Au début de l'année 1046, l'état de la papauté inspirait de vives inquiétudes. Benoît IX, qui n'était peut-être pas l'ignoble débauché dont l'historiographie nous a légué la caricature, avait jusqu'en 1044 perpétré le régime qui faisait de la famille des Tusculum la maîtresse de la Ville éternelle. Chassé par les Romains qui le remplacèrent par un membre du clan rival des Crescents, Sylvestre III, en 1044, il réussit à reprendre le pouvoir l'année suivante, un pouvoir qu'il céda, dans des conditions suspectes - l'avait-il abandonné ou vendu ? - à son parrain qui prit le nom de Grégoire VI. Il y avait donc alors trois papes vivants ; il fallait réagir, et Henri III décida d'aller en Italie. En tant que roi des Romains, il était empereur potentiel, seul capable d'intervenir. À Pavie, il donna son aval au programme pontifical de réforme, et à la lutte contre la simonie. Henri Ill convoqua une assemblée, qui prit le nom de Synode de Sutri. À Sutri, le 24 décembre 1046, Henri prononça la déchéance des deux derniers papes élus, Silvestre III et Grégoire VI, et la même sentence tomba sur Benoît IX à Rome. Le troisième acte fut la désignation d'un successeur, comme l'avait fait Otton III un demi-siècle auparavant : l'archevêque Adalbert de Brême, qui rêvait d'être un « patriarche du Nord », refusa le trône de saint Pierre, et c'est l'évêque Swidger de Bamberg qui, bon gré mal gré, accepta de devenir pape. Il choisit le nom de Clément Il, indiquant par ce choix qu'il était là pour ramener l'Église à la pureté de ses origines : le 24 décembre, on le fit acclamer par les Romains, pour donner à ce choix un semblant de légitimité, et le consacrer. Le lendemain, jour de Noël, Henri III reçut l'onction impériale des mains de son fidèle, qui entendait rester encore évêque de Bamberg.

Ainsi l'empereur avait porté le fer de la réforme à Rome, car son intention était bien de purifier le coeur de l'Église universelle. Contrairement à ce que des historiens ont prétendu, il n'a pas nommé le pape comme il désignait n'importe quel évêque de son Empire ; il n'a pas intégré le Saint-Siège à l'Église impériale pour en faire la clé de voûte d'un système de gouvernement. Il savait bien que les deux pouvoirs devaient assurer ensemble le bien de la chrétienté ; cette coopération, pour être fructueuse, ne pouvait pas associer deux hommes que n'unissait pas une même conviction. Henri devint patrice parce que ce titre lui conférait un rôle décisif dans l'élection du souverain pontife. Il continue par la suite à veiller sur le siège apostolique et donne de son propre chef la tiare à d'autres prélats germaniques en prenant soin de promouvoir des hommes de grande dignité. Par de telles décisions, il se place de manière éclatante à la tête de la Chrétienté, dont, en intime coopération avec l'Église, il est le guide suprême, ayant le pouvoir d'intervenir souverainement en toutes matières lorsque aucun autre pouvoir établi ne peut le faire. C'est donc là encore la thèse césaropapiste. Ces événements représentent un moment majeur dans l'histoire de l'Empire et de l'Occident. L'action déterminée d'Henri III semble avoir été admise par tous, mais dut causer un choc à tous ceux qui étaient attachés à l'indépendance de la papauté. C'était bien à une mainmise des laïcs sur le siège de Rome qu'on assistait, plus que cela n'avait jamais été le cas auparavant. Bien plus, Rome semblait descendre au rang d'un évêché d'Empire. Ainsi Clément II, qui avait conservé son siège épiscopal en Allemagne, choisit de s'y faire enterrer, et ses successeurs immédiats prirent la même option. Le pape d'Henri III était mort dès octobre 1047, après neuf mois de règne à peine, et l'empereur se mit en quête d'un remplaçant. Son choix tomba sur Poppon de Brixen, dont le siège épiscopal contrôlait un passage alpestre. L'élu demanda à réfléchir, ce qui laissa le loisir aux Italiens de redonner sa chance à Benoît IX. Boniface, le marquis de Toscane, qui n'appréciait pas les ordres impériaux, se soumit pourtant en facilitant l'occupation du siège romain par Poppon, qui devint Damase Il ; ce dernier mourut trois semaines plus tard (17 juillet-9 août 1048). Tout était à refaire. Des envoyés romains partirent pour la cour et demandèrent la promotion de l'archevêque Halinard de Lyon, mais la volonté impériale désigna le modeste évêque de Toul, Brunon d'Eguisheim, parent éloigné de l’empereur (Worms, décembre 1048). Le nom qu'il prit, celui de Léon IX, montrait qu'il voulait la gloire de la Ville éternelle, dont Léon le Grand jadis avait exalté la splendeur. Évêque de Toul, il ne partit pas sans emmener avec lui ses collaborateurs lorrains, parmi lesquels Humbert de Moyenmoutier que nous retrouverons. La réforme fut le principal souci de Léon IX ; pendant les six ans que dura son pontificat, il sillonna l'Europe pour promouvoir ce redressement. A Mayence, l'empereur prit part à côté de lui au synode qu'il avait convoqué. Le pontificat de Léon IX est parfois considéré comme le premier acte de la réforme dite communément « grégorienne » ; cela peut paraître paradoxal quand on songe au degré d'intimité de la papauté d'alors avec le pouvoir impérial. Le pape et l'empereur siégèrent côte à côte à Mayence pour promouvoir l'esprit réformateur (1049), et leurs relations demeurèrent excellentes. Le pape, ancien chapelain de Conrad Il, représentait en quelque sorte l'Église impériale comme ses prédécesseurs et successeurs immédiats. Ce fut le temps d'une alliance du Sacerdoce et de l'Empire, avant le grand conflit qui allait éclater. Le premier désaccord porta sur les relations avec les Normands. Henri III ne mettait pas toutes ses forces dans la politique italienne ; il refusa de s'engager quand le pape affronta les Normands et le laissa se faire écraser à Civitate en juillet 1053. Imprudemment engagé dans la lutte contre les Normands, le souverain pontife, défait et prisonnier, ne rentra de captivité que pour mourir. Comme tous ses prédécesseurs sur le trône de Pierre depuis 1046, Victor II fut un sujet (évêque) de Henri III. Il mit cinq mois pour accepter et attendit encore sept mois avant de recevoir la consécration. C’est assez dire si le poste ne paraissait pas attrayant. Deux plus tard il mourrait. Henri III mourut prématurément, il était alors âgé de 38 ans. Il terminait sa vie au milieu des difficultés avec les Slaves, mais avait fait couronner son jeune fils âgé de 3 ans pour que continue sa dynastie, sa veuve, Agnès, fut chargée de la régence. Les dernières actions de l’empereur visaient à établir une sorte de paix de Dieu ; le pouvoir qu’il avait exercé sur la sur la papauté n'avait pas été controversé et pourtant il fut sans doute le déclencheur des difficultés qui allaient bientôt dresser l'un contre l'autre le Sacerdoce et l'Empire.