Ces démarches eurent pour seul résultat de le brouiller avec Henri III qui s'empara de Prague et contraignit la Bohême à reconnaître à nouveau la suzeraineté de l'Allemagne. Enfin, en complément de toute l'affaire, Casimir fut rétabli sur le trône de Pologne. Henri III dut aussi soutenir une guerre de plusieurs années contre la Hongrie. Dans ce jeune royaume, après la mort d'Etienne, une vive opposition se manifesta contre l'orientation chrétienne qui lui avait été donnée et contre l'influence allemande. L'arpade Abo se fit nommer roi à la place de Pierre, neveu d'Etienne. Or, si les Hongrois voulaient ruiner la civilisation allemande et chrétienne, leur ancienne sauvagerie menaçait de se réveiller du même coup.

La Marche d'Autriche et de la Carinthie se virent envahies à nouveau. Après plusieurs batailles, le roi Henri III parvint à écraser une importante armée hongroise à Mensô, sur la Raab, en 1044. La façon dont il se comporta après la bataille est révélatrice de son caractère, comme de l'esprit du temps. Il fit célébrer sa victoire par une fête sur le champ de bataille et s'y présenta nu-pieds en robe de pénitent; il s'agenouilla devant un morceau de la Sainte Croix et entonna le Kyrie Eleison. Puis, il pardonna à tous ses ennemis et invita ses compagnons d'armes à en faire autant.

Henri rétablit sur son trône le roi Pierre qui fit rentrer la Hongrie dans la voie qu'Etienne avait ouverte. Quand, l'année suivante, l'empereur se rendit une fois encore en Hongrie, Pierre lui offrit la lance d'or, symbole de la puissance hongroise. Par ce présent, il s'engageait à reconnaître la suzeraineté allemande. Mais Henri envoya cette lance au pape, en manière d'offrande consacrée. Plus tard, Grégoire VII et Innocent III, se fondant sur le présent du roi d'Allemagne, réclamèrent la Hongrie comme fief du Saint-Siège. Il est peu probable qu'Henri III ait prévu les conséquences de son geste respectueux. Quant à Pierre, son règne n'eut pas de consistance. En 1046 déjà, l'arpade André le détrôna derechef, mais ne modifia rien aux dispositions chrétiennes du royaume et se montra loyal vassal de l'empereur.

La scène qui se déroula sur le champ de bataille de Mensô n'est pas unique en son genre dans la vie de Henri III. Il a travaillé avec ardeur à la solution des problèmes moraux et religieux, solution à laquelle il conféra toujours la marque de sa propre personnalité. Ces problèmes étaient ceux de la paix et de la réforme de l'Eglise. Lors d'un synode à Constance (1043), il adressa aux prélats, aux princes et aux chevaliers assemblés un pressant appel en faveur de la paix. Pour donner plus de force à sa parole, il déclara pardonner à ses ennemis et somma tous les assistants d'en faire autant. Par cette noble tentative, inspirée de l'esprit de l'Evangile, il rejoignit les efforts qu'Henri II avait poursuivis sous une autre forme et se rapprochait du mouvement de l'Eglise en faveur de la Trêve de Dieu. Peu de temps après, à Trèves, il répéta son geste de Constance, puis, trois ans plus tard, à Rome. Il s'efforçait aussi à des actes de paix; toute sa politique était orientée de ce côté: assouplir les tensions par des accommodements; traiter avec douceur des adversaires en révolte; pardonner à ses ennemis. Et la réforme ecclésiastique lui tenait plus à coeur encore. Aucun autre roi, pas même Henri II, n'a lutté pour elle avec plus d'idéal religieux, sans réserve, sans y mêler la moindre préoccupation politique. Il fut encore affermi dans cette attitude par sa seconde épouse, Agnès d'Anjou-Poitou, que des liens de famille rapprochaient du cercle clunisien. Dans son zèle, quoique occasionnellement seulement, il s'éleva aussi, et avec sévérité, contre la simonie, et, même, pour avoir déposé des évêques, il se vit accusé de despotisme. Le principal théâtre de l'activité réformatrice était l'Italie. Dans ces années-là, Rome présentait à nouveau le spectacle d'une confusion criminelle. Après la mort de Benoît VIII, pape si capable, intronisé par les Tusculani, deux autres partisans de cette famille occupèrent le siège pontifical: Jean XIX, puis l'immoral Benoît IX, auquel les Romains opposèrent un antipape, Sylvestre III, qui ne put maintenir son autorité. Et Benoît, qui sentait le sol vaciller sous lui, vendit sa charge à Grégoire VI, un prêtre zélé et bien intentionné qui se crut autorisé à faire usage de la simonie, pensant ainsi sauver l'Eglise. Le parti de la réforme l'accueillit bien, en dépit du marché honteux qui l'avait élevé au trône pontifical, mais, comme ensuite les deux pontifes évincés voulurent faire valoir leurs droits, la confusion fut bientôt pire que jamais. La raison d'intervenir parut suffisante à Henri III.

