Au bout de quelque temps, Innocent III se décida à prendre position en faveur des Welf. Il reconnut Othon IV comme roi d'Allemagne et frappa d'excommunication Philippe de Souabe et ses partisans. La cause des Welf s'en trouva affermie pour un certain temps. Les princes de l'Eglise et le duc de Bohême se rapprochèrent d'Othon. Cependant la lutte resta incertaine pendant quelque temps, puis Philippe de Souabe réussit à prendre le dessus. Les circonstances de l'Europe occidentale l'y aidèrent dans une large mesure. Le roi de France, Philippe-Auguste était partisan des Hohenstaufen, parce que son ennemie jurée, l'Angleterre, s'était déclarée pour les Welf et pour le pape. Mais, comme l'Angleterre fut frappée d'interdit parce que le roi jean persécutait l'Eglise, l'alliance des Welf, de l'Angleterre et du pape fut rompue. Ces événements favorables à sa cause permirent à Philippe de Souabe de se réconcilier avec Innocent III et de devenir le seul maître de l'empire, mais, en 1208, il fut traîtreusement assassiné par Henri de Wittelsbach.

Les princes allemands furent assez habiles pour reconnaître Othon IV à l'unanimité, ce qui mit un terme à la querelle des Welf et des Hohenstaufen. La réconciliation définitive fut assurée lorsque Othon eut épousé Béatrice, fille de son adversaire, Philippe de Souabe. Othon IV fit au pape de grandes concessions: reconnaissance de l'autorité pontificale sur les contrées voisines des Etats de l'Eglise qu'Innocent III lui avait rendues, reconnaissance de la suzeraineté du pape sur la Sicile et, en ce qui concernait l'Eglise d'Allemagne, des promesses qui surpassaient les dispositions du Concordat de Worms. Mais quand il vint en Italie et qu'Innocent l'eut couronné, il ne tint aucun de ses engagements et se comporta, à l'exemple des Hohenstaufen, en maître de la péninsule. Malgré les protestations du pape, il pénétra dans le royaume normand et s'apprêtait à conduire son armée jusqu'en Sicile, quand il apprit tout à coup que les princes allemands l'avaient déposé et avaient élu, à sa place, Frédéric Hohenstaufen, fils d'Henri VI. Leur volte-face était l'oeuvre de Philippe-Auguste, qui se sentait depuis longtemps menacé par l'alliance anglo-welf. Le pape Innocent III avait aussi joué son rôle dans l'affaire, quoique l'élection de Frédéric laissât prévoir l'encerclement des Etats de l'Eglise par l'Allemagne et la Sicile, réunies en une seule main. Mais il avait pris ses précautions. Avant l'élection, Frédéric avait reconnu par écrit les droits suzerains du Saint-Siège sur le royaume normand et fait nommer son fils Henri, roi des Deux-Siciles (nom que l'on donnait volontiers à l'ensemble du royaume). Par ces mesures, Innocent croyait s'être mis à l'abri de tout danger.

Excommunié par le pape, Othon rentra aussitôt en Allemagne. Son règne sur l'Italie s'effondra aussi vite qu'il s'était édifié. Il fit de vains efforts pour reconquérir ses droits dans son royaume; son parti fondit comme neige au soleil. Du reste, l'Allemagne avait perdu la haute main dans la partie qu'elle jouait en compagnie de l'Italie, de la France et de l'Angleterre. En Italie, Innocent disposait de toute l'influence et, de l'autre côté des Alpes, le roi de France tenait en sa main tous les fils, comme on devait le voir bientôt. Les événements d'Angleterre devaient amener une solution de toute la question. Comme le roi Jean « Sans Terre » sévissait toujours, sans scrupule, contre l'Eglise et le clergé, Innocent III, fidèle à sa conception du rôle de pape, le déposa. Alors le roi se soumit, prêt à faire pénitence, offrit au pape la suzeraineté sur son royaume et promit une redevance annuelle de 1000 marks. Mais Philippe-Auguste, qu'Innocent III avait précédemment mis en garde contre l'Angleterre, ne se laissa pas tromper par ce changement d'attitude et continua la lutte. Dans la bataille de Bouvines (1214) à laquelle Othon IV prit part en personne, il remporta une éclatante victoire sur l'alliance anglo-welf. Un chroniqueur contemporain a écrit. « Dès ce moment, la gloire allemande fut éclipsée par celle des Welsch. »

Ainsi les Welf furent définitivement vaincus et Frédéric Il resta le maître incontesté de l'empire. En 1218, Othon mourut sans gloire et presque complètement oublié. Une fin tout aussi humiliante attendait son cousin et ancien allié Jean Sans Terre, que ses vassaux réduisirent à une dépendance totale. En France, au contraire, Bouvines marque le premier triomphe de la puissance capétienne. Innocent n'essaya pas d'établir sa suzeraineté sur le royaume d'Angleterre, mais, d'une façon générale, sa politique fut constamment couronnée de succès. Il employa l'influence qu'il avait prise en Allemagne à faire rentrer dans le giron de l'Eglise le clergé allemand qui, pendant des siècles, s'était tenu au service exclusif du roi. Par la bulle d'or d'Eger (1213), le jeune Frédéric II fit au pape, en remerciements de ses services, de grandes concessions: renonciation à l'exercice de toute influence dans l'élection des évêques, restitution des biens ecclésiastiques spoliés (la couronne s'était arrogé un droit sur les revenus des évêchés vacants, droit que lui contestait Rome), gratuité du droit d'appel au tribunal de l'Eglise. Dans le même document, Frédéric garantissait le maintien des Etats de l'Eglise, augmentés de la Marche d'Ancône, du duché de Spolète, de l'exarchat de Ravenne, des territoires toscans de la comtesse Mathilde. Enfin, le droit de suzeraineté sur la Sicile était notifié une fois de plus.

Le but qu'Innocent III avait poursuivi en Italie était parfaitement atteint. Les Etats de l'Eglise étaient affranchis de la tutelle allemande et, considérablement agrandis, ils constituaient maintenant une barrière entre le nord et le sud de l'Italie. La situation réciproque de l'Eglise et de l'empire devenait claire. Mais la paix n'était pas assurée pour autant; Innocent doit bien s'en être avisé lui-même. Le problème de la Sicile semble ne lui avoir laissé aucun repos. Frédéric pouvait, en effet, au mépris de toutes ses promesses, chercher à incorporer le royaume normand à l'empire en le rattachant à l'Allemagne, perspective bien dangereuse pour les Etats de l'Eglise. En 1216, Innocent exigea donc de Frédéric II un nouvel engagement écrit, par lequel le roi promettait, dès qu'il aurait été couronné empereur, d'abandonner complètement les Deux-Siciles à son fils, comme un fief de l'Eglise. Ainsi, à l'avenir, aucune circonstance ne pourrait réunir dans la même main l'Allemagne et la Sicile.