En 1152, le neveu de Conrad, Frédéric Hohenstaufen, fut élu roi; son élection se fit, cette fois, dans toutes les règles. L'évêque Othon de Freising nous a laissé de lui un portrait très évocateur. Il était d'une taille un peu supérieure à la moyenne, ses cheveux blonds recouvraient légèrement les oreilles, il avait un regard aigu, un beau nez, des lèvres minces, une barbe rousse, qui lui valut, chez les Italiens, le surnom de « Barbarossa ». Son visage était radieux, sa démarche assurée et calme, sa voix claire. Tout en lui révélait une personnalité vigoureuse et virile. Les principaux traits de son caractère étaient un esprit résolu, l'irritabilité, la bravoure, parfois la dureté, associés à une activité intelligente et à la modération. Il ne manifesta jamais de sentiments religieux profonds, mais il n'était pas un incroyant. Il ne manquait pas d'instruction, quoique sa nature le portât avant tout vers les réalisations pratiques. Son premier soin fut de rétablir la paix dans l'empire. L'année de son avènement déjà, il publia une loi qui punissait le meurtre et d'autres crimes; quant aux querelles entre feudataires, il chercha à les éviter par de nouvelles dispositions écrites. Enfin il témoigna de beaucoup de souplesse à l'égard de ses vassaux, de manière à se les concilier. Il donna la Bavière à Henri le Lion, espérant ainsi mettre un terme à l'opposition des Welf contre les Hohenstaufen; il unissait, d'ailleurs, les deux familles en sa personne: sa mère était une Welf et il était lui-même le cousin de Henri le Lion. Henri Babenberg protesta d'abord violemment quand il se vit reprendre la Bavière, mais Frédéric l'apaisa en transformant son margraviat en un duché d'Autriche, pourvu de si grands privilèges qu'il en devint presque une monarchie indépendante. Les fondements de la future puissance danubienne étaient posés. Enfin, Frédéric mit un terme à l'éternelle opposition de la Bourgogne en la cédant en fief à son ancien adversaire Berthold IV de Zaehringen. Il passa outre au concordat de Worms et disposa des sièges épiscopaux à son gré et dans un but politique. Les évêques furent de nouveau ses conseillers, ses diplomates, ses chefs militaires, ses fonctionnaires. Il sembla que l'Eglise d'Etat avait poussé dans l'empire des racines trop profondes pour qu'on pût les extirper. Mais d'inévitables malentendus surgirent derechef entre la curie et l'empereur.

Pour Frédéric, l'Empire germanique était l'héritier du vieil Empire romain. Il se tenait pour un Imperator tout puissant, responsable devant Dieu seul, parfaitement indépendant de l'Eglise qui, au contraire, lui était soumise puisqu'elle avait besoin de sa protection. Immédiatement après son élection, il écrivit au pape pour lui signifier que l'Empire romain devait être rétabli dans toute sa puissance et son éclat. Ce qui signifiait qu'il se considérait comme le maître incontesté de l'Italie et de Rome. Du même coup, il déclarait la guerre aux villes lombardes qui avaient récemment acquis leur autonomie et remettait en question les droits du pape sur Rome et sur l'Italie.

En 1153, à Constance, Frédéric et le pape Eugène III signèrent un accord. L'empereur s'engageait à défendre le trône pontifical aussi bien contre les Romains rebelles que contre les entreprises guerrières des Normands de Sicile. En échange, le pape lui promit la couronne impériale. Il résolut alors de se rendre en Italie, non seulement dans l'intérêt du pape, mais aussi pour soumettre Milan qui avait imposé son autorité aux villes voisines et le bravait effrontément. Entouré de ses vassaux, il franchit les Alpes, dans l'automne 1154, se fit donner à Pavie la couronne des rois lombards et se dirigea sur Rome, malgré les nombreux obstacles dont les villes lombardes, raidies dans leur attitude de résistance, jalonnaient sa route. Eugène III était mort peu après l'entrevue de Constance. Hadrien IV (1154-1159), le seul Anglais qui ait jamais porté la tiare, occupait le trône de Saint-Pierre. Dès leur première rencontre, il eut une dispute avec le roi qui se refusait obstinément à lui servir d'écuyer, c'est-à-dire à lui tenir l'étrier, selon la coutume, et à conduire son cheval par la bride. Il fallut expliquer à Frédéric qu'il ne s'agissait là que d'une pure formalité, vide de sens, pour qu'il condescendît à y donner suite. Là-dessus, la bourgeoisie romaine lui envoya une délégation chargée de le sommer de se faire couronner par elle et non par le pape. Il refusa avec dédain, donnant clairement à entendre que la ville de Rome était sa propriété. Mais il ne put la soumettre; seule, la Cité de Léon tomba entre ses mains. Il obtint pourtant qu'Arnaud de Brescia lui fût livré; il le remit alors au préfet pontifical qui le pendit et brûla son corps pour éviter que le peuple ne l'honorât comme martyr. Frédéric se fit couronner à Saint-Pierre; au moment où le pape allait lui poser la couronne sur la tête, il la lui prit des mains et se couronna lui-même, fidèle en cela à la tradition impériale. Là-dessus, il prit rapidement le chemin du retour, sans avoir rien tenté pour défendre les Etats de l'Eglise contre la menace toujours pendante des Normands, ni défendu le pape contre la rage de la populace romaine. Hadrien IV chercha alors à rétablir, par ses propres moyens, une situation intolérable. Il conclut avec les Normands un accord en vertu duquel il donnait en fief la Sicile, les Pouilles et Capoue au roi Guillaume, fils et successeur de Roger Il, mort en 1154. C'était un retour à la politique de Hildebrand, mais une trahison de l'accord de Constance. Frédéric en fut très irrité et la tension entre le pape et lui ne fit que croître.