En 1046, il descendit en Italie. Dans un synode, à Pavie, il se déclara ouvertement contre la simonie, rappelant que son père avait aussi condamné cette erreur maudite, par crainte pour le salut de son âme. Un édit interdit le trafic des charges ecclésiastiques, sous peine d'excommunication et de destitution. Henri s'engagea, pour sa part, à ne pratiquer aucune forme de simonie, c'est-à-dire à n'exiger, comme il le faisait déjà, aucune prestation en échange de l'octroi d'une charge ecclésiastique. Par cette prise de position à l'égard de la simonie, les papes en conflit se trouvèrent déjà condamnés, car ils étaient simoniaques tous les trois. Henri fit déposer Sylvestre et Grégoire par le synode de Sutri, au nord de Rome, et le second des deux fut exilé en Allemagne, où l'accompagna son chapelain Hildebrand. Puis, Benoît fut déposé, à son tour, par un autre synode, à Rome. Henri III aurait aimé donner la tiare à Adalbert de Brême, mais celui-ci la refusa et recommanda l'évêque de Bamberg, Suitger, qui fut élu et prit le nom de Clément II.

Ainsi, le monarque allemand, qui se fit donner par Clément II la couronne impériale, avait à nouveau joué son rôle de protecteur de l'Eglise de la façon la plus remarquable; il l'avait sauvée des imposteurs aux mains desquels elle était tombée et l'avait arrachée à sa honte et à sa faiblesse. Il obtint le titre de Patrice, auquel, selon une opinion contemporaine, s'attachait un droit assez peu justifié, celui d'élire les papes. Mais il avait à tel point imposé sa tutelle à l'Eglise - ne faisant que suivre, d'ailleurs, la ligne tracée par ses prédécesseurs - qu'elle se trouvait, dès lors, dans la situation intolérable d'une Eglise soumise à l'Etat. Or, l'évêque Wazo de Liège fit savoir à l'empereur que le synode de Sutri avait contrevenu aux vieilles lois ecclésiastiques, car nul n'a le droit de juger un pape, et que le roi n'a rien à dire dans les affaires ecclésiastiques. La réforme, peu à peu, embrassait des domaines toujours plus vastes. En sa qualité de protecteur de l'Eglise, Henri se trouvait sur le point de communiquer l'esprit de la réforme au pape lui-même; mais c'était aussi le moment où cet esprit commençait à agir contre lui, car si Henri méritait les plus grands éloges comme ennemi de la simonie et gardien de la pureté de la prêtrise, il n'en était pas moins pris au piège de la conception allemande et impériale selon laquelle l'Eglise devait être soumise à l'empire. Or, cette conception était dépassée désormais. L'opinion qui réclamait que l'Eglise fût affranchie de toute tutelle, de celle des partis de l'aristocratie romaine, sans doute, mais aussi de celle de l'empereur, se généralisait. C'est un signe des temps bien caractéristique que le refus, qu'en 1046 le nouvel évêque de Lyon, Halinard, opposa à Henri III de lui apporter son serment de fidélité, parce qu'un tel serment ne lui était permis ni par l'Evangile, ni par la règle de saint Benoît, et cette opinion était certainement partagée par d'autres qu'Halinard. Plusieurs abbés réformés renoncèrent alors à leur dignité d'évêques afin de n'être pas des fonctionnaires de l'Etat. Pourtant, après Clément II, deux papes encore furent élus par l'empereur: Damasus II qui mourut quelques semaines après avoir reçu la tiare et Léon IX jusque-là évêque de Toul et qui inaugura, sous les traits de l'un des plus nobles papes qui aient régné, une nouvelle période de l'histoire de la papauté. L'esprit de Cluny, comme le désir d'une Eglise affranchie de tout lien terrestre, vivaient en lui. Il refusa de se considérer comme l'élu de Henri III, avant de s'être assuré qu'il était celui du clergé et du peuple de Rome. Il se libérait ainsi, en ce qui concernait son élection, de l'autorité de l'empereur. Il entra dans Rome comme un pèlerin, vêtu de la robe des pénitents. Hildebrand l'accompagnait, fermement décidé à entreprendre une lutte à mort contre les maux qui avaient déshonoré l'Eglise. Le nouveau pape ne se cacha pas derrière les murs de Rome, mais, durant les années de son pontificat, il parcourut l'Italie sans répit, présidant des synodes et s'élevant contre toutes les manifestations de la corruption dans l'Eglise: la simonie, le mariage des prêtres, d'autres encore. Il apparaissait souvent prêchant dans les pays allemands ou italiens. Il amenait les populations à croire à la complète liberté de l'Eglise qui, conformément à son essence, devenait à nouveau l'Eglise universelle. Mais cette vérité fut aussitôt contredite par les faits puisque c'est justement sous son pontificat, sinon par sa faute, que se produisit le grand schisme d'Orient.

