Cet événement dépend directement du processus de désagrégation de l'empire et s'accomplit au détriment de celui-ci. Pendant le grand Interrègne, les paysans des vallées d'Uri, Schwyz et Unterwald avaient pris l'habitude de s'administrer eux-mêmes; ils s'unirent, en 1291, par un pacte perpétuel que les Suisses considèrent comme l'acte de fondation de la Confédération et dont ils conservent précieusement l'original. Ce n'était là, pourtant, que le renouvellement d'un acte plus ancien; mais les nouveaux Confédérés estimaient prudent de consolider leur union pour protéger plus efficacement leurs libertés récemment acquises et leurs coutumes locales contre l'ambition des Habsbourg dont les Etats les environnaient de toute part. Il est frappant de constater que, tandis que partout ailleurs, ce sont des seigneurs ou des villes puissantes qui cherchent à profiter de la ruine du régime féodal pour s'assurer des droits souverains, ici, une communauté de paysans révèle des capacités imprévues et construit un Etat. L'intelligence avec laquelle ils surent, au bon moment, tirer parti de circonstances favorables est aussi admirable que la décision et l'audace avec lesquelles ils repoussèrent tous les assauts. Un fait semble avoir eu pour eux une importance capitale, c'est l'aménagement, en 1200, de la route du Gothard, qui n'était auparavant qu'un sentier et qui valut aux habitants des vallées, à ceux d'Uri surtout qui l'utilisaient pour le commerce du bétail, d'atteindre à la prospérité. Ainsi le pacte de 1291 eut à la fois des conséquences politiques et des conséquences économiques des plus heureuses. En 1315, les Habsbourg cherchèrent vainement à détruire l'alliance des Confédérés. Dans la bataille du Morgarten, une armée de chevaliers, conduite par le duc Léopold, fut vaincue.

L'évolution des villes allemandes au XIVe siècle, qui eut entre autres pour effet la fondation de la ligue des villes de la Souabe, contribua dans une large mesure au développement de la jeune Confédération. Toute une série de villes demandèrent à en faire partie, poussées par l'espoir d'arriver ainsi à l'autonomie, ou par leur hostilité envers certains dynastes et surtout envers les Habsbourg. En 1332, ce fut Lucerne qui fit le premier pas; puis, au milieu du XIVe siècle, Zurich, Zoug, Glaris et Berne, laquelle se trouvait être déjà le centre d'un territoire assez vaste. Les ducs de Habsbourg, malgré une longue résistance, ne purent arrêter le mouvement. En 1386, ils tentèrent un grand effort pour reprendre ce qu'ils avaient perdu. Leur armée, marchant sur Lucerne, fut arrêtée à Sempach et anéantie par les Suisses. De cet événement, l'historien militaire tire une conclusion, valable dans tous les temps: une armée de chevaliers lourdement équipés n'était pas à la hauteur d'une troupe de paysans pourvus d'armes nouvelles et pratiques.

La victoire de Sempach donna aux Confédérés un nouvel élan. Dans les années qui suivirent, ils occupèrent peu à peu tous les territoires voisins abandonnés par des seigneurs féodaux: l'Argovie, la contrée qui s'étend au sud du lac de Constance, les vallées au sud du Gothard, la Suisse occidentale qui appartenait jusque-là au duc de Savoie. Ils échangèrent des traités d'amitié avec les démocraties voisines de la Rhétie et du Valais, comme avec des villes beaucoup plus lointaines: Mulhouse, Rottweil. Mais ce n'est qu'en présence de l'étranger ou quand le danger menaçait que la Confédération formait un tout uni; à l'intérieur, chacun de ses membres conservait l'autonomie individuelle. Il existait bien une diète, mais il n'y avait pas de pouvoir central, comme il n'y avait pas un pacte unique auquel les nouveaux membres adhéraient les uns après les autres, mais une série d'accords divers. Chaque membre se préoccupait avant tout d'obtenir son autonomie et d'échapper à l'autorité féodale tout en se considérant comme solidaire des autres. Pourtant la jeune Confédération connut des crises graves. Au milieu du XIVe siècle, Zurich brisa son pacte et chercha à s'inféoder à l'Autriche. Après que les Confédérés eurent écrasé le duc de Bourgogne (1474-1477), la mésentente se glissa entre eux. Mais, une fois de plus, la crise fut dominée. La diète de Stans sauva et confirma pour des siècles la souveraineté de chaque canton. Une guerre victorieuse contre l'empereur (1499) assura à la Confédération une indépendance de fait à l'égard de l'empire, affermissant de la sorte une situation qui, à la vérité, était déjà acquise depuis longtemps.