Les événements français de l'été 1789 que sont l'élaboration d'une Constitution, la prise de la Bastille, l'abolition du régime féodal et de tous les privilèges hérités du moyen âge ainsi que la Déclaration des droits de l'homme et du citoyen, ont des répercussions en Suisse. Agitation, troubles et révolutions secouent le Corps helvétique. Certains de ces mouvements d'opposition sont réprimés brutalement par les autorités cantonales. Alors que la France s'engage dans les guerres de la Révolution qui la mettent aux prises avec les monarchies européennes, la Diète réaffirme sa volonté de maintenir la Confédération dans la plus stricte neutralité. Tout au long des guerres de la première coalition (1792-1797), la France respecte cette neutralité, car elle lui est utile ; en effet, elle couvre son flanc ouest contre d'éventuelles incursions ennemies. Mais au moment où la situation de la France n'est plus menacée, où ses victoires la confortent dans sa puissance et où la paix avec une Autriche affaiblie est rétablie par la signature du traité de Campo-Formio, le 17 octobre 1797, cette neutralité ne lui est plus nécessaire. Dès lors, la Suisse est véritablement en danger.

Le massacre des Suisses à Paris et le retour dans leurs foyers des régiments au service du roi de France capitulés en août 1792, ainsi que l'émigration française dans les pays confédérés, avaient terni l'image de la République française en Suisse, image que l'oligarchie au pouvoir contribuait également à rendre détestable. Cependant, les idées nouvelles véhiculées par la Révolution française, en particulier le principe d'égalité et l'abolition des droits féodaux, trouvèrent des adeptes dans les Etats confédérés, parmi les populations des territoires sujets mais aussi chez certaines familles patriciennes. Placé sur l'autre versant des Alpes, Bonaparte a tout loisir d'apprécier les avantages stratégiques que la France pourrait retirer de la Suisse si ce pays se plaçait de son côté. Les Cantons confédérés ne forment-ils pas un bastion défensif la protégeant de l'Autriche ? En outre, les cols du Valais ne sont-ils pas les voies les plus directes pour relier l'Italie du Nord à la grande Nation ? A Chiasso, en juin 1797, envisageant de faire rentrer son armée en France par le Simplon, il s'adresse aux autorités valaisannes pour en obtenir le droit de passage. C'est dire qu'il mesure l'intérêt de contrôler non seulement le Valais, mais encore la route qui de ce pays conduit en France laissant ainsi présager l'annexion à plus ou moins brève échéance de Genève et du Valais.

Les victoires remportées par Bonaparte en Italie du Nord provoquent, dès le mois de mai 1797, le soulèvement des bailliages communs des Ligues grisonnes: la Valteline, Bormio et Chiavenna. Sollicité pour être le médiateur de ce différend, le commandant en chef prône tout d’abord la formation au sein des Grisons d'une quatrième Ligue constituée de ces pays sujets. En effet, écrivait-il, « un peuple ne saurait avoir pour sujet un autre peuple sans violer les principes du droit public et naturel. » L'hésitation manifestée par les trois Ligues, liée à la lenteur des procédures référendaires traditionnelles, le décide alors, le 22 octobre 1797, à annexer ces trois vallées à la jeune République cisalpine qu'il vient de constituer. Ce premier démembrement du Corps helvétique dû à Bonaparte n'engendre aucune réaction sérieuse, ni dans les rangs des Confédérés, ni dans ceux de leurs Alliés. A nouveau, lorsque des troupes françaises, préludant à l'envahissement de toute la Suisse, occuperont dès le 15 décembre 1797 la partie Sud de l'évêché de Bâle, région incorporée dans le système de neutralité de la Suisse, les Confédérés laisseront faire. Venant de Milan, Bonaparte se rend à Rastadt, où se tient le congrès du Saint Empire romain germanique prévu par le traité de Campo-Formio du 17 octobre 1797, traité qui restaure la paix entre Paris et Vienne. Le général, qui y représente la France, traverse la Suisse à la fin du mois de novembre 1797. Au cours de ce voyage, il est fêté comme un héros, spécialement dans les territoires sous sujétion.

De retour à Paris en décembre 1797, le général Bonaparte jouit dans la capitale française d'un prestige et d'une autorité immenses. Le vainqueur des Autrichiens et le restaurateur de la paix a, sous ses ordres, à cette époque précise, quasiment toutes les forces militaires françaises. A partir de cette date et durant les mois suivants, son influence est décisive sur le cours des affaires de la Suisse. Les expériences qu'il a eues avec les Suisses lui sont des plus utiles : il connaît la fragilité de leurs institutions politiques et militaires et le mécontentement des populations assujetties qui aspirent à la liberté. Avec le gouvernement français, il entreprend alors la liquidation de l'Ancien Régime en Suisse. Il s'agit de mettre à bas les régimes aristocratiques de la Suisse, favorables à la contre-révolution. De plus, le territoire suisse est nécessaire à la France pour les raisons stratégiques que nous avons déjà évoquées. Enfin, la situation financière de la France est très mauvaise. Le butin que l'on retirerait de l'invasion de la Suisse serait à même de la soulager. A ce propos, rappelons que Bonaparte a reçu du Directoire, le 26 octobre 1797, la direction de l'armée d’Angleterre pour envahir les Iles britanniques et anéantir leur puissance. Ce projet nécessite donc de l'argent et les caisses de la République sont vides. Il s'agit de chercher l'argent là où il se trouve. Le trésor des villes patriciennes suisses ne pourrait-il pas constituer une source de financement ? Voilà une raison supplémentaire pour envahir la Suisse et la révolutionner afin d'en faire une république satellite de la France.

