Si la première mention de Fleurier remonte au 14 septembre 1284, le village ne se modifie réellement qu'à partir de la seconde moitié du XVIIIe siècle avec l'implantation de la dentelle et de l'horlogerie, introduite au village - dit-on - en 1730 par David-Jean-Jacques-Henri Vaucher. Auparavant, alors que le territoire neuchâtelois a été successivement Comté du Saint Empire romain germanique puis, dès 1504, Duché des Orléans Longueville, il est question de litiges opposant Fleurier à son voisin, le village de Buttes, à propos de chemins ou de pâtures. L'existence de moulins au milieu de la localité est attestée en 1567 et la commune édifie en 1621 un petit bâtiment pour l'école, le culte et le four public.

Fleurier se développant, ses habitants demandèrent que le village soit érigé en paroisse distincte - elle dépendait jusqu'alors de celle de Môtiers -, se plaignant que «le chemin [qui mène à Môtiers] ne laisse pas d'y être souvent fort mauvais et incommode ( ... ) dans le temps que les eaux sont débordées, ce qui arrive assés fréquemment lorsqu'il tombe de grandes pluyes ou que les neiges fondent ( ... )». La requête fut agréée en 1710, alors que Neuchâtel, tout en conservant ses institutions propres, est rattachée à la Prusse sous forme d'union personnelle avec le monarque depuis trois ans. Le roi est représenté à Neuchâtel par un gouverneur qui préside le tribunal des Trois-Etats - devenu une instance d'appel, mais à l'origine représentant la noblesse, le clergé et les bourgeoisies. En fait, c'est le Conseil d'Etat qui gouverne le pays, détenant à la fois les pouvoirs législatif, administratif et judiciaire, mais aux compétences demeurant limitées par la sanction royale et le respect des franchises écrites et coutumières. Ce Conseil, formé d'une vingtaine de membres, nomme les chefs de juridiction, les maires ou les châtelains, les lieutenants de justice, les justiciers et les sautiers - sorte de huissiers de justice - de même que les officiers militaires.

Le pays, formé en principe de deux comtés (Neuchâtel et Valangin) est composé de 22 juridictions dont 3 seigneuries, 4 châtellenies et 15 mairies. Les mairies et châtellenies sont dirigées par un maire ou un châtelain, agréé par le prince, qui exerce la haute police et préside une cour de Justice composée de justiciers (24 pour la Juridiction du Val-de-Travers dont Fleurier fait partie) émanant de toutes les communes (le village en envoyait 4). Sur 22 juridictions, seulement 10 exercent le droit de haute justice. Il n'existe point de code civil ou criminel écrit en vigueur; les juges, non professionnels, se contentent d'appliquer les coutumes souvent non écrites. Aucun fait saillant ne marque l'histoire de Fleurier durant le XVIIIe siècle et la Révolution française ne trouble guère le village si ce n'est par l'accueil de quelques prêtres ou d'émigrés nobles. En 1806, Frédéric Guillaume III de Prusse cède Neuchâtel à Napoléon en échange du Hanovre. L'empereur établit alors le maréchal Berthier comme « prince et duc de Neuchâtel » où du reste jamais il ne vint. Sous son principat, si les redevances personnelles et la vaine pâture sont abolies, une dîme compensatoire est instaurée et le domaine juridique connaît une seule innovation: le retrait du droit de grâce exercé par le Conseil. Pour le reste, contrairement aux événements tumultueux voire dramatiques de Suisse, l'Ancien Régime à Neuchâtel survit aux périodes révolutionnaire et napoléonienne.

Au cours de l'hiver 1813-1814, près de 4000 soldats alliés, en route pour la France, stationnent dans le village. De nombreuses requêtes émanant de la communauté sont adressées au Conseil d'Etat afin d'obtenir un secours en avoine. L'abdication de Napoléon en 1814 est accueillie au lieu avec enthousiasme. Une quarantaine d'hommes, habillés en grenadiers, mettent en scène Blücher, l'empereur livré à ses ennemis, jugé par le Conseil de guerre et fusillé. L'année suivante marque le retour au roi de Prusse de Neuchâtel qui accède également au rang de canton suisse, alors que la peur d'une invasion française voit accourir au mois de juin des troupes grisonnes et bernoises chaleureusement fêtées par les habitants, «Toutes les dames ont dansé avec les officiers et les soldats, il y avait au moins 6 à 700 personnes». De nombreux Fleurisans soutiennent l'insurrection de 1831 visant à mettre fin à l'Ancien Régime et à faire de Neuchâtel un canton suisse à part entière. Mais l'échec des républicains, la répression de leur mouvement, l'occupation militaire du village par 1200 royalistes obligent certains habitants à s'expatrier. Edouard Bovet s'installe alors à Besançon, poursuivant ainsi en France la fabrication de la « montre chinoise ». Le 1er mars 1848, la révolution radicale triomphe. Une Constitution garantie par la Confédération helvétique confirme l'existence de la République et Canton de Neuchâtel. Le 3 mars, la communauté de Fleurier adhère au mouvement républicain. «La Commune (...) a pris connaissance des événements (...) La joie la plus expansive s'est aussitôt manifestée dans toute la localité et aux cris mille fois répétés de: Vive la Suisse! Vive la République! ».