Les choses empirèrent encore au point de provoquer un éclat lors de la Diète de Besançon, en 1157. Une délégation pontificale, conduite par un juriste, le cardinal Roland, présenta à l'empereur une lettre par laquelle Hadrien IV exigeait des excuses pour l'arrestation de l'archevêque Eskil de Lund, laquelle remontait déjà à quelque temps. Dans cette lettre, il était question de « beneficium » que le pape avait donné à l'empereur. Le mot pouvait certainement avoir le sens tout à fait anodin de « bienfait », mais il pouvait aussi être interprété comme synonyme de fief, selon le vocabulaire médiéval, et prendre ainsi une haute signification politique. C'est à cette dernière acception du mot que s'arrêta, non sans parti pris certainement, le chancelier de l'empire, Reinald von Dassel, qui traduisit en allemand le message du pape. Il était un ennemi notoire de la curie. Bien doué, mais audacieux et impérieux, il fut pendant des années l'âme damnée de Frédéric. L'empereur et les princes s'emportèrent quand, au cours de la discussion, le cardinal Roland leur lança à la tête la question: « De qui l'empereur tient-il l'empire, sinon du pape ? » Dans une circulaire, Frédéric exprima sans fard sa façon de penser; il devait le royaume et l'empire à l'élection des princes et à Dieu seul, et non point au pape, dont il n'était point le vassal. Puis, il publia un édit interdisant au clergé allemand tout rapport avec le Saint-Siège. Le pape eut beau déclarer officiellement que, sous sa plume, « beneficium » avait eu le sens de « bienfait », la paix ne fut pas rétablie.

