Le duc de Longueville s'approcha bientôt de Wettstein pour faire de Neuchâtel le quatorzième canton de la confédération. Henri II n'avait pas attendu la Fronde et la protection de la confédération pour envisager le rattachement de ses terres à la Confédération. Les premiers entretiens sur ce sujet s'étaient déjà déroulés à Munster mais s'étaient limités à un échange de vues. Les intérêts de la couronne, pourtant défendu par le duc lors des négociations sur l'Alsace, s'effaçait ici au profit de ceux d'Henri II. Mettre ses terres à l'abri des convoitises se justifiaient pleinement, de plus, avec l'intégration de Neuchâtel à la Confédération, Henri II espérait renforcer son pouvoir sur le comté. En effet, une règle non écrite du droit suisse précisait que le règlement des conflits internes échappait au contrôle des autres cantons. Si Neuchâtel devenait canton souverain, s'en était fini du protectorat bernois auquel le duc s'était si âprement frotté. Depuis Munster, Henri II avait séjourné en prison et connu la disgrâce officielle en tant que prince rebelles. On peut se poser  la question de savoir si le fait que Neuchâtel fut réformé put poser problème ? Ce ne fut pas le cas dans la mesure où l'évêché de Bâle, candidat à l'intégration dans la Confédération, était de confession catholique. Autrement dit, une candidature unique ce serait heurtée à l'opposition du camp confessionnel adverse, mais une candidature conjuguée avait bien plus de chances d'aboutir.

Le 22 juin 1652, Henri II signait une délivrance de pleins pouvoir au gouverneur Jacques d'Estavayer-Mollondin, lequel serait accompagné du conseiller d'Etat et chancelier, également interprète allemand du duc, Jérémie Strenglin, lui accordant "pouvoir, commission et mandement spécial de se transporter à Baden , ou partout ailleurs où besoin sera, pour proposer dans l'assemblée, ou devant ceux qui sont ou seront commis et députés pour les affaires des cantons, le désir que nous avons d'entrer dans leur alliance avec tous nos sujets et vassaux de nos dits comtés e Neuchâtel et Valangin, pour être dorénavant et à perpétuité associés et compris dans le corps des dites Ligues et être membre d'icelles". D'autres missives furent rédigées à l'attention de l'ambassadeur de France, aux XIII cantons des Ligues suisses, aux Bernois. Le duc jouissait en outre du soutien de son cousin, le jeune Louis XIV.

Neuchâtel quatorzième canton suisse, une réalité ? Non, pas encore. L'ensemble des missives que nous évoquions sont restés dans les malles du gouverneur Jacques d'Estavayer-Mollondin. Les pleins pouvoirs n'ont pas été utilisés. On ne relève pas non plus de traces de négociations dans les procès-verbaux de la Diète, pas plus que dans les archives du canton de Berne. Le gouverneur n'aurait-il pas exécuté les volontés de son maître ? Non, mais l'affaire était si importante qu'elle devait être précédée de négociation secrètes. Les voix du gouverneur d'Estavayer-Mollondin et du conseiller d'Etat Strenglin n'avaient pas assez de poids pour se faire entendre à la Diète de Baden où Neuchâtel, en tant que pays allié et protégé, ne disposait ni d'un siège permanent ni, la plupart du temps, d'une voix consultative. L'homme des négociations devrait être Wettstein. La correspondance entre ce dernier et Strenglin fut abondante (et secrète, ils mirent ainsi au point un code secret pour communiquer). Cette correspondance nous apprend notamment que des démarches officielles ne devraient être entreprises que si le succès en était assuré. Pourtant, le 6 décembre 1652, Strenglin apprend que Wettstein a parlé de manière officieuse, lors d'une diète des cantons protestants à Aarau, du projet d'inclusion neuchâteloise. Berne se montrant alors résolument hostile au projet.

L'espoir d'une issue favorable de l'entreprise semble avoir été abandonné en août 1653. Avec la Guerre des paysans, la Diète avait d'autres problèmes à traiter. Cette même année correspondait à l'écrasement de la Fronde côté français. Quatre ans plus tard la première Guerre de Villmergen éclatait, elle sonnait le glas d'une politique d'apaisement confessionnel. Outre ce contexte hostile, il faut relever que depuis plus de 140 ans aucun nouveau canton n'avait été admis au sein des Ligues, la Confédération semblait bien incapable d'accepter de nouveaux membres, en tous les cas de les accepter sur un pied d'égalité.