Les papes qui succédèrent à Grégoire VII furent tous choisis parmi des moines austères, ce qui fait toucher du doigt combien le parti de la réforme avait pris la haute main dans les affaires de l'Eglise. Le premier successeur de Grégoire fut Victor III, jusque-là abbé du Mont-Cassin, et qui mourut l'année suivante déjà. Puis vint Urbain II (1087-1099) qui avait été prieur de Cluny. Il resta fidèle au programme de Grégoire VII, mais, plus que lui, il eut recours aux voies de la diplomatie pour atteindre son but. Il poursuivit la lutte contre Henri IV. En 1091, celui-ci reparut en Italie à la tête d'une armée et remporta d'abord quelques succès, mais bientôt, il se trouva dans la pire des situations. Son fils Conrad, qui avait déjà été élu pour être son successeur, fit cause commune avec le parti de ses ennemis; son épouse, une princesse russe, Eupraxie, répandit contre lui les accusations les plus déshonorantes et le ruina moralement. L'Allemagne était dans le plus grand désordre, tandis que les nations occidentales, enflammées par la prédication d'Urbain II, se préparaient avec enthousiasme à la conquête de la Terre sainte. Le successeur d'Urbain, Pascal II (1099-1118) était, lui aussi, un moine de Cluny. Une fois de plus, il excommunia l'empereur Henri, quoique celui-ci cherchât à se réconcilier avec le pouvoir pontifical et ne prît aucune part à l'intronisation d'un nouvel antipape après la mort de Wibert. Mais on le tenait, une fois pour toutes, et non sans raison, comme le fauteur du grand désordre et du schisme qui désolaient la chrétienté; en outre, il ne voulait pas renoncer au droit d'investiture. Dans ses dernières années, le roi connut une misère digne de compassion. Il avait déshérité son déloyal fils aîné et fait couronner roi le second, Henri, qui le trahit à son tour, sous le prétexte hypocrite qu'il ne pouvait rien avoir de commun avec un père frappé d'excommunication. Au fond, il redoutait les responsabilités de la couronne et cherchait à se sauver en s'alliant avec le pape et les princes. Pascal le délia du serment de fidélité envers son père, mais devait découvrir bientôt combien fausse était l'idée qu'il s'était faite du personnage. En effet, le jeune Henri, à force de ruse, fit tomber son père en captivité et le contraignit à lui remettre les insignes de l'empire et à abdiquer. Henri IV trouva moyen de se réfugier en Lorraine, où il comptait encore des partisans parmi les bourgeois des villes. De là, il entama des négociations avec le pape et se prépara à marcher contre son fils les armes à la main, après avoir sollicité l'aide du roi de France, Philippe. Rien ne pouvait éclairer de façon plus nette la lamentable situation à laquelle la lutte avec l'Eglise avait réduit le royaume allemand. Déjà une nouvelle guerre civile avait éclaté quand Henri IV mourut à Liège, au mois d'août 1106, de façon inattendue, pardonnant à tous « dans la foi chrétienne, dans une ferme assurance, dans un repentir profond ».

Ce sont les faiblesses et les fautes de ses jeunes années qui conduisirent Henri IV à sa fin tragique. Au terme de sa vie, il était mûri et modéré et n'aspirait à rien d'autre qu'à la paix avec l'Eglise et avec son peuple. Il prit position en faveur de la paix de Dieu, et il faut lui en tenir compte. Dans sa personne, c'est l'institution allemande de l'Eglise d'Etat des Xe et XIe siècles qui fut vaincue, mais il s'est aussi efforcé de dominer en lui et d'expier, alors même qu'il ne pouvait plus espérer aucune réconciliation avec personne, la présomption et l'obstination avec lesquelles, naguère, il s'était opposé à ce qu'il y avait de meilleur dans l'esprit du temps. Henri fut enterré à Liège, puis son corps fut transporté à Spire et déposé dans la cathédrale, à côté de ceux de ses ancêtres.

Henri V ne tint aucun des engagements qu'il avait pris à l'égard de l'Eglise, mais entra immédiatement dans les voies qu'avait suivies son père. En 1110, il se rendit en Italie à la tête d'une grande armée, pour y recevoir la couronne de l'empire. Le pape Pascal voulut profiter de l'occasion pour donner une solution radicale au problème des investitures qui pesait si lourdement sur la chrétienté, en concluant un pacte avec l'empereur: les évêques abandonnaient tous leurs droits régaliens et féodaux, en échange de quoi, l'empereur renonçait à celui de l'investiture. Pascal acceptait que l'Eglise fût pauvre, pourvu qu'elle fût libre. Mais il n'avait tenu aucun compte des réalités matérielles, ne considérant dans l'affaire que son côté le plus noble, et lorsqu'il fit donner lecture du contrat dans l'église de Saint-Pierre, il s'éleva une tempête de protestations parmi les évêques présents. Le roi retint le pape captif; des combats de rues éclatèrent dans Rome jusqu'à ce qu'on en vînt à un mauvais compromis et que l'empereur eût été couronné. Une fois de plus, la solution du problème des investitures était différée.  En Allemagne, Henri V ne fut pas plus heureux que son père en ce sens qu'il vit une sérieuse opposition se manifester contre lui. Une partie des princes lui restèrent fidèles, mais un grand nombre d'évêques l'abandonnèrent. L'âme de la résistance était, depuis longtemps, le duc saxon, Lothaire de Supplinburg. Il était bien décidé à réunir tous les Saxons en un Etat fort et unifié. Il avait su imposer sa puissance aux Slaves voisins et, en plus d'une occasion, marcha contre l'empereur. Il s'ensuivit une succession de combats désastreux au cours desquels le roi essuya plusieurs graves défaites. Quoique la situation ne fût pas du tout rétablie, Henri V osa, en 1116, partir pour l'Italie afin d'y prendre possession au nom de l'empire des biens toscans que la comtesse Mathilde avait, l'année précédente, consacrés à Saint-Pierre. Mais sa démarche échoua lamentablement. Pour avoir voulu faire un antipape d'un évêque trop accommodant, l'empereur fut excommunié.

