D’un côté Bonaparte est prêt à renoncer pour la Suisse à cette centralisation qu’il vient de renforcer en France : de l’autre, il attend de la Suisse une alliance offensive et défensive lui assurant la liberté de passage des cols alpins et lui fournissant un important contingent de soldats. C’est ce que garantit l’acte de médiation du 19 février 1803. Ecoutons son préambule qui fait écho aux textes précédents : « L’helvétie, en proie aux dissensions, était menacée de dissolution. Elle ne pouvait trouver en elle-même les moyens de se reconstituer. L’ancienne affection de la nation française pour ce peuple recommandable qu’elle a récemment défendu par ses armes et fait reconnaître comme puissance par ses traités, l’intérêt de la France et de la République italienne (le président en est Bonaparte) dont la Suisse couvre les frontières, la demande du Sénat, celle des cantons démocratiques, le vœu du peuple helvétique tout entier, nous ont fait un devoir d’interposer notre médiation entre les partis qui se divisent… Déterminer si la Suisse, constituée fédérale par la nature, pouvait être retenue sous un gouvernement central autrement que par la force, reconnaître le genre de constitution le plus conforme au vœu de chaque canton, distinguer ce qui répond le mieux aux idées que les cantons nouveaux se sont faites de la liberté et du bonheur, concilier dans les cantons anciens les institutions consacrées par le temps avec les droits restitués à la masse des citoyens…» tels étaient les objets qu’il allait soumettre à l’examen et à la discussion.

L'Acte de Médiation comprend d'une part les dix-neuf Constitutions cantonales et d'autre part l’Acte fédéral régissant l'organisation centrale de la Confédération. Avec cinquante-six députés du Sénat helvétique et des villes et cantons réunis à Paris, ont travaillé quatre sénateurs. Ces sénateurs étaient Barthélémy, qui connaissait bien la Suisse, l’idéologue Roederer, l’obscur Desmeunier, et Joseph Fouché, en liaison avec le ministre des relations extérieures, Talleyrand. Talleyrand et Fouché, « le vice appuyé sur le bras du crime », dira Chateaubriand en 1815, voilà un singulier patronage. Que l’on se rassure : leur rôle fut modeste. La nouvelle confédération comprend dix-neuf cantons : Appenzell, Argovie, Bâle, Berne, Fribourg, Glaris, Grisons, Lucerne, Saint-Gall, Schaffhouse, Schwyz, Soleure, Tessin, Thurgovie, Unterwalf, Uri, Vaud, Zoug et Zurich. Ces cantons sont « confédérés entre eux, conformément aux principes établis dans leurs constitutions respectives. Ils se garantissent réciproquement leur constitution, leur territoire, leur liberté et leur indépendance ». Chaque canton envoie un député à une Diète qui règle les affaires communes. Le bourgmestre du canton directeur (qui change chaque année) joint à son titre celui de Landamann de la Suisse. Au-dessus, le Médiateur, Napoléon, joue un rôle d’arbitre.

Avec les dix-neuf Constitutions des Cantons confédérés, on assiste au rétablissement de la diversité des régimes politiques qui prévalait sous l'Ancien Régime. En effet, les Cantons de Suisse centrale et orientale reviennent au régime de démocratie directe, les Grisons à la démocratie référendaire. Les Constitutions des anciens Cantons d'avant 1798 introduisent un régime représentatif censitaire à tendance oligarchique et les nouveaux Cantons adoptent, quant à eux, la démocratie représentative censitaire mais à tendance démocratique. L'Acte fédéral restaure la structure d'état confédéral. Aux treize Cantons d'avant 1798 s'ajoutent donc deux anciens Alliés, Saint-Gall et les Grisons, qui tous recouvrent leur souveraineté. A ces Cantons, Bonaparte adjoint l’Argovie, la Thurgovie, Vaud et le Tessin, territoires sujets émancipés par la République helvétique, qui, en application du principe d'égalité de droit entre entités territoriales, accèdent pour la première fois à la souveraineté. L'Acte fédéral restaure la Diète, assemblée des représentants des Cantons dans laquelle ceux-ci ne disposent que d'une voix, à l'exception de Berne, Zurich, Vaud, Saint-Gall, Argovie et des Grisons, qui en raison de leur population de plus de cent mille habitants jouissent de deux voix. Réapparaît également le Canton directeur de l’Ancien Régime, qui cependant alterne chaque année entre Fribourg, Berne, Soleure, Bâle, Zurich, Lucerne et dont le premier magistrat avoyer ou bourgmestre, revêt alors la charge pour un an de Landammann de la Suisse.