En 1158, Frédéric repartit pour l'Italie. Outre la question romaine et la question normande, il avait à s'occuper de Milan qui relevait la tête. Il assiégea la ville, l'obligea à se rendre, à prononcer le serment de fidélité, à livrer des otages et à renoncer aux droits régaliens. Puis, dans l'intention de rétablir l'empire dans tous ses droits, il convoqua une diète à Roncaglia, près de Plaisance. Ce n'était pas pour rien que l'ancien droit romain avait été remis en honneur par les écoles de puristes de Bologne et Pavie; il devait servir à rétablir l'empire. Une commission, formée de vingt-huit membres de l'aristocratie citadine et de quatre juristes de Bologne, publia le principe romain en vertu duquel la propriété de l'Etat ne pouvait être aliénée, et rétablit fermement les anciens droits impériaux dans les villes de Lombardie. Il s'agissait de l'élection des magistrats, de l'établissement des redevances et des impôts, du droit de battre monnaie, du revenu des pêcheries, des salines et des mines. La reprise en mains par Frédéric de tous ces droits que les villes avaient mis un siècle à arracher aux évêques et à l'empire, ne signifiait rien moins que l'anéantissement des libertés communales. Frédéric était fermement résolu à faire valoir les droits de l'empire et il passa immédiatement à l'exécution de ses projets. Mais les villes allaient-elles, sans autre, renoncer à leur organisation démocratique ? Aux vieilles lois romaines, elles opposèrent l'usage établi. Gênes refusa tout simplement de se soumettre. Dans la plaine du Pô, Milan prit à nouveau la tête de la résistance, tandis que les partisans de l'empereur se groupaient à Crémone. Le coup de force de Frédéric contre les villes italiennes était destiné à atteindre également le souverain pontife. L'empereur fit sentir à Hadrien IV que c'était lui, non le pape, qui était maître souverain de l'Occident. Dans la correspondance qu'ils échangeaient, il commença à placer son nom avant celui du pape. Il fit valoir, sans aucune retenue, ses droits de suzerain sur les Etats de l'Eglise et se déclara nettement le maître de Rome. « Etant donné que je détiens le pouvoir impérial par ordre de Dieu, si je ne régnais pas dans Rome, je ne serais qu'une ombre et mon titre serait vide de sens ». Le pape Hadrien se préparait à excommunier Frédéric, quand il mourut subitement. Les cardinaux lui donnèrent pour successeur Roland, le principal représentant de la politique anti-impériale. Il prit le nom d'Alexandre III. Mais un antipape, Victor IV, fut instauré par quelques cardinaux et protégé par les armes allemandes. Frédéric prit le parti de celui-ci, en représailles contre le collège des cardinaux qui lui avait refusé toute participation à l'élection d'Alexandre. Ainsi, une fois de plus, la chrétienté se trouvait divisée par un schisme. En 1160, l'empereur fit déposer Alexandre par un concile qu'il avait convoqué à Pavie, mais, en retour, Alexandre l'excommunia. Il passa sa colère sur Milan, assiégea la ville, la réduisit par la famine, en fit raser les murs. Il retint captifs les consuls et quatre cents notables qu'il s'était fait livrer, répartit la population dans quatre villages des environs et détruisit la ville de fond en comble. Dans leur effroi, les autres villes qui tenaient tête à l'empereur, Gênes y comprise, cédèrent; elles démantelèrent leurs remparts, acceptèrent des magistrats impériaux, prêtèrent le serment de fidélité et s'engagèrent à fournir de l'aide contre la Sicile. En Toscane aussi, toute résistance s'éteignit. La moitié de l'Italie était prostrée sous le sceptre de l'empereur, mais il était évident que Frédéric ne pouvait compter ni sur l'amitié, ni sur le bon vouloir de ses sujets. Quant au pape Alexandre, sa situation était tellement critique qu'il quitta l'Italie et s'embarqua à destination de la France.

Une grave mésentente séparait alors les rois de France et d'Angleterre et Frédéric put espérer un moment gagner l'un ou l'autre à sa cause; mais il devait être déçu. Après quelques hésitations, Louis VII prit le parti d'Alexandre III, tandis qu'il se réconciliait avec le roi d'Angleterre, Henri II. Au même moment (1164), l'antipape Victor mourut et sa mort affaiblit la position de l'empereur. Plusieurs des villes lombardes osèrent relever la tête. Vérone, Plaisance et Padoue conclurent une alliance contre l'Allemand détesté. Elles furent soutenues par Venise, dont les constantes intrigues avec Constantinople et la Sicile étaient pour l'empereur une grave menace; enfin, la présence à Rome de l'antipape Pascal III, successeur de Victor IV, rendit impossible pour Frédéric une réconciliation avec l'Eglise. Pendant quelque temps, Frédéric put espérer s'assurer la sympathie du roi d'Angleterre, Henri II, également en lutte contre l'Eglise qu'il voulait soumettre à son autorité tyrannique, mais qui avait trouvé dans l'archevêque Thomas Becket, son ancien chancelier, un adversaire intraitable. Le différend entre le roi et l'archevêque prit de telles proportions que celui-ci dut fuir en France et solliciter la protection du roi Louis VII. Cependant, Frédéric ne parvint pas à nouer avec Henri II une alliance durable, quelque effort que le chancelier Reinald ait déployé dans ce sens. Après le meurtre de Thomas Beckett en Angleterre, les partisans de l'Eglise se soulevèrent contre Henri II qui, aux prises avec ses propres difficultés, perdit tout intérêt pour la politique impériale.

