L’empereur n'était plus seulement pour le pape un voisin inquiétant ; il encerclait Rome ; un jour, peut-être, il tenterait d'en faire vraiment sa capitale ; l'abattre était une nécessité vitale. Le souverain pontife avait affûté son glaive : la doctrine théocratique était formulée sans détours, subordonnant César au Christ, dont le successeur de Pierre était le représentant ici-bas. Ses coups portaient plus loin depuis que les ordres mendiants lui fournissaient une milice, bien entraînée et disciplinée, de prédicateurs capables de remuer les foules ; itinérants par vocation, ces religieux allaient partout où le pape avait besoin d'eux ; en Allemagne aussi. Pour rappeler son droit et faire comprendre à l'empereur qu'il pourrait le condamner, Innocent IV invoque de façon très claire la Donation de Constantin ainsi que le transfert de l'Empire et rappelle que c'est le pape qui, par le sacre, concède le pouvoir impérial et juge de la « justice » de celui-ci. La formulation va donc cette fois un peu plus loin et laisse entendre que l'Empire relève du Saint-Siège par essence et non pas seulement casualiter et causa urgente. En déposant l'empereur qui porte atteinte à la liberté du Saint-Siège et de l'Église, Innocent IV semble intervenir comme naguère Alexandre III menaçait de le faire à l'encontre des villes qui, en abandonnant la Ligue lombarde, pouvaient nuire à la Papauté. Toutefois, l'adversaire de Barberousse en avait logiquement déduit que la rupture de l'alliance devait être sanctionnée par l'excommunication, alors que, contre Frédéric II, c'est la déposition qui est prononcée, c'est-à-dire une sanction éminemment politique.

A cette différence de degré et de nature de la peine s'ajoute qu'il n'est fait aucune allusion à la nécessaire consultation et délibération des princes électeurs, ce qui est en contradiction avec les thèses des canonistes de la fin du XIle siècle et avec Innocent III. Par ailleurs, la sanction politique ne vise pas tant les interventions excessives de l'empereur dans les affaires ecclésiastiques que toute sa politique condamnée parce qu'elle s'oppose à celle du Saint-Siège en Italie. C'est cela qui oblige à un nouvel exposé. Celui-ci proclame avant tout la plénitude du pouvoir (plenitudo potestatis) du pape qui est d'essence religieuse et concerne d'abord la juridiction spirituelle, mais qui, liée à l'argumentation selon laquelle le pontife est le vicaire du Christ, lui confère la souveraineté en tous domaines, grâce à laquelle il peut intervenir partout et à chaque instant et au nom de laquelle il exerce directement son autorité sur l'empereur, chef de l'administration temporelle, qui tient de lui son glaive et peut en être privé. Cela aboutit finalement à la rénovation des thèmes traditionnels du XIe siècle sur la nécessité pour l'empereur d'être chrétien et sur la dépendance de l'Empire par rapport au Saint-Siège. Toutefois la mission de l'État intéresse moins Innocent IV qu'on ne le croit. Sa vraie pensée, qui ne contredit pas cette notion, est qu'ici-bas la souveraineté est indivisible, qu'il ne peut y avoir une souveraineté spirituelle et une souveraineté temporelle et que le pape est donc le seul à détenir cette unique autorité absolue. Une telle doctrine, on le voit, renoue avec la théocratie grégorienne dans cette ultime conclusion; mais elle ne s'agence pas selon la même argumentation et ne se fonde pas sur la même « philosophie » de l'autorité et elle reste dans la tradition d'Innocent III, peut-être quelque peu gauchie. Elle affirme, en effet, que l'Empire relève de la Papauté dans son essence parce que la gestion temporelle de la Chrétienté, qui répond à la nature même du pouvoir impérial, appartient aussi souverainement au pontife romain qui intervient non pas seulement en vertu de son office spirituel, mais aussi dans l'exercice de sa souveraineté politique.