Devenu Premier Consul à la suite du coup d'Etat du 18 brumaire an VIII - 9 nov. 1799, Napoléon Bonaparte observe l'évolution politique de cette République helvétique qui lui tient tout particulièrement à cœur depuis son passage des Alpes au Grand-Saint- Bernard le 21 mars 1800 et la campagne d'Italie qui suivit. Le futur empereur envisage que cette Helvétie et ses montagnards sont un solide bastion ami et contrôlé, protégeant le sud-est de son pays. En signant le Traité de Lunéville avec l'Autriche, le 9 février 1801, ce Premier Consul achève l'émancipation complète de l'Helvétie envers la maison des Habsbourg. Emancipation presque acquise en 1648, lors des traités de Westphalie, par le roi de France en faveur des «ligues de la Haute-Allemagne» comme était alors appelée la Confédération suisse. Ce traité de Lunéville enjoint entre autres à l'Autriche de céder à la France, qui les transmettra à la République helvétique, le Fricktal et la rive gauche du Rhin entre Zurzach et Bâle. Notre actuelle confédération prend corps. Ce qui préoccupe surtout Bonaparte est la situation intérieure de cette République helvétique risquant de disparaître dans une guerre civile entre unitaires et partisans de l'Ancien Régime. Il élabore une première esquisse de Constitution qui sera dénommée «projet de la Malmaison», du nom du château où il fut rédigé. Il prévoit dix-neuf cantons avec leur Constitution, des diètes cantonales, une diète générale, un sénat de vingt-cinq membres et un Conseil exécutif de quatre membres présidés par deux landamanns. Les élections sont à deux niveaux. Les municipalités élisent des électeurs qui désignent les membres de la diète générale. Toute distinction entre confédérés alliés et sujets est supprimée, un mode égalitaire et uniforme des conditions d'éligibilité est établi. Ce projet est adopté par le pouvoir législatif de l'Helvétie le 29 mai 1801. En juillet 1802 les troupes françaises se retirent du pays, qui sombre alors dans le marasme. Le Premier Consul décide d'imposer sa solution. Le 30 pluviôse de l'an XI (19 février 1803), après deux mois d'intenses négociations avec les représentants de la République (la Consulta) et supervisées par quatre éminents sénateurs dont Fouché et Roederer, Napoléon donne son Acte de Médiation aux délégués d'une Suisse qui allait droit vers une dislocation.

La Constitution qui en découle reprend le projet de la Malmaison mais rend aux cantons une plus grande autonomie, trop pour certains. Bonaparte a gardé de nombreux éléments du droit public de l'ancienne Confédération, ainsi les institutions de démocratie directe pour les cantons de la Landsgemeinde, ainsi que le principe du fédéralisme pour l'ensemble du pays. En complément il a conservé des principes de droit public de la Révolution française, ainsi l'égalité de tous les territoires de la Confédération et de ses habitants. L'Acte de Médiation signifie donc bien la naissance de territoires sujets devenus cantons à part entière, soit Vaud, Argovie, Thurgovie, le Tessin, de même que le canton de St-Gall créèrent des éléments disparates et soudés grâce à l'entregent et à l'habileté de Karl Müller von Friedberg, personnalité originale et patriote de grand mérite. Quant aux Grisons devenus «République souveraine des trois ligues» ils entrent dans la Confédération helvétique en 1803 aussi grâce à la politique et à l'Acte de Médiation du Premier Consul. Conjointement, celui-ci nomme le comte Louis d'Affry, citoyen de Givisiez près de Fribourg, premier landamann de la Suisse et président de la Diète fédérale. Cette dernière a son siège à Fribourg, qui devient capitale. Si la Suisse est devenue liée à la France avec obligation de lui fournir 12 000 à 16 000 soldats pour ses entreprises guerrières, il n'en demeure pas moins que son existence même a été sauvegardée grâce à Bonaparte. Point de nouvelles institutions sans redéploiement des différents cantons: ce que 1798 avait amorcé, 1803 l'entérine, à savoir la partition du canton de Berne qui coupait en deux l'ancienne Confédération et du fait de sa puissance empêchait l'émergence d'une Suisse cantonalement équilibrée. L'Acte de Médiation fixe une fois pour toutes les limites du canton qui prit le nom de Vaud. Napoléon Bonaparte prit soin de valoriser le canton de Vaud, qui recouvre définitivement Payerne et Avenches. Dans le même esprit, il fut procédé au renforcement de l'Argovie, dont le territoire composite ira des environs de Bâle jusqu'aux abords de la Suisse centrale et dont certaines régions lorgnent vers Berne ou Zurich. Les formes de ce canton hétéroclite montrent qu'il s'agit d'une création de toutes pièces pour faire tampon entre les puissances rivales et dominantes de Berne et de Zurich. Tout a été fait pour renforcer les nouveaux cantons, sans mettre en danger la pérennité de l'ensemble helvétique. Le Tessin est réunifié en 1803. De même, dès cette date, Baden et Argovie ne forment plus qu'une seule entité. Si Appenzell s'émancipe du canton du Sentis, créé en 1798, ce qui en reste est réuni au canton de Linth - lui-même amputé de Glaris qui retrouve son aire traditionnelle d'avant 1798 - pour former le canton de Saint-Gall, plus grand qu'Appenzell et Glaris (685 km2) réunis.