Avec l'appui des partisans de la révolution en Suisse, qui appellent de leurs voeux l'intervention militaire de la grande Nation, Paris encourage la sédition pour mettre fin aux régimes oligarchiques qui règnent sur ce pays et leur substituer un régime de démocratie représentative de type unitaire. Bonaparte demande alors au Directoire de faire venir Pierre Ochs (1752-1821) à Paris. C'est à Bâle que le général avait rencontré, fin novembre, ce magistrat important du gouvernement de cette ville, qui avait l'avantage d'être tout acquis aux idées de la Révolution. Arrivé dans la capitale française, Ochs remarque la hâte de Bonaparte de voir la révolution éclater en Suisse et l'instauration dans ce pays d'une République une et indivisible. Ochs se voit alors chargé de rédiger une Constitution pour la Suisse entière. Au début de l'année 1798, le mouvement révolutionnaire se propage dans toute la Confédération et met fin aux institutions aristocratiques ainsi qu'à la domination des Cantons sur les territoires sujets. Le 24 janvier 1798, l'indépendance vaudoise est proclamée.

Le traité de Lunéville et le traité d'Amiens

Le début du XIXe siècle représente le moment où l'inféodation à la France a atteint son degré extrême. Entre 1800 et 1802, privée de fondement légal et constitutionnel solide, la République helvétique connaît une période de profonde incertitude, où toute mesure demeure suspendue et provisoire dans l'attente d'une réforme constitutionnelle, voire d'une toute nouvelle constitution, que Napoléon Bonaparte voit de plus en plus fédéraliste. Le traité de Lunéville signé avec l’Autriche le 9 février 1801, puis la paix européenne, rétablie par le traité d'Amiens, du 23 mars 1802, entre la France, l'Espagne, l'Angleterre et la Hollande offrirent au Premier Consul l'occasion de régler durablement la question helvétique. Par l'article XI du premier de ces traités en effet, la France et l’Autriche se garantissaient mutuellement l'indépendance des Républiques batave, helvétique, cisalpine et ligurienne et la faculté aux peuples qui les habitaient d'adopter telle forme de gouvernement qu'ils jugeraient convenable. Le paragraphe 2 de l'article Il du traité de paix stipulait que l'empereur d'Autriche cédait à la République française le Fricktal et tout ce qui appartenait à la maison d'Autriche sur la rive gauche du Rhin, entre Zurzach et Bâle, la France se réservant le droit de céder ces territoires à la République helvétique. En privant l'Autriche de son axe de pénétration dans la Suisse du Nord-Ouest, la France enlevait à l'empereur de forts moyens de pression, brouillait durablement la Suisse avec son voisin oriental, et restait ainsi seule dans la course à l'hégémonie sur le sol suisse. C'est un moment exceptionnel dans l'existence de la Suisse, comparable en effet - même si cela n'a pratiquement jamais été relevé - au traité de Westphalie de 1648. Le « Général Premier Consul » paracheva l'oeuvre entreprise par les rois de France dès le traité de Westphalie, lequel avait reconnu non pas l'indépendance de la Suisse, comme l'interprétera la France, mais une presque pleine liberté et exemption de l'Empire! Nuance! Si ce traité avait émancipé les Ligues des Hautes Allemagnes, comme on appelait alors la Confédération, du Saint Empire romain germanique, par la paix de Lunéville l’Autriche dut enfin se résoudre à reconnaître formellement l'indépendance de la Suisse, après avoir durant des siècles fait peser une menace quasi constante sur son existence. Quand bien même elle avait dû admettre tacitement, dans la paix de Bâle en 1499, la séparation de la Suisse d'avec l'Empire, la Maison de Habsbourg n'avait pas abdiqué toute velléité d'hégémonie sur la Suisse et les périphéries du Corps helvétique comme la principauté épiscopale de Bâle et les Ligues Grises qui subissaient son influence quand ce n'était pas sa tutelle. Dans son discours de clôture au Sénat, le 5 mars 1803, juste au moment de quitter son poste, le chef du gouvernement helvétique, Dolder, rappela fort opportunément qu'« aujourd'hui comme il y a cent cinquante ans, c'est la France qui assure l'existence politique de la Suisse », faisant allusion, précisément, au traité de Westphalie.

L’historiographie traditionnelle s'est le plus souvent bien gardée d'insister sur le fait qu'avec la Révolution helvétique et ses prolongements, on avait assisté à la fin officielle de l'influence autrichienne sur sol suisse. Par la suite, l'historiographie des XIXe et XXe siècles s'est polarisée sur le Congrès de Vienne en oubliant combien, avec le traité de Lunéville et ses suites, la reconnaissance de l'indépendance helvétique par l'Autriche était la condition sine qua non qui allait l'amener à son statut définitif sur le plan international en 1815. Assurer la neutralisation armée des Alpes, telle est la mission confiée à la Suisse lors de cette grande réorganisation de l'Europe que fut le Congrès de Vienne (1814-1815). Le but visé: permettre l'équilibre des forces en présence sur le continent et, ainsi, contribuer à la paix. Dès lors les gardiens de la mémoire historique, relayés par les maîtres de l'enseignement primaire et secondaire, vont s'attacher à présenter une Suisse fière d'une indépendance et d'une démocratie remontant en droite ligne au Serment du Grütli et au Pacte de 1291. Il convenait alors de passer sous silence l'apport étranger, plus particulièrement de la France républicaine, lors de la douloureuse gestation de la Suisse moderne allant de 1798 à 1813.