La tentative de l'empereur de s'assurer des alliés puissants tournait court, et, pourtant, il laissa s'exaspérer encore le conflit avec la curie. Dans une diète, à Wurzbourg, en 1165, il fit le serment de ne jamais reconnaître ni Alexandre, ni aucun successeur de son parti; mais, au contraire, de se montrer en tout temps obéissant et respectueux envers Pascal. Tous les assistants durent prêter le même serment; il donna six semaines aux princes et aux ecclésiastiques absents pour en faire autant. Tous ceux qui désobéiraient seraient mis au ban de l'empire. Les Cisterciens qui, tous, avaient pris le parti d'Alexandre III, furent chassés en foule hors d'Allemagne; des évêques furent déposés sans égard. Frédéric voulait être le maître de l'Eglise comme jadis Charlemagne; il obligea Pascal à le canoniser. En 1166, Frédéric entreprit une nouvelle campagne d'Italie afin d'anéantir, une fois pour toutes, la résistance qui, sans cesse, relevait la tête. Les Romains s'étant enfin laissés gagner à la cause d'Alexandre III, l'empereur marcha sur eux et les battit à Tusculum, près de Rome, dans une bataille sanglante. Ils durent se soumettre et Alexandre quitta clandestinement la ville, vêtu en pèlerin, pour aller se mettre sous la protection des Normands. Pascal se fit introniser solennellement à Saint-Pierre, et offrit à Frédéric le cercle d'or à la possession duquel, selon une opinion ancienne, le droit d'élection des papes était attaché. L'empereur se voyait au faîte de la gloire quand, brusquement, c'était en août 1167, une épouvantable épidémie éclata dans son armée. Une grande partie de ses hommes succombèrent et, parmi eux, des personnalités importantes, telles que le chancelier Reinald. Au même moment, la Lombardie se souleva comme un seul homme. De la petite ligue de Vérone était issue une alliance puissante d'une vingtaine de villes, dont Venise, Crémone, Bologne, Milan. En effet, la même année, les Milanais étaient revenus aux ruines de leur ville et ils étaient en train de la reconstruire avec l'aide de leurs alliés. Les Lombards réclamaient la révocation des dispositions de Roncaglia et le rétablissement de leurs libertés et de leurs communes. Le mouvement était très fort et Frédéric incapable de lui résister avec les débris de son armée. Au prix de grandes difficultés, se sachant personnellement en danger, il traversa la Savoie et franchit le Mont-Cenis avec le reste de ses hommes d'armes. Ce n'est qu'une fois en Allemagne qu'il se sentit en sécurité. Mais Frédéric n'était pas homme à se laisser abattre. Il employa les années qui suivirent à fortifier sa position en Allemagne, à étendre son patrimoine dans le sud, à mettre de l'ordre dans ses relations avec ses voisins de l'est. Si bien qu'au nord des Alpes, son autorité fut à peine entamée par son échec en Italie. Mais le pape Alexandre refusa de faire la paix avec lui et les Lombards restaient indomptés. Pour le braver, ils avaient construit, au pied des vallées du Piémont, une ville forte à laquelle ils avaient donné le nom d'Alexandrie. Durant tout l'hiver de 1174 à 1175, Frédéric assiégea la place; il ne put la prendre. Ses négociations avec les villes lombardes échouèrent. Alors il se décida à aller rencontrer à Chiavenne Henri le Lion et le supplia, presque à genoux, de lui prêter assistance, mais celui-ci s'excusa sous des prétextes fallacieux, allumant ainsi, chez l'empereur, une terrible rancune.

Peu après, les villes lombardes remportèrent près de Legnano une victoire sur les impériaux; elle ne fut pas décisive pourtant et laissait entrevoir de nouvelles luttes. Mais un désir de paix se manifestait vivement, surtout dans les milieux de l'Eglise. L'empereur, lui-même, souhaitait un accord. C'est ainsi qu'en 1177, la paix fut signée à Venise. L'empereur renonçait à la suzeraineté sur les Etats pontificaux, garantissait la paix à la Lombardie et à la Sicile et reconnaissait Alexandre III comme le pape régulier; ce dernier le releva de l'excommunication. La question de Toscane devait être soumise à un arbitrage et restait en suspens. Sur ce point, le pape se montra conciliant et il semble que, pour un temps, l'empereur maintint ses droits sur ce fief. Une fois de plus, la papauté triomphait de l'empire. Ce fut un moment solennel que celui où Frédéric Barberousse, à Venise, se jeta aux pieds du pape. En fait, quoique presque toujours en exil, Alexandre ne s'était jamais laissé vaincre sur le plan des droits essentiels de l'Eglise: l'autonomie de Rome et des Etats pontificaux était reconnue, et, du même coup, l'indépendance du chef de l'Eglise à l'égard de la puissance impériale. Alexandre III avait mené la lutte avec une fermeté résolue, mais aussi avec patience et dignité. L'Eglise ne pouvait que se réjouir qu'on eût abouti à un accord; la curie et toute la chrétienté avaient beaucoup souffert de l'état de tension qui avait forcément beaucoup affaibli l'autorité pontificale. Rien n'était plus dangereux et démoralisant que la rivalité entre deux papes. Pour que ce mal fût à tout jamais écarté, le concile de Latran, en 1179, compléta le décret de Nicolas II relatif à l'élection pontificale par une nouvelle disposition. Désormais, les deux tiers des voix des cardinaux seraient nécessaires pour qu'un candidat fût élu. Ainsi l'élection régulière des papes fut assurée, et celle d'un antipape rendue impossible. A l'exception de l'antipape insignifiant que Louis de Bavière voulut introniser, plus tard, il ne se produisit plus qu'un seul schisme, le grand schisme de la fin du moyen âge, consécutif à l'affreux désordre qui ravagea alors l'Eglise.

