Henri VI succéda à son père sans rencontrer d'opposition. Son fils aîné, Philippe de Souabe, lui succéda à son tour. Mais Otton, l’un des fils d’Henri le Lion, s’opposa à lui. L’Église avait besoin de liberté pour s'acquitter de sa mission ; il n'était pas acceptable que Rome fût encerclée par l'empire; il fallait lui donner de l'air et garantir son indépendance par la reconstitution de ses États. Au demeurant, le pouvoir temporel, s'il jouissait d'une certaine autonomie dans son domaine, n'était pas en droit d'en user selon son bon plaisir; il tenait sa mission du pape qui devait, le cas échéant, vérifier s'il était digne de cette délégation. La personnalité d'Innocent IIl dépassait de cent coudées celle des deux princes qui se disputaient la couronne. Entre l'empire et le sacerdoce, l'équilibre, péniblement établi par Frédéric Ier était rompu. Le programme du pape répond à une ambition qu'il tient pour son devoir le plus impératif, la croisade afin de reprendre Jérusalem tombée aux mains des musulmans en 1187 et de souder les Lieux-Saints à la Chrétienté, et à une obligation qui incombe particulièrement à l'Église romaine, la lutte contre l'hérésie, avant tout contre le catharisme. Cette autorité, c'est ce que le pontife appelle, sans être l'inventeur de l'expression, la plenitudo potestatis, la plénitude du pouvoir, ce qui sous-entend d'une part qu'il n'est pas de pouvoir aussi « complet » que le sien, d'autre part qu'il s'agit seulement de l’exercice d'un office (potestas) qui, même s'il est souverain ici-bas, est soumis à une souveraineté supérieure (auctoritas), celle de Dieu exprimée dans le droit divin. Il est indéniable, dit-il, que, pour tout ce qui regarde directement le spirituel, la Papauté a une autorité absolue, permanente et inaliénable. Quant au pouvoir séculier, il a, lui aussi, une mission providentielle à remplir et, de ce fait, une très grande valeur, l'idéal demeurant donc la réalisation d'une parfaite collaboration entre eux. Cette doctrine ferme, il l'exprime clairement en plusieurs occasions. Le document le plus net est la décrétale Per venerabilem. Il expose aussi sa doctrine dans la décrétale Novit, adressée en 1204 à l'épiscopat français au sujet de la paix entre Philippe Auguste et Jean sans Terre. Complétant ce qu'il avait écrit l'année précédente, il justifie son intervention en soulignant que la guerre risque d'entraîner de graves dommages spirituels et qu'elle est une occasion de péché, donc, elle aussi, un péché. Cela aboutit à conférer à la Papauté la souveraineté unique sur le monde, mais une souveraineté qui ne s'exerce pas de façon normale et normative dans le domaine politique (sauf dans les États de l'Église où le pape a aussi l'office temporel), une souveraineté retenue. C'est donc là finalement une doctrine qui ne contredit pas la théocratie grégorienne, mais qui n'est pas en relation directe et immédiate avec elle, parce qu'elle légitime pleinement, selon le plan de Dieu, le pouvoir politique et la politique, et que l'idéal auquel elle aspire repose sur la collaboration de tous les pouvoirs et de tous les offices incités par l'Eglise, et non véritablement contrôlés sauf circonstance exceptionnelle et danger exceptionnellement grave, la règle permanente et courante étant celle de la totale confiance.