Cependant, le problème des investitures mûrissait peu à peu. Par de savantes discussions, on en était enfin venu à établir une distinction nette entre l'investiture laïque et l'investiture spirituelle, entre les droits de l'Eglise sur ses évêques et les droits de l'Etat sur ses vassaux. Une solution définitive de toute l'affaire s'imposait en Allemagne, d'autant plus qu'en Angleterre et en France, on était arrivé à un accord. En Angleterre, le grand archevêque Anselme de Cantorbury avait défendu sans faiblir les droits de l'Eglise et remporté enfin la victoire en leur faveur. Un concordat avait été conclu à Londres (1107), en foi duquel l'élection et l'investiture appartenaient à l'Eglise, le roi conservant le droit d'assister à l'élection et de recevoir le serment de fidélité de l'élu, avant qu'il eût été consacré. En France, quoique la question des investitures ne fût pas moins brûlante qu'en Allemagne, elle y fut traitée avec beaucoup plus de calme. Le roi Philippe ler vint au-devant des exigences de l'Eglise en proposant une solution identique à celle que l'Angleterre avait trouvée. En Allemagne, l'entente aboutit enfin au Concordat de Worms, du 23 septembre 1122. Les dispositions essentielles étaient les suivantes: Le roi renonce à l'investiture par l'anneau et la crosse, symboles de la fonction ecclésiastique, et accepte l'élection libre et canonique des évêques et des abbés. Il restitue à l'Eglise tous les biens et tous les droits qui lui ont été arrachés. En compensation, l'empereur obtient le droit d'assister à l'élection des évêques et des abbés, de telle sorte qu'il conserve une certaine influence - pratiquement nulle - dans le choix qui est fait, l'usage de la simonie et l'emploi de la force étant exclus. Si un choix prête à discussion, l'empereur devra, sur l'avis et le conseil du Métropolitain et des évêques de la province, établir lequel des deux partis a le bon droit pour lui. L'octroi des droits régaliens a lieu après l'élection et se marque par le don du sceptre.

Ainsi prit fin cette lutte pénible entre l'Eglise et l'Etat. Il n'est pas facile d'en établir le bilan. D'un côté, le royaume d'Allemagne avait su conserver ses droits malgré les exigences exagérées de Grégoire VII. Il restait au roi une certaine influence sur le choix des évêques, et, ce qui était plus important encore, le droit de disposer des biens séculiers de ces derniers. Cependant, dans l'empire, quelque chose avait changé en faveur de l'Eglise. Les évêques n'étaient plus, comme cela avait été le cas depuis le temps d'Othon ler, les premiers serviteurs du roi. C'était au pape qu'ils obéissaient désormais. Grégoire VII l'avait fait clairement comprendre au pouvoir civil. A l'avenir, le roi ne pouvait plus à sa guise dresser les évêques contre les princes. Ces derniers avaient su utiliser la querelle des investitures à leur profit, pour fortifier leur puissance dans l'empire. Ils s'étaient révoltés contre les deux Henri, indépendants et conscients de leurs droits. Désormais, ils représentaient, à côté du roi et de l'épiscopat, une troisième force toujours prête à se manifester. C'est ce qui allait apparaître toujours plus nettement sous les Hohenstaufen. A la longue, un autre fait encore se révéla comme une conséquence de la querelle des Investitures: les villes d'Allemagne et d'Italie s'affranchirent peu à peu de l'autorité de leur prince-évêque. Tant que la lutte avait duré, on avait souvent vu le peuple et l'évêque s'opposer, ou bien l'évêque et un rival se dresser l'un contre l'autre. Les bourgeois furent toujours prêts à utiliser ces événements pour s'affranchir et donner à leur ville une plus large autonomie. Ainsi, la querelle des investitures donna naissance à maintes situations complexes.

L'Eglise avait largement atteint son but. La grande aspiration de Grégoire et de son parti avait été le rétablissement de l'Eglise dans sa liberté, sa pureté et son unité originelles. La liberté, c'est-à-dire l'affranchissement du pouvoir civil, était acquise, pour autant du moins qu'il s'agissait de la situation du pape vis-à-vis de l'empereur. Le danger qu'avait couru l'unité de l'Eglise consistait à voir un certain nombre d'évêques, groupés autour d'un roi ou d'un métropolitain, se séparer d'elle pour mener leur vie propre. Mais Grégoire VII avait tant insisté sur la primauté pontificale qu'il avait su se subordonner les métropolitains; tout danger était écarté pour longtemps et l'Eglise se présentait, dans un ordre hiérarchique grandiose, sous la direction générale d'un chef unique. La réforme avait remporté la victoire. Dans le domaine de la pureté, de grands progrès aussi étaient réalisés, dès lors que le mariage des prêtres et la simonie n'étaient plus la règle, mais un regrettable abus.

Henri V n'était pas destiné à une fin glorieuse. Aucune bénédiction ne semble avoir reposé sur son règne. Dans sa politique extérieure, il n'eut guère que des échecs. Diverses campagnes eurent pour conséquences l'indépendance complète de la Pologne et de la Hongrie, et celle quasi totale de la Bohème. Une expédition projetée par Henri contre la France, avec l'appui de l'Angleterre, fut interrompue de façon déshonorante, lorsque Henri vit les forces des seigneurs français déployées devant lui. Il mourut en 1125, sans laisser d'enfants. Avec lui s'éteignit la dynastie des rois franconiens.