En Allemagne, la position de l'empereur était restée très forte, malgré ses défaites en Italie. Rien n'en témoigne mieux que la solution qu'il donna à sa lutte contre Henri le Lion. Ce dernier se comportait en souverain dans le nord de l'Allemagne. Frédéric avait cherché à faire la paix avec lui, en témoignant d'une condescendance qui aurait pu paraître excessive. Mais quand, à son retour d'Italie, encore sous l'impression de la mauvaise volonté d'Henri, il entendit partout des plaintes à son sujet, il renonça à le protéger et le cita à comparaître devant lui. Henri voulut le braver; il s'emporta et aliéna tous ses fiefs. Toute sa noblesse abandonna aussitôt le Welf orgueilleux, qui dut venir implorer à genoux la grâce de son suzerain. Celui-ci ne lui rendit que ses biens personnels dans les provinces de Brunswick et de Lunebourg, et sous la condition qu'il partirait pour l'exil. Ainsi prit fin la puissance des Welf. Ce fut aussi la fin du vieux duché de Saxe. Frédéric n'en maintint qu'une petite partie, dont il fit don à la descendance d'Albert l'Ours, mort en 1170, et qui fut le noyau du futur électorat de Saxe. Le reste du duché fut morcelé en divers comtés et petits Etats ecclésiastiques. La Bavière fut donnée à Othon de Wittelsbach et la marche de Styrie, élevée au rang de duché. Au nord, le roi danois, Knud, s'introduisit dans les territoires restés sans maître; il sut se soustraire à la suzeraineté de l'empereur et soumit le duc de Poméranie, considéré jusque-là comme vassal de l'empire. En Italie, l'épineuse question lombarde fut définitivement réglée par la paix de Constance. Frédéric respecta l'alliance lombarde et reconnut aux villes, en opposition totale avec les dispositions de Roncaglia, les droits régaliens, celui d'avoir une milice, un tribunal, de s'entourer de murailles, d'élire leurs magistrats. En échange, il demanda aux villes de lui prêter le serment de fidélité et de lui faire quelques concessions insignifiantes. La suzeraineté allemande sur l'Italie n'était plus qu'une apparence; le mouvement démocratique triomphait. L'empire conservait, malgré tout, quelques points d'appui en Italie: la Romagne, le Piémont, la Toscane. Enfin, en 1184, Frédéric conclut avec la Sicile une paix que scellèrent les fiançailles de son fils, le jeune prince Henri, avec la princesse Constance. Le pape Lucien III, lui-même, parut voir cet accord de bon oeil, quoiqu'il présentât un danger pour l'Eglise. Car enfin, le roi de Sicile, Guillaume Il, n'avait pas d'enfant. Constance, qui était la fille de Roger II, était l'héritière du royaume, qui allait ainsi tomber aux mains d'un roi d'Allemagne. Que deviendraient les Etats pontificaux, comment l'Eglise défendrait-elle sa liberté, quand elle serait entourée par l'empire ?

Cette perspective ranima le conflit lorsque Urbain III (1185-1187), qui était un adversaire déclaré de Frédéric, monta sur le trône pontifical. Pour braver le pape, Frédéric fit couronner son fils, Henri, roi d'Italie et l'envoya à la tête d'une armée dans les Etats de l'Eglise, avec mission de les dévaster. Urbain allait fulminer l'excommunication contre l'empereur, quand il mourut. Ses deux successeurs, Grégoire VIII et Clément III, se montrèrent conciliants. De part et d'autre, d'ailleurs, on avait de bonnes raisons d'apaiser le conflit; l'empereur, parce qu'une grave révolte des princes le menaçait en Allemagne, l'Eglise, parce que la situation en Terre sainte donnait à penser que l'organisation d'une nouvelle Croisade était nécessaire.