Après la mort d'Henri VII, le trône d'Allemagne fut brigué par un nombre considérable de candidats. Philippe le Bel, lui-même, souhaita l'obtenir pour son fils Philippe de Poitou et tenta de gagner à ce projet le pape d'Avignon. En Allemagne, les Habsbourg, les Luxembourg, les Wittelsbach cherchaient à faire valoir leurs droits. On en vint à une double élection qui n'arrangeait rien. Une partie des électeurs donnèrent leur voix à Frédéric de Habsbourg, fils d'Albert, les autres au duc Louis de Bavière, tandis que le roi de Bohême, Jean de Luxembourg, refusait de se prononcer. Louis avait obtenu le plus grand nombre de voix, mais le principe de majorité n'était pas forcément reconnu. Les deux partis prirent les armes, ce qui donna lieu à une guerre civile. Dans la bataille de Muhldorf en 1322, Louis battit son adversaire et le fit prisonnier. Plus tard, ils se réconcilièrent; Frédéric mourut en 1330, au moment où le conflit s'apaisait enfin.

Mais un ennemi beaucoup plus redoutable s'était dressé devant Louis de Bavière, après s'être immiscé dans la lutte pour le trône d'Allemagne: c'était le pape Jean XXII, qui cherchait à favoriser la politique française. Ses efforts tendaient, au fond, à empêcher toute domination allemande en Italie. Il s'en référait au vieux droit traditionnel selon lequel le gouvernement de l'Italie appartenait au pape quand le trône impérial était vacant. Donc, on en était revenu à la question des droits de l'empereur sur l'Italie, à laquelle s'ajoutait maintenant celle du trône de l'empire. Le pape prétendait arbitrer cette dernière et réclamait même le droit de sanctionner l'élection. En 1323, il mit Louis de Bavière en demeure de se justifier pour avoir accepté, sans l'assentiment du pape, le titre d'empereur d'Allemagne et avoir exercé de façon illégale les droits royaux et impériaux. Une fois de plus, on assista à une lutte entre le pape et l'empereur, lutte sans issue, car ni l'un ni l'autre des deux adversaires n'avait de véritable autorité. Tout ce que l'on avait vu au temps des Hohenstaufen se reproduisit; le pape excommunia l'empereur; l'empereur insulta le pape en l'accusant d'hérésie; enfin, Jean XXII déclara qu'il déposait Louis de Bavière. Les sympathies de l'Allemagne se partagèrent; toute la population prit parti pour l'un ou l'autre des adversaires, beaucoup se laissant guider dans leur choix par des intérêts égoïstes. Les Franciscains, austères et révolutionnaires, appuyèrent le roi de leur autorité spirituelle. Un de leurs amis, Marsilius de Padoue, publia un pamphlet sévère contre le pape et les règlements ecclésiastiques. Il refusait au souverain pontife non seulement l'autorité sur les princes, mais encore l'autorité spirituelle. Il s'élevait contre la prééminence du pape sur les évêques et des évêques sur les prêtres, contre l'idée d'une puissance spirituelle chargée de pouvoir. Il rappelait au clergé qu'il avait à pratiquer la pauvreté apostolique et ne devait posséder aucun bien terrestre, déclarait que c'est à l'Etat qu'appartient l'autorité sur l'Eglise, la législation ecclésiastique, le choix des dignitaires, que ce n'est pas le pape, mais les conciles qui fixent la doctrine; que les conciles doivent être convoqués par l'autorité laïque, ce qui revient à dire par le peuple qui est le véritable dispensateur du pouvoir de l'Etat. Semblables doctrines préparaient un bouleversement dans l'Eglise et même dans le domaine politique; elles étaient un signe précurseur de la grande révolution du XVIe siècle. Marsilius donnait à l'Etat une importance considérable. C'est à lui, disait-il, de se préoccuper de la destinée terrestre comme de la destinée future de l'homme. Le « Défenseur de la paix » fut sévèrement condamné à Avignon, mais les idées qu'il avait répandues n'en continuèrent pas moins à faire leur chemin dans les esprits. Louis de Bavière appela Marsilius à sa cour et en fit son conseiller.