Innocent III fit savoir dès 1198 qu'il lui revenait d'arbitrer la compétition entre Philippe et Otton. Des princes, ecclésiastiques aussi bien que laïcs, eurent beau protester énergiquement à Spire en 1199 contre cette intrusion du pape dans les affaires de l'empire, en 1200 le verdict tomba, formulé dans une « Délibération sur le problème de l'empire ». Comme tout le laissait prévoir, il était favorable à Otton qui avait cédé sur les droits impériaux en Italie centrale et reconnu la suzeraineté du Saint-Siège sur l'État normand. L’appui du pape n'assura pas la victoire au parti welf. Otton avait plus d'alliés au-dehors que de partisans à l'intérieur de l'Allemagne; Philippe réussit à se faire réélire et couronner à Aix-la-Chapelle; même les Colonais lâchèrent Otton en 1206. Réaliste, Innocent III se tourna vers celui qui semblait l'emporter; des négociations aboutirent en mai 1208 à une solution de compromis ; moyennant quelques arrangements imposant aux deux parties des concessions pénibles mais supportables, le pape s'apprêtait à reconnaître Philippe lorsqu'un nouveau coup du sort réduisit à néant les espoirs de ceux qui attendaient la fin du conflit. Des raisons personnelles poussèrent le comte palatin de Bavière à tuer Philippe à Bamberg, le 21 juin 1208. Certes, l'empire aurait pu trouver la paix sous le sceptre d'Otton, Otton IV, puisque le pape, revenu vers lui, le couronna à Rome, le 4 novembre 1209. Même les ministériaux avaient changé de camp : Otton avait épousé la fille de son rival et ce mariage en avait fait en quelque sorte un Staufen par alliance. À peine sacré, Otton chaussa les bottes de ses prédécesseurs, Frédéric et Henri ; les appels des Allemands qui avaient tenu bon en Sicile le touchèrent et, en novembre 1210, il se mit en route avec l'intention ferme de refaire ce que, non sans mal, le pape avait défait. La réaction d'Innocent III fut rapide : Otton, qui avait renié ses engagements, fut excommunié sans délai, puis, sensible aux avis venus de France, le pape se souvint de Frédéric-Roger, le jeune roi de Sicile dont il avait été le tuteur. Il incita les adversaires d'Otton IV à l'élire, ce qu'ils firent au courant de l'été 1211. Il devint Frédéric II. Otton tenta de résister, mais la défaite qu'il subit dans son entreprise anticapétienne à Bouvines (1214) entraîna l'écroulement de son parti en Allemagne et le triomphe du pape et de Frédéric qui allait par la suite, sans qu'on le soupçonnât vraiment sur le champ, devenir le plus implacable adversaire du Saint-Siège.

La doctrine d’Innocent II conduit à une position différente à l'égard de l'Empire. Sur ce sujet délicat, Innocent III exprime son opinion dans deux documents: la fameuse Deliberatio sur les affaires de l'Empire, écrite vers la fin de 1199, dans laquelle il expose ce que sont en la matière les droits du Saint-Siège; la bulle Venerabilem, adressée en mai 1202 au duc de Zahringen, partisan d'Otton. Il y souligne d'abord que, pour lui, l'Empire relève du pape principaliter, c'est-à-dire dans son origine, et finaliter, c'est-à-dire à sa fin et dans sa fin. Dans la pratique, il résulte que l’empereur, avant d'être couronné, est soumis à l'examen du pontife, mais cette démarche ne remet pas en question la prérogative des princes électeurs. Elle lui est en quelque sorte parallèle - ce qui est très éloigné du raisonnement de Grégoire VII - et ne peut, à la limite, que renvoyer à eux. Lorsque ceux-ci sont d'accord sans difficulté, l'intervention romaine n'a d'autre objet que de vérifier l'aptitude de l'élu à remplir la fonction impériale et n'a donc du fait de l'entente des électeurs qui expriment la volonté de Dieu, aucune raison de récuser leur décision, hormis le cas où leur choix se serait porté sur un hérétique ou sur un grand pécheur, ce qui reviendrait à déceler l'oeuvre du démon dans les délibérations du collège électoral et à procéder ratione peccati, casualiter et causa urgente. En revanche, lorsque les électeurs sont divisés et élisent deux personnes, comme cela se produit en 1197, il revient au pape, causa urgente, de les examiner l'un et l'autre et de discerner lequel des deux est le plus apte à exercer l'office suprême selon la volonté divine. Le même Innocent III, qui a condamné Jean sans Terre, lui reconnaît intégralement son pouvoir lorsqu'il a renoncé à persévérer dans son péché et s'est réconcilié avec l'Église afin de mieux collaborer avec elle. Cet attachement à l'équilibre illustre au mieux la recherche d'une « voie moyenne » entre les excès de la pleine théocratie et les dangers du césaropapisme. Exprimée pour la première fois par le pape Gélase I, reprise, modelée, nuancée par certains auteurs carolingiens (Hincmar), par Abbon de Fleury et Atton de Verceil aux alentours de l'an mil, obscurcie et quasiment fermée par les grégoriens les plus ardents, avancée à nouveau timidement d'abord par Yves de Chartres, de plus en plus largement à partir de Gratien par Alexandre III, les canonistes, Geroh de Reichersberg et d'autres, cette position s'affirme plus fermement dans la doctrine d'Innocent III. Toutefois l'histoire montre qu'elle s'aménage de diverses façons et que, s'il ne l'ignore pas, le grand pontife n'en fait pas le seul axe de sa pensée.

Dans les décennies qui suivent le pontificat d’Innocent III, on constate, quant aux relations de l’Église et de l'État, que les principes antérieurement mis en avant demeurent, mais qu'ils sont le plus souvent présentés de façon obvie et même parfois marginalisés. Cela tient essentiellement à ce que l'accord ne règne plus entre les deux pouvoirs. Ceux-ci s'opposent vivement l'un à l'autre en deux conflits successifs, qui aboutissent finalement au renforcement de l'Etat.