Ce n'est pas tant la proclamation de l'indépendance vaudoise que l'éclatement en quatre morceaux du tout-puissant canton de Berne qui va non seulement rééquilibrer l'ensemble confédéral dont Berne formait jusqu'en 1798 le tiers du territoire, mais surtout permettre l'émergence d'une Suisse occidentale francophone; le tout à cause des Français ou plutôt grâce à eux. L’émancipation de la partie occidentale de la Suisse fut générée par la volonté française d'affaiblir Berne. La République helvétique qui prit effet le 12 avril 1798 ayant transformé la Suisse en un Etat unitaire, la République lémanique cessa d'exister pour être remplacée par le canton du Léman. L’indépendance n'était pas une fin en soi, mais une condition préalable à son insertion comme canton à part entière de la Suisse. Cette incorporation à la Suisse fut considérée comme une intrusion inadmissible par les vieux Confédérés qui vont se parer du titre de fédéralistes. Le 15 décembre 1801, le Premier Consul reçoit le landammann Aloïs Reding qui défendait les droits de Berne sur le Pays de Vaud. Bonaparte ne pouvait admettre «l'idée qu'une peuplade française fut gouvernée par des Allemands», quand bien même certains francophones n'y voyaient alors pas d'inconvénient. Il estimait d'autant plus pouvoir faire confiance aux Vaudois que les personnalités marquantes du tout nouveau canton de Vaud ne semblaient guère plus des révolutionnaires qu'il ne le fallait à l'époque.

Les relations avec l’empereur

Bonaparte a lu les relations de voyage en Pologne, en Russie, en Suède et en Suisse de William Coxe dans la traduction de Ramond parue sous la forme de trois volumes en 1789. Nous avons encore les notes qu’il a prises et gardées par la suite. Ce sont elles qui ont dicté sa politique. Que retient-il de Coxe ? Qu’il y a en Suisse, en 1789, treize cantons : quatre sont protestants, sept catholiques et deux mixtes. Cette diversité et cette cohabitation n’ont pas manqué de l’étonner. Il note avec soin le fonctionnement des institutions, l’originalité de la principauté de Neuchâtel (qu’il donnera plus tard à Berthier) et les grandes batailles auxquelles furent mêlés les Suisses dont il vante les qualités guerrières. Son premier contact avec des Suisses a lieu le 10 août 1792 : il assiste au massacre des soldats qui défendaient les Tuileries. Leur courage fit alors forte impression sur le jeune officier. Il découvre enfin la Suisse lors de la première campagne d’Italie alors qu’il est à Monbello. Le 18 juin 1797, un dimanche, il se rend à Lugano pour une journée de détente. Il en revient ébloui. Le 21 novembre de la même année, il passe à Genève, en route pour le congrès de Rastadt où doit être remaniée la carte de l’Allemagne. Il arrive à Berne, le 23 et, le lendemain, il dîne à Bale. Il rend compte au Directoire de ce voyage mais ne dit pas l’impression produite par la Suisse. Il reviendra en mai 1800, lors de la seconde campagne d’Italie pour passer le Grand Saint Bernard. En définitive, en 1803, Bonaparte n’a de la Suisse qu’une connaissance livresque et n’a fait que la traverser.

C'est donc au cours de ses années de garnison que Bonaparte avait eu l'occasion de découvrir la Suisse. Les notes qu'il avait prises en avril 1791 à la lecture du Voyage en Suisse de William Coxe (1747-1828) nous indiquent qu'il était parfaitement informé de la situation géographique, historique, politique et confessionnelle de l'ancienne Confédération. En outre, la lecture de Jean-Jacques Rousseau (1712-1778) avait certainement dû le familiariser avec cette Suisse de la fin du XVIIIe siècle. Bonaparte pénètre la réalité du Corps helvétique dès 1796, alors qu'il est le commandant en chef victorieux de l'armée d'Italie. A deux reprises, à la fin de l'année 1796, il viole la neutralité suisse en engageant des barques armées dans les eaux territoriales du lac de Lugano, situées dans les bailliages transalpins sous souveraineté des douze premiers Cantons. Les Confédérés protestent, ce qui irrite Bonaparte. S'adressant au Directoire, le 10 février 1797, il consigne ses sentiments :

« Nous avons beaucoup à nous plaindre, citoyens directeurs, de la conduite des baillis suisses. Je n'ai fait mettre les barques canonnières sur le lac de Lugano que pour empêcher la contrebande qui se faisait, et arrêter la désertion des prisonniers autrichiens, protégés par les Suisses. Nous avions droit de mettre ces barques sur le lac, puisqu'une bonne partie du rivage nous appartient; d'ailleurs si les baillis suisses continuent à se mal conduire, je ne leur accorderai plus de blé, et s'ils se permettent des voies de fait, je ferai brûler les villages qui se seront mal comportés. Les Suisses d'aujourd'hui ne sont plus les hommes du quatorzième siècle ; ils ne sont fiers que lorsqu'on les cajole trop, ils sont humbles et bas lorsqu'on leur fait sentir qu'on n'a pas besoin d'eux: si nous ne les secourions pas du côté du Milanez (sic), ils mourraient de faim; nous avons donc le droit d'exiger qu'ils se conduisent avec égard ».

Et le 15 mai 1797, Bonaparte menace les Confédérés, comme le relate leur émissaire :

« Il considérait ce lac comme la mer Méditerranée et croyait par là faire honneur à la Suisse. Là-bas, les navires français pouvaient aborder dans tous les ports, alors qu'on prétendait s'y opposer sur le lac de Lugano, ce qui était contraire à toute saine raison. Il ordonnerait le jour même à toutes ses canonnières sur le lac de Lugano et sur le lac Majeur d'aborder selon leurs convenances à Lugano, à Locarno ou à Magadino. Si du côté suisse on leur refusait l'accostage ou insultait leur pavillon, il avait l'intention de faire la guerre à la Confédération sur-le-champ et de marcher sur Berne par Lugano et Locarno avec 30 000 hommes ».

L'historien W. E. Rappard relève à ce propos, qu'il eût été cocasse qu'une question de droit maritime fournisse à Bonaparte le prétexte pour envahir la Suisse, pays alpestre par excellence.

Les relations avec les Bernois

Point de nouvelles institutions sans redéploiement des différents cantons: ce que 1798 avait amorcé, 1803 l'entérine, à savoir la partition du canton de Berne qui coupait en deux l'ancienne Confédération et du fait de sa puissance empêchait l'émergence d'une Suisse cantonalement équilibrée. L’Acte de Médiation fixe une fois pour toutes les limites du canton qui prit le nom de Vaud. Napoléon Bonaparte prit soin de valoriser le canton de Vaud, qui recouvre définitivement Payerne et Avenches. Dans le même esprit, il fut procédé au renforcement de l'Argovie, dont le territoire composite ira des environs de Bâle jusqu'aux abords de la Suisse centrale et dont certaines régions lorgnent vers Berne ou Zurich. Les formes de ce canton hétéroclite montrent qu'il s'agit d'une création de toutes pièces pour faire tampon entre les puissances rivales et dominantes de Berne et de Zurich.