Les attaques du pape n'ébranlèrent pas la situation de Louis en Allemagne, et les efforts de la curie pour faire couronner un prince français à sa place restèrent vains. En dépit de toute cette tension entre le pape et lui, Louis voulut aller ceindre la couronne des empereurs. En 1327, il se rendit en Italie, avec une petite armée, et reçut l'hommage des villes gibelines. Puis, il se fit couronner à Rome par un laïque, au nom du peuple romain. On put croire que l'empire se rétablissait, selon la conception antique. Mais ce n'était qu'une apparence. Il ne pouvait être fait abstraction de la tradition chrétienne. Louis s'en rendit si bien compte qu'il instaura un nouveau pape, le premier antipape depuis longtemps. Quand les Romains, qui s'attendaient à une campagne de leur empereur contre Naples, ne virent rien venir, ils se détournèrent de lui et, devenus leur risée, Louis et son pape durent quitter la ville éternelle. En Italie septentrionale, comme en Allemagne, il ne rencontra plus que méfiance. Il chercha vainement à se réconcilier avec Avignon; Jean XXII se montra inflexible. Mais, dans la diète de Rense, sur le Rhin, en 1338, les princes-électeurs, soutenus par d'autres seigneurs laïques et ecclésiastiques, déclarèrent que l'empereur qu'ils avaient élu n'avait aucun besoin de demander l'assentiment du pape. Un peu après, une autre diète, réunie à Francfort, affirmait dans un document solennel que l'empereur romain recevait sa puissance et sa dignité directement de Dieu, et non d'un pape. Ainsi donc, et quoique Louis de Bavière ne fût pas très aimé, ses vassaux ne se détournèrent pas de lui et défendirent âprement ses droits contre les prétentions de la curie. Ils nièrent même hardiment qu'il pût y avoir un rapport de droit quelconque entre la papauté et la dignité impériale. A côté des princes, le peuple allemand, et surtout la bourgeoisie citadine, se montra hostile au pape; on prit à son égard une attitude indifférente. L'Allemagne ne pouvait plus avoir confiance dans un pontife qu'elle voyait à la remorque de la politique française, un pape qui ne pensait qu'à amasser de l'argent et qui employait, au service de ses intérêts financiers, les armes spirituelles de l'excommunication et de l'interdit. La lutte que la curie avait si malencontreusement et si injustement engagée contre Louis de Bavière n'a pas seulement provoqué le déclin de la puissance pontificale, mais elle a gravement compromis l'autorité religieuse de l'Eglise. On s'aperçut peu à peu que le peuple allemand s'éloignait de la papauté. Les deux puissances universelles qui avaient constamment collaboré durant le moyen âge, malgré tous les frottements qui se produisaient entre elles, la papauté et l'empire, se séparaient définitivement l'une de l'autre. L'unité du moyen âge se rompait.

Dans d'autres domaines, Louis ne connut guère de succès; toute sa politique manquait de fermeté et de constance. Il rebuta les princes par la façon peu scrupuleuse, parfois violente, avec laquelle il soignait les intérêts de son patrimoine. Il annexa plusieurs territoires, entre autres le puissant margraviat de Brandebourg et, sur la base de droits très discutables, le Tyrol et la Carniole. Cette tactique lui valut la haine du parti luxembourgeois que dirigeait le roi Jean de Bohême. Il ne sut pas conclure d'alliance avec l'étranger; il s'y essaya pourtant mais, comme il penchait tantôt pour la France, tantôt pour l'Angleterre, ni l'une ni l'autre de ces puissances ne mit sa confiance en lui. Il ne parvint pas non plus à faire la paix avec Avignon. Enfin, le parti luxembourgeois se rapprocha du pape et obtint de celui-ci qu'il encourageât les électeurs à choisir un nouvel empereur. L'élu fut Charles de Luxembourg, fils de Jean de Bohême et petit-fils d'Henri VII. La guerre civile allait de nouveau éclater en Allemagne quand Louis mourut en 1347, Pour la seconde fois, la maison de Luxembourg accédait au trône; une ère brillante s'ouvrait pour elle.