L’Acte de Médiation, remis solennellement le 19 février 1803 au comte Louis d’Affry, de Fribourg, désigné comme le premier landamann de Suisse, préservait les grandes valeurs de liberté et d’égalité. La griffe de Bonaparte se retrouvait dans l’établissement d’un fédéralisme moderne qui se substituait à « l’imbroglio juridique de l’ancien corps helvétique ». Mais l’acte arrime la Confédération à ce qu’on va bientôt appeler le Grand Empire. L’action de la France n’était pas désintéressée. Avec le cynisme propre à cette époque, Bonaparte ne l’avait pas caché : la Suisse, c’était avant tout un réservoir de soldats et le passage des cols alpins. Tandis que les élites se rallient, surtout en Suisse romande, un nouvel axe économique se dessine sur le continent européen. C’est la fin de la prospérité de la façade atlantique fondée sur le commerce colonial. La guerre maritime avec l’Angleterre ruine des ports comme Bordeaux ou Nantes. Désormais, c’est autour du Rhin que s’organise une nouvelle économie, de Milan, bientôt capitale du royaume d’Italie à Francfort, capitale de la Confédération du Rhin, en passant par Lyon (sur le Rhône) et Strasbourg. Comment la Suisse n’en profiterait-elle pas ? Mais il y a un envers. Décidé à Berlin par Napoléon, en novembre 1806, le Blocus continental, c’est-à-dire la fermeture des marchés européens aux produits anglais, interdit à la Suisse tout échange avec « la perfide Albion ». L’industrie perdait un marché extérieur auquel la France se garda de se substituer et des importations nécessaires ne parvenaient plus en Suisse sauf par contrebande. La contrebande : seule possibilité pour une économie tournée vers les échanges de substituer. La contrebande : cause de frictions de plus en plus vives avec la France : brûlement de marchandises anglaises à Neuchâtel, annexion par Napoléon du Valais, occupation du Tessin par les troupes italiennes pour former les voies d’accès à la contrebande. De plus le désastre de 1812 voit périr en Russie de nombreux soldats suisses.

