'accueil aux réfugiés, mais les responsabilités que nous imposait alors la sauvegarde des intérêts de l'armée et de la population». En 1956, Von Steiger écrira dans le même sens qu'il ne s'agissait pas d'un «blocage total. Les admissions devaient s'adapter aux capacités d'accueil». Les réfugiés étaient en état d'urgence, mais l'urgence de l'Etat primait: "Il y allait là du salut du pays".  Sa justification du durcissement d'août 1942 se résume dans sa fameuse formule du 30: «La barque est pleine».