A l'aube de ce siècle, Philippe de Hochberg fut admis dans la combourgeoisie de Lucerne. On peut se demander quelles raisons l'ont engagé à solliciter une alliance avec Lucerne une ville aussi éloignée et qu'aucun intérêt commun ne devait, semble-t-il, rapprocher. Il n'est pas interdit de présumer que le comte a estimé utile de se créer des partisans au coeur même de la Confédération pour en obtenir un secours militaire en cas de danger, et peut-être aussi pour contrebalancer l'influence de Berne, parfois lourde à supporter. Lucerne devait être le dernier canton avec qui le maître de Neuchâtel entra en relations étroites. Le traité scellé en 1501 ne déploya véritablement ses effets que pendant quelques dizaines d'années au cours desquelles les Lucernois n'eurent pas l'occasion de jouer un rôle prépondérant dans les affaires Neuchâteloises. Les événements ultérieurs, et notamment la crise religieuse des années 1530, divisèrent les cantons en deux blocs hostiles. A celui de l'ancienne confession se rattachaient Soleure, Fribourg et Lucerne, tandis que Berne avait adhéré tôt à la Réforme religieuse. Cette prise de position ne pouvait que rapprocher ce dernier canton de Neuchâtel.

Philippe de Hochberg mourut en 1503, ne laissant qu'une fille, Jeanne, laquelle épousa l'année suivante un prince français, Louis d'Orléans-Longueville. Ce prince, trop absorbé par les fonctions et les charges qui lui avaient été confiées par le roi de France, ne fit que de brefs séjours dans le pays. Il s'en occupait fort peu sans doute et son autorité devait être très réduite. Mais, désireux de conserver un fief qui lui valait quelques revenus, il comprit que son intérêt lui dictait de rester en bons termes avec ses combourgeois. Il s'empressa de renouveler les traités d'alliance signés par ses prédécesseurs. Quant à l'administration du pays, qu'il connaissait fort mal, il jugea préférable de l'affermer aux autorités de la ville de Neuchâtel. En échange d'une modeste redevance annuelle, les Quatre Ministraux devinrent les véritables maîtres du comté. Les sujets leur devaient obéissance; les principaux postes de l'administration étaient à leur nomination.

Cet abandon partiel d'autorité par le prince ne pouvait que convenir aux bourgeois de Neuchâtel. Les relations qu'ils entretenaient avec leurs combourgeois, avec Berne en particulier, les avaient certainement incités à vouloir jouer plus tard un rôle de premier plan dans l'Etat. En période de tranquillité, il n'est pas impossible que le glissement du pouvoir, du prince aux bourgeois de Neuchâtel, se serait accentué au point de provoquer un conflit, soit avec Louis d'Orléans, soit avec les cantons. Mais la tension internationale, loin de se relâcher, s'aggravait plutôt. Dans le nord de l'Italie, la France ne renonçait pas à la possession du Milanais, où elle se heurtait au pape, à Venise et à l'Empire. Les cantons étaient sollicités de prendre position pour l'un ou l'autre des antagonistes, et dans chacun d'eux la France avait ses partisans et ses adversaires. Une illustration de l'état d'esprit qui régnait chez eux se manifesta dans l'affaire Supersaxo. Ce Valaisan, agent de Louis XII, fut arrêté alors qu'il passait par Fribourg et incarcéré. Il réussit à s'évader et se réfugia à Neuchâtel, pensant y être en sûreté puisque le comte se trouvait être un prince français. Qu'allaient faire les autorités ? Louis d'Orléans ne pouvait décemment livrer à Fribourg, qui réclamait son extradition, un partisan de son maître. Berne sauva la situation en déclarant prendre Supersaxo sous sa protection et en demandant qu'on le lui confiât. Les Neuchâtelois furent heureux de cette solution et s'empressèrent de déférer à l'invitation des Bernois. Les Fribourgeois durent s'incliner, mais, à n'en pas douter, ils gardèrent longtemps rancune aux Neuchâtelois de n'avoir pas livré Supersaxo.