Dans les dernières années de sa vie, l'administration de l'empire valut à Henri III beaucoup de fatigues et de soucis et les déceptions ne lui furent pas épargnées. En Hongrie, l'influence allemande sombrait de nouveau. Andreas s'empara de la Marche d'Autriche et de la Carinthie. Dans les années 1050-1052, Henri III entreprit des campagnes qui n'eurent pas de résultat et le lien de vassalité de la Hongrie à l'égard de l'Allemagne se relâcha complètement. La position de l'empereur en fut ébranlée, même en Allemagne. A l'ouest aussi, une menace se dessina. Le duc de Haute-Lorraine, Godefroy le Barbu, était depuis des années en rébellion ouverte contre Henri et avait rassemblé autour de lui tous les ennemis occidentaux de l'empire, les comtes de Flandre, de Hollande et de Hennegau. La haine de Godefroy venait de ce que, à la mort de son père, Henri ne lui avait pas permis de mettre la main sur tout l'héritage paternel. Lui abandonnant en fief la Haute-Lorraine, il avait donné le reste du patrimoine, soit la Basse-Lorraine, à Gozdo, son frère. Des querelles sauvages furent la conséquence de ce partage. Malgré des alliances avec la France, l'Angleterre et le Danemark, l'empereur ne parvint jamais à se rendre définitivement maître de l'opposition. En 1054, Godefroy épousa une princesse italienne, Béatrice de Toscane. L'opposition lorraine et l'opposition italienne allaient-elles faire cause commune pour ébranler l'empire ?

Puis vint le danger normand. Trop longtemps, objet de l'indulgence des papes et des empereurs, les Normands s'étaient fortifiés dans le sud de l'Italie, par des combats contre les Grecs, puis ils en étaient venus à opprimer les pays conquis. Robert Guiscard avait pris et dévasté le sud des Pouilles; le pape Léon IX se vit ainsi contraint à prendre les armes contre lui, mais il fut fait prisonnier. La captivité qu'il eut à subir fut douce, pourtant, il mourut peu après (1054). Le chancelier de l'empereur, Gebhard von Eichstätt, lui succéda sous le nom de Victor II. Il était, lui aussi, un prêtre distingué, bien résolu à affermir la réforme ecclésiastique, selon l'esprit de son prédécesseur. Avec sa collaboration, Henri, qui vint dans le Sud en 1055, établit en Italie un ordre nouveau. Il envoya la marquise Béatrice de Toscane captive en Allemagne, mais lui rendit bientôt la liberté parce qu'elle promit d'être une vassale loyale. Les biens pris à l'Eglise, en particulier ceux qui se trouvaient dans les terres de Béatrice, furent restitués et d'autres, comme les marquisats de Ferino et de Spolète y furent ajoutés. Les dangers de l'alliance entre la Toscane et la Lorraine avaient été évités. En revanche, l'empereur ne put résoudre la question normande. Le pis fut que, pendant qu'il était en Italie, de nouveaux troubles éclatèrent en Allemagne. Plusieurs de ses vassaux, soutenus par le roi de France, s'étaient soulevés contre le pouvoir impérial, puis, la situation s'était rétablie grâce à un enchaînement de circonstances heureuses et à l'attitude conciliante d'Henri. Mais, durant son séjour en Italie, toutes les questions litigieuses furent remises sur le tapis, si bien qu'à son retour, il dut se contenter d'apaiser ses adversaires. Sa position en resta ébranlée, d'autant plus qu'en 1056, une grande armée saxonne fut battue par les Lusaciens. Il n'en fallait pas davantage pour que les Slaves des bords de l'Elbe perdissent beaucoup du respect qu'ils avaient, jusque-là, porté à la puissance allemande. C'est sur ces entrefaites que mourut Henri III.

On a beaucoup discuté la question de savoir s'il a augmenté ou diminué le prestige de l'empire. Il faut bien reconnaître qu'il n'a pas pu le maintenir tel qu'il était lors de son avènement et qu'à la fin de son règne des crises inquiétantes se manifestèrent. Mais, en cela, une part de responsabilité revient à ceux qui ne surent rien comprendre aux buts que visait l'empereur, à cette vieille aristocratie susceptible, fidèle aux plus anciennes traditions germaniques et qui craignit que, dans ses efforts pour établir la paix, Henri III ne lui enlevât son droit à se faire justice par les armes, droit dont elle ne voulait en aucun cas être privée. Et puis, peut-on savoir à quoi Henri serait parvenu s'il avait vécu aussi longtemps qu'Othon le Grand ? Mais il mourut à 39 ans, en pleine activité. Certes, il ne fut pas un politicien réaliste, mais il eut de la grandeur à sa manière. Inspiré par son idéal, il a voué toutes ses forces à assurer l'ordre intérieur, à établir la paix pour le plus grand bien des peuples, à harmoniser les intérêts de l'Etat et de l'Eglise, au profit de l'un comme de l'autre. Si, par le refus de l'idée réformatrice, la vaste conception impérialiste d'Othon le Grand avait pu porter toutes ses conséquences, l'Eglise asservie se serait vidée de son essence et l'idée chrétienne aurait péri. Qu'Henri III ait pressenti le danger et qu'il ait employé à l'éviter tout le poids de sa personnalité et de son prestige est un fait qui ne peut lui être imputé qu'à juste titre.