« Que j'ai besoin, par-dessus tout, d'une frontière qui couvre la Franche-Comté; un gouvernement stable et solide, ami de la France, c'est le premier voeu que je forme [ ... ] », écrit Bonaparte, en septembre 1802, à son ministre des relations extérieures, Charles Maurice de Talleyrand-Périgord (1754-1838) à propos de la Suisse. Pour réaliser cet objectif stratégique qu'il a conçu pour le pays, il faut avant tout restaurer la paix entre les Suisses. Sans concorde, impossible de faire de la Suisse le bastion défensif qu'il réclame; sans réconciliation, la France aura toujours à maintenir des troupes pour garantir l'ordre public, troupes que le premier Consul ne pourra pas utiliser ailleurs. Bonaparte doit donc trouver un terrain de conciliation qui puisse rassembler la grande majorité des Suisses et de la sorte restaurer leur union. A cette fin, il convoque dans la capitale française une soixantaine de délégués venus de toute la Suisse pour travailler à la solution constitutionnelle qu'il a lui-même retenue pour ce pays. Au général Ney, devenu entre temps ministre plénipotentiaire de la République française auprès du gouvernement helvétique, incombe le travail de choisir en Suisse des hommes capables et modérés pour délibérer avec le premier Consul. Le ministre de France dément, en outre, les rumeurs qui courent sur le fait que Bonaparte, à l'exemple de la République italienne, souhaite se faire reconnaître comme président de la République helvétique. Pour cette raison, et afin de ne pas être mis devant le fait accompli, les fédéralistes dans leur majorité refusent l'invitation du premier Consul : seule une vingtaine se rend à Paris. La grande majorité des délégués suisses appartiennent au parti unitaire. Cette assemblée de députés, que l'on désigne généralement sous le nom de Consulta helvétique, siégera dans la capitale française de décembre 1802 jusqu'à la fin du mois de février 1803. Dès le 10 décembre 1802, Bonaparte les informe de la solution constitutionnelle qu’il a retenue.

Bonaparte juge à cet égard qu'il faut adapter à une structure d'état confédéral, héritage de l’Ancien Régime, les acquis de la Révolution. Ce retour à l'ancienne Confédération qui implique la restauration de la souveraineté des Cantons ne peut, à ses yeux, s'opérer que par la reconnaissance du principe fondamental de l'égalité. Elle comprend l'égalité en droit entre tous les individus, la suppression de tout privilège de naissance et d'hérédité de pouvoir. Elle inclut aussi l'égalité de tous les territoires de la Suisse, c'est-à-dire l'égalité entre les anciens Cantons souverains d'avant 1798 et les territoires sujets émancipés grâce à l'avènement de la République helvétique. Les propos du premier Consul laissent les unitaires atterrés, en revanche les fédéralistes jubilent. Il s'agit néanmoins de rallier à son dessein la majorité, et pour ce faire, Bonaparte doit atténuer les antagonismes en s'appuyant sur les représentants modérés au sein des deux tendances qui s'affrontent. Cependant, le premier Consul est conscient que s'il veut faire oeuvre solide, il a besoin de connaître toutes les opinions du pays. En conséquence, il invite non seulement les députés à la Consulta, mais aussi la Suisse entière, c'est à dire, ses Cantons, ses villes, ses communes, ses habitants, à lui faire parvenir des projets et les assure que toute adresse, toute pétition seront prises en compte. Même si Bonaparte ne doute pas de la nécessité d'un retour à la structure confédérale, il est prêt à étudier les projets de constitution unitaire.

Pour accomplir au mieux cette tâche de médiateur, le premier Consul ordonne la création d'une commission de quatre sénateurs français dont les membres sont : François Barthélemy (1747-1830) ancien ambassadeur de France en Suisse de 1791 à 1797 ; Jean Nicolas Démeunier (1751-1814), l'auteur de  L'économie politique et diplomatique de l'Encyclopédie méthodique, qui, dans cet ouvrage, a décrit les Etats du Corps helvétique sous l'Ancien Régime; Pierre Louis Roederer (1754-1835), le fameux juriste du Consulat; Joseph Fouché (1759-1820) l'ancien ministre de la police. Nous voyons, à propos de ces deux premiers personnages, que Bonaparte a entendu s'adjoindre deux spécialistes de la Suisse : le premier parce qu