L’Acte de Médiation proposé par Napoléon réduit au strict minimum le pouvoir central et restaure le pouvoir cantonal. La nouvelle constitution énumère en premier lieu les constitutions cantonales. Elle distingue trois types de cantons : ceux de la campagne (landsgemeinde), les anciens-cantons villes (système aristocratique et corporatif), les nouveaux cantons (démocratie représentative). Le retour aux traditions politiques de l’Ancien Régime, tout en maintenant une partie des libertés acquises durant la révolution, ramène le calme en Suisse. Les compétences du pouvoir fédéral sont minimes : politique extérieure, organisation de l’armée, tarifs douaniers et arbitrage en cas de conflits. Mais la politique extérieure reste en fait étroitement liée à la politique française (une alliance défensive et une capitulation militaire en 1803 rendent impossible toute action indépendante). Nous l’avons dit, mais le répétons, la Médiation signifie non seulement un retour partiel aux anciennes formes de gouvernement, mais aussi le rétablissement du pouvoir des familles aristocratiques de l’Ancien Régime. Les cantons sont des républiques de propriétaires, d’aristocrates et de notables. Mais en 1804, le malaise provoqué par ce retour des « oligarchies » explose lors de la guerre de Bocken (révolte des habitants de la campagne zurichoise ; l’émeute est mâtée par les troupes fédérales, mais le problème n’en est pas pour autant résolu). Mais la Médiation reste pourtant une époque de consolidation et de stabilité politique ; le jeu du pouvoir entre les cantons reprend ses droits. La création de nouveaux cantons permet ce nouvel équilibre. Au niveau économique, le Blocus Continental, boycott que la France impose à l’Angleterre, touche directement la Suisse (qui reçoit l’ordre de le respecter dès 1806). L’importation des matières premières (textile) devient difficile mais d’un autre côté la concurrence anglaise disparaît. Le Verlagssystem est remplacé peu à peu par la fabrication mécanisée ; le travail se concentre dans les manufactures. L’industrie suisse entre donc dans une nouvelle phase de son développement.  Les traditions nationales vivent un renouveau important (fêtes d’Unspunnen, en 1805 et 1808, où l’on présente la Suisse comme un pays de bergers, de simplicité et de liberté). A ce moment, la prise de conscience nationale apparaît générale et fortement marquée.

La campagne de Russie, la chute de l’Empire et la victoire de la coalition marquent la fin du régime de la Médiation. Dès les défaites françaises, les Suisses cherchent l’appui de l’Autriche et de l’Angleterre pour garantir leur indépendance. En 1814, les troupes autrichiennes apportent la restauration de l’ancien ordre des choses. Pourtant le retour à l’Ancien Régime n’était plus possible, la restauration de 1815 n’apportera qu’une accentuation des tendances restauratrices qui s’étaient manifestées depuis 1803. Le rôle de Médiateur que Napoléon s’était octroyé avait évité aux légendaires démocraties helvétiques l’affront d’un régime monarchique ou impérial. Le projet de Constitution rédigé à la Malmaison par ce génie militaire et politique a servi de matrice à son Acte de Médiation, qui formera la base de la révision constitutionnelle de 1832-33, laquelle engendrera la Constitution de 1848, naissance, après gestation bien tourmentée, de la Suisse moderne. Certes, après la défaite de Napoléon à Leipzig en 1813 la Diète fédérale était incitée à proclamer la stricte neutralité et la déchéance de l'Acte de Médiation. Elle a eu l'intelligence de s'en tenir à la forme et d'en conserver l'esprit et l'essentiel, ainsi le découpage des cantons et leur égalité inscrite dans le Pacte fédéral de 1815 justement. L'habileté des diplomates suisses à ce congrès aura fait disparaître l'allégeance du pays à la France. La mission d'assurer dès lors la neutralité armée aura permis d'éviter les malheurs et douleurs de conflits militaires, dont ceux de deux guerres mondiales.

La Médiation représente la phase d'initiation au consensus national, comme manière de vivre ensemble sur une base égalitaire entre tous les Suisses. Dans la mesure où cette idée du consensus fut imposée par une puissance étrangère, son origine a été consciencieusement occultée. L’idée de coexistence politique entre des entités culturelles différentes a été traitée comme si elle remontait aux origines de la première Confédération, en gommant la refondation de 1798 par la centralisation et le redéploiement cantonal de 1803. Il n'en reste pas moins que, selon la formule du landammann Reinhard en 1807, Napoléon pacifia «la Suisse par une constitution qui rétablissait les bases essentielles de l'ancienne Confédération, purgée des défauts qui en avaient accéléré la ruine». Le redimensionnement territorial de la Suisse reste l'apport majeur de la Médiation qui fut par ailleurs une période de réaction durant laquelle, rappelle William Martin, «  les Suisses s’acharnèrent à remonter au moyen âge ». Napoléon Bonaparte a donné à la Suisse une assise politique et cantonale stable, en jetant les bases d'un Etat fédéraliste moderne qui a permis la coexistence de régimes politiques très divers. Malgré l'hostilité des cantons lésés par le redécoupage et qui tentèrent immédiatement de le remettre en cause, comme Berne, Uri, Glaris, Zurich ou les Grisons, le médiateur imposa son oeuvre et ne souffrit aucune discussion. En établissant parallèlement la dignité et l'égalité des Etats cantonaux, la Médiation a permis à ceux-ci d'entamer leur intégration à un Etat national, et d'évoluer en partant de leur situation historique et selon des rythmes et des modalités spécifiques en faisant abstraction des structures et tares héritées de la période d'assujettissement des territoires récemment émancipés. Les dix ans de la Médiation permirent de démontrer la viabilité des nouveaux cantons souverains sur le même pied que les anciens. Entrés par la grande porte dans la Confédération suisse en 1803, nul ne parvint malgré ses efforts à leur indiquer la sortie au moment de la Restauration.