Cet incident est caractéristique de la position délicate qu'allait connaître le pays de Neuchâtel. Son maître, Louis d'Orléans, prince français et défenseur des intérêts de son roi en guerre contre les Suisses, était d'autre part combourgeois de quatre villes confédérées. Il ne pouvait ignorer ses obligations envers elles. La population du comté, de son côté, ne cachait pas ses sympathies pour la cause des Confédérés. La position de Louis d'Orléans, entre deux feux, rappelait sur certains points celle qu'avait connue Rodolphe de Hochberg au temps des guerres de Bourgogne. Les mêmes inquiétudes naissaient de la possibilité d'une attaque française par le comté, tandis que les cantons étaient de plus en plus acquis à l’idée d'une descente en Bourgogne. Neuchâtel prenait une importance stratégique que l'on reconnaissait de part et d'autre du jura. Des bruits, vrais ou faux, de rassemblements de troupes circulaient; ils ne contribuaient pas à apaiser les esprits. Les autorités bernoises, toujours vigilantes, suivaient avec anxiété le déroulement des événements. Elles se rendirent bientôt compte qu'une mesure préventive, lourde de conséquences possibles, s'imposait: l'occupation du territoire Neuchâtelois. Mais pouvaient-elles agir seules et prendre une telle responsabilité à l'insu des autres combourgeois ? Elles jugèrent préférable de se faire seconder par l'un de ces derniers. Elles invitèrent les Soleurois à se joindre à une démarche qu'elles envisageaient de faire auprès des Quatre-Ministraux. Les Soleurois, dont les intérêts, sur ce point, rejoignaient ceux de Berne, acquiescèrent d'emblée à la suggestion de leur autre combourgeois. Mais bientôt il ne fut plus question d'envisager seulement des mesures propres à assurer la sécurité du territoire Neuchâtelois. Un autre projet, infiniment plus hardi avait pris naissance dans les esprits des dirigeants des bords de l'Aar. On n'envisageait rien de moins que d'inviter les Quatre-Ministraux à s’emparer s'emparer du pouvoir. C'était, on en conviendra, un coup d'Etat que l'on se proposait de conseiller aux autorités de la ville de Neuchâtel: substituer leur bourgeoisie à l'autorité de leur prince. Une semblable entreprise eût été rare dans les coutumes de l'époque, encore que l'on ne l'envisageât qu'à titre provisoire, nécessitée par l'insécurité des temps. Berne resterait, il va de soi, dans la coulisse, mais on peut bien présumer que ses dirigeants entendaient bien que les Quatre-Ministraux n'agiraient que sous leur autorité. Or, contrairement à leur attente, les bourgeois de Neuchâtel refusèrent d'entrer dans ces vues. A quel mobile ont-ils obéi ? On ne le saura sans doute jamais. Y a-t-il eu pression de certains cantons jaloux de la prépondérance des Bernois ? Les Neuchâtelois ont-ils eu peur de tomber complètement sous la coupe de leurs voisins?

La situation internationale se détendit si bien que les craintes de voir Neuchâtel servir de base à des opérations militaires paraissaient ne plus se justifier. Mais l'accalmie ne fut pas de longue durée. Les négociations pour un traité de paix entre les cantons et le roi de France s'éternisaient; le mécontentement gagnait les premiers, qui, peu à peu, se trouvaient acquis à l’idée d'une occupation de Neuchâtel. Devant cette perspective, les appréhensions des Bernois furent vives. Avec les Soleurois, ils envisageaient que le comté leur était plus ou moins dévolu, et qu'ils devaient en retirer des avantages que personne n'était en mesure de leur contester. Certes, ils n'ignoraient pas que des traités de combourgeoisie unissaient aussi Neuchâtel à Fribourg et à Lucerne; mais à leurs yeux, ces deux cantons ne pouvaient prétendre être mis sur un pied d'égalité avec eux. Quant aux autres Etats confédérés, dont les prétentions sur Neuchâtel étaient toujours à craindre, ils étaient pour l'immédiat trop engagés en Italie et devaient de ce fait laisser le champ assez libre aux deux principaux combourgeois.

Au début de l'année 1512, Berne estima le moment venu de passer aux actes. En fait, une simple délégation des cantons combourgeois envoyée à Neuchâtel suffit à faire comprendre à la population qu'elle avait de nouveaux maîtres. Il ne semble pas que les autorités locales aient soulevé quelque objection ou offert quelque résistance avant de s'incliner devant le fait accompli. Tout au plus les Quatre-Ministraux demandèrent-ils que leurs franchises leur fussent reconnues. Cette satisfaction leur fut aisément accordée, et, le 4 juillet, les bourgeois prêtèrent serment de fidélité aux représentants de ceux qu'ils avaient considérés jusqu'alors comme des alliés. Neuchâtel cessait ainsi d'être un comté pour devenir un bailliage. Il fallut songer à l'organiser. Les quatre combourgeois désignèrent un bailli, en charge pour deux ans. Le premier fut un Bernois, Louis de Diesbach, dont le mandat consistait avant tout à sauvegarder les intérêts de ceux qu'il représentait. Il fut convenu que chaque année les délégués des quatre cantons se réuniraient à Neuchâtel pour régler les causes importantes, pour prendre connaissance des comptes et se répartir l'excédent des recettes.

Cependant, le sort de Neuchâtel n'était pas encore assuré. Il ne pouvait l'être tant que la paix ne serait pas signée entre les cantons et le roi de France. Et le comté, placé entre deux belligérants éventuels, pouvait, d'un moment à l'autre, être utilisé pour des passages de troupes. C'était l'argument qu'invoquaient les occupants pour justifier leur présence à Neuchâtel et pour s'y maintenir. Outre l'intérêt qu'ils pouvaient avoir à la possession, même momentanée, du comté, ils voyaient en ce dernier une position avancée qui leur permettait de reprendre leurs visées d'une descente en Bourgogne. Le moment était d'autant plus propice que leurs Confédérés fortement engagés dans les luttes pour la possession du Milanais, perdaient un peu de vue la question de Neuchâtel. Ce petit pays ne présentait pas pour eux un avantage immédiat, mais le désir d'avoir une part de cette possession et de bénéficier des avantages que s'étaient réservés quatre de leurs alliés se manifestait clairement. Cette part, les combourgeois, et Berne en particulier, n'étaient nullement disposés à la leur céder. Et chose plaisante, ils leur répondaient en invoquant les arguments que l'avocat de Jeanne de Hochberg, laquelle avait présenté une demande en restitution, avait développés éloquemment devant eux: Louis d'Orléans tenait Neuchâtel du chef de sa femme, Jeanne de Hochberg. Etait-il équitable de la faire pâtir des luttes qui opposaient les cantons au roi de France ? La comtesse de Neuchâtel avait toujours tenu ses engagements de combourgeoise, et ses sujets à maintes reprises avaient combattu vaillamment aux côtés des Confédérés. Neuchâtel n'était pas une terre ennemie conquise sur un adversaire. Si les quatre cantons l'occupaient, c'était en raison des nécessités du moment. Ces arguments furent développés dans une lettre aux huit autres cantons que chacun des occupants devait signer. Elle était une réponse aux prétentions de leurs coalisés, en même temps qu'un engagement de restituer Neuchâtel à Jeanne de Hochberg le jour où la situation le permettrait. A la surprise générale, Fribourg refusa, malgré de pressantes démarches, de signer cet engagement. Cette défection renvoya sine die l'envoi de la lettre.

Au mois de juillet 1513, les cantons étaient acquis à l’idée d'une expédition en Bourogne, et quelques semaines plus tard la Diète décidait la levée de seize mille hommes. Vers la fin du mois d'août, le contingent bernois se trouvait devant Besançon, et dans ses rangs on comptait un certain nombre de Neuchâtelois. Le 6 septembre, l’armée des Confédérés atteignait les murs de Dijon. Quelques jours plus tard, la situation de cette ville était devenue critique, ce qui engagea les défenseurs à signer un traité de paix dont les clauses étaient dures pour la France. Le lendemain, 14 septembre, les Confédérés prenaient le chemin du retour, malgré les objurgations des Impériaux. Louis XII ne ratifia pas le traité.