Quand la Diète réunie à Zurich décida, le 29 décembre 1813, d'abroger l'Acte de Médiation et de le remplacer par une simple convention, les Confédérés reconnurent qu'il n’y avait plus de pays sujets. Le retour des anciennes élites et le rétablissement de l’Ancien Régime ne s'accompagnèrent pas de modifications des frontières internes. La Restauration de 1814-1815 rendra aux cantons une indépendance comparable à celle qui prévalait avant 1798 sans parvenir à annihiler l'oeuvre territoriale réalisée précédemment. Le 21 mars 1814, Berne déclara officiellement à la Diète de Lucerne renoncer au canton de Vaud. Comme le rappelle en 1824 un mémoire du Ministère français des affaires étrangères, en 1814, les « Puissances ne rétablirent ni les souverains légitimes ni leur territoire légitime. Les 19 cantons furent conservés avec leurs gouvernements, dans leur étendue prescrite par Buonaparte et cela, quoique son acte de Médiation fut aboli. »

On remarquera d'ailleurs que les territoires des 19 cantons n'ont depuis lors pratiquement pas subi de modifications, sous réserve de la question jurassienne et de la partition bâloise. En 1803 s'achève ainsi la période positive, helvétiquement parlant, de Bonaparte. Devenu Napoléon, il annihilera totalement la neutralité suisse et, en exagérant ostensiblement la domination française, obligera les Suisses à prendre ensuite leurs distances avec la France. Ainsi, l'Acte de Médiation marque l'apogée de la présence française en Suisse, dont les Vaudois surent être les grands bénéficiaires. De nos jours, tous les projets de recomposition de la Suisse se heurtent à de fortes réticences et ne sont guère aboutis. La crainte que la recomposition de la Suisse ne s'accompagne de la dislocation du pays dispense à notre avis les attentistes de se pencher sur l'avenir des entités cantonales. La restructuration du début du XIXe siècle, à défaut d'être un exemple, puisqu'elle fut imposée de l'extérieur, devrait à tout le moins servir de référence. En découpant le territoire suisse, la France avait mis fin au tabou de l'intangibilité des frontières intérieures de la Confédération et dispensait les partisans de la Suisse nouvelle de 1848 d'entreprendre un bouleversement des structures qui aurait nui à l'ensemble de leur oeuvre réformatrice.

Un mot sur la fonction de Landammann

La figure du landammann de la Suisse symbolise parfois l'abdication des prérogatives nationales face à l'étranger, mais est-ce bien vrai ? Cette fonction inédite fut exercée à tour de rôle par huit hommes différents au cours des onze années où elle fut mise en vigueur. Originale et jamais reprise, elle avait été inventée par Napoléon Bonaparte pour parachever le système hybride qu'inaugurait la Médiation. Il créait ainsi une autorité faîtière à la fois assez forte pour maintenir un pays cohérent, susceptible de lui fournir des troupes, et trop faible pour tenter de s'en servir contre lui. A l'instar de pratiques anciennes, ce personnage était le représentant principal du Vorort et le président de la Diète helvétique que le Premier Consul venait de ressusciter. En outre et au contraire des usages antérieurs, le landammann servait d'interlocuteur privilégié du gouvernement français. A ce titre, il transmettait les voeux des Etats suisses à l'empereur et, surtout, leur répercutait les désirs du souverain. Ceux-ci s'apparentaient généralement à des ordres comminatoires que les circonstances et les contraintes institutionnelles rendaient difficiles à refuser, voire à infléchir dans un sens plus favorable à la Confédération. Cette soumission de iure et de facto aux volontés de l’étranger contribua fortement à discréditer l'image d'un rôle conçu expressément à cette fin, même si cette sujétion fut souvent moins « antinationale» qu'il n'y paraît (par exemple lors de la rébellion dite Bockenkrieg avec la rapide décision de von Wattenwyl).