Reprendre la campagne, il n'y fallait pas songer, et les soldats, exaspérés d'avoir été bernés, durent continuer leur route. Mais à défaut de pouvoir s'en prendre au roi de France, ils songèrent à se venger sur l'un de ses vassaux, Louis d'Orléans comte de Neuchâtel. Les prétentions des huit cantons à avoir leur mot à dire dans les affaires Neuchâteloises et à participer à la répartition des revenus du pays se firent de plus en plus impérieuses, si bien que, de guerre lasse, le 4 avril 1514, les quatre combourgeois cédèrent. Ils acceptèrent de partager avec leurs Confédérés l'administration du pays, mais sous la réserve que les traités particuliers de combourgeoisie qu'ils avaient signés leur fussent reconnus, avec les avantages qui en découlaient. Il fallut plusieurs mois pour mettre au point toutes les questions administratives, mais enfin le moment arriva où les douze cantons (Appenzell, seul, ne participait pas à l'accord des cantons) purent se considérer chacun comme copropriétaire du bailliage commun de ce qui avait été le comté de Neuchâtel. Le successeur de Louis XII au trône de France, François Ier, prit en main, à son tour la cause de Jeanne de Hochberg. Il invita les cantons, le 15 novembre 1515, à renoncer aux droits qu'ils prétendaient avoir sur Neuchâtel, mais il n'obtint pas le succès désiré. A la suite de cet insuccès, Jeanne de Hochberg décida de reprendre personnellement les démarches auprès des cantons. Ceux-ci régnaient en maîtres sur le comté; ils veillaient à son administration, rendaient la justice, fixaient les prix de certaines denrées. Ils décidèrent de faire reconstruire la Tour Bayard en octobre 1517; ils travaillèrent à régler les contestations de frontières avec la Franche-Comté. Ils se considéraient comme les successeurs des comtes et, partant, comme les suzerains du seigneur de Valangin, qui était en ce moment René de Challant. Les droits dont ils se considéraient comme investis, ils les défendirent dans le procès que René de Challant soutenait contre l'évêque de Bâle qui se prévalait des concessions faites à la fin du treizième siècle par les Arberg-Valangin. En avril 1517, Jeanne de Hochberg fit remettre à chacun des cantons, par l'intermédiaire de leurs députés réunis alors en Diète à Lucerne, une lettre par laquelle elle demandait la restitution de son comté. Elle n'obtint que des réponses dilatoires. Enfin, ses avocats furent reçus par les députés à Berne, le 25 juin 1518. A nouveau, ils plaidèrent la cause de leur maîtresse et développèrent les arguments si souvent exprimés. Appelés à se prononcer sur le problème de la restitution du comté, la majorité des cantons ne se montra pas hostile à la demande de la comtesse, mais plusieurs d'entre eux y mettaient une condition plutôt inattendue: que la comtesse signât un traité de combourgeoisie avec tous les cantons. Quelques députés allèrent même jusqu'à préconiser le versement d'un subside annuel en espèces. Schwyz et Bâle se déclarèrent opposés à la restitution de Neuchâtel, tandis que les Zougois estimaient préférable d'attendre de voir comment iraient les événements. Les Bernois, une fois de plus, insistèrent pour que l'on reconnût leur situation privilégiée.

Cette consultation n'apportait rien de nouveau et ne faisait pas avancer d'un pas le sort futur de Neuchâtel; mais elle présentait cet avantage qu'une idée nouvelle avait surgi, celle d'étendre le régime des combourgeoisies à l'ensemble des douze cantons. On s'en saisit immédiatement et, avec beaucoup de zèle, on élabora un projet de traité général de combourgeoisie. Les réponses données par les cantons avaient démontré que certains d'entre eux étaient loin d'être acquis à l’idée d'abandonner Neuchâtel, Schwyz en particulier. Les autorités de ce canton furent invitées expressément à revenir sur leur décision et à se faire représenter à la prochaine Diète. L'espoir de les faire adopter une autre attitude fut de courte durée. Le 12 juillet, les Schwyzois firent savoir à leurs collègues qu'ils étaient déterminés à rester sur leurs positions et que cette décision était irrévocable. A leurs yeux, un pays occupé appartient à celui qui s'en est emparé.

A la demande de François Ier une nouvelle Diète siégea à Zurich le 17 août, mais aucune décision non plus n'intervint. Ce n'est que le 14 septembre que les avocats de la comtesse eurent connaissance des positions prises par les cantons. Seuls Berne, Lucerne et Soleure demeuraient acquis à l’idée de rendre Neuchâtel à Jeanne de Hochberg. Les autres délégations restaient sur la réserve, d'où l'on peut conclure qu'aucune amélioration ne s'était manifestée. L'attitude irréductible de certaines délégations cantonales ne pouvait avoir d'autre signification, semble-t-il, que de contraindre Jeanne de Hochberg à renoncer au patrimoine Neuchâtelois que lui avait laissé son père. Aussi pendant six ans - à l'exception d'une revendication présentée par son fils Claude en 1521 - elle parut se résigner à accepter le fait accompli. Et sans doute les cantons se croyaient-ils les maîtres incontestés de la terre Neuchâteloise. S'ils s'étaient nourris de cette illusion, ils ne tardèrent pas à reconnaître qu'ils s'étaient trompés. La question de Neuchâtel n'était pas réglée et elle allait évoluer dans un sens que plusieurs, sans doute, ne soupçonnaient pas. Jeanne de Hochberg ne renonçait pas à son espoir de recouvrer son comté. Elle le fit bien voir en 1528, en avisant les cantons qu'elle allait reprendre les négociations qui lui permettraient d'arriver à ses fins. Sa requête fut appuyée par François Ier. En décembre 1528, Soleure et Berne se prononcèrent nettement pour la restitution, tandis que Fribourg, toujours réticent, faisait savoir qu'il adopterait une même attitude si elle rencontrait l'assentiment des autres cantons.

Ceux-ci étaient en proie à des difficultés internes dues à la nouvelle doctrine religieuse proclamée par Luther. Berne s'y était ralliée et quelques villes de Suisse se disposaient à faire de même, tandis que d'autres cantons, notamment dans la Suisse centrale, lui étaient résolument hostiles. Qu'avait à faire Neuchâtel dans cette controverse ? Dans l'un et l’autre camp, on avait les yeux sur le comté, les uns avec l'espoir de le conserver parmi les partisans de l'ancienne confession, du fait surtout que Jeanne de Hochberg était catholique, les autres parce qu'ils se flattaient de gagner Neuchâtel à la cause des prédicants. Dans la Diète qui siégea du 8 au 12 mars 1529, sept cantons sur douze se prononcèrent pour la restitution du pays de Neuchâtel à sa souveraine. Les autres restaient ou hostiles ou ne manifestaient pas une opinion bien arrêtée. L'idée d'un abandon des droits que prétendaient avoir les cantons avait fait du chemin; elle ne devait pas s'arrêter là. Une nouvelle Diète siégea du 7 au 13 mai. A une seule exception, celle d'Uri, tous les Etats confédérés décidaient de remettre Jeanne de Hochberg en possession de son comté, ce qui eut lieu officiellement le 12 mai. Les officiers civils, les dignitaires de l'Eglise, la noblesse et, d'une manière générale, tous les habitants furent relevés de leur serment de fidélité. Les cantons, d'autre part, renonçaient aux bénéfices et avantages dont ils avaient joui pendant l'occupation; ils s'engageaient, en outre, à respecter l'intégrité territoriale du pays de Neuchâtel.

Jeanne de Hochberg, de son côté, ne voulant pas moins faire preuve de bons sentiments, promit de laisser ses sujets dans leurs libertés anciennes et nouvelles, et de ne pas user de représailles à l’égard de ceux qui avaient fidèlement servi les cantons. Elle réservait enfin les combourgeoisies signées avec les Etats de Berne, de Soleure, de Fribourg et de Lucerne. Une page de l'histoire Neuchâteloise était tournée. Il fallut, certes, un certain temps, pour régler tous les problèmes administratifs encore en suspens, mettre en place une nouvelle administration pour prendre la relève du régime des cantons et désigner un gouverneur en la personne de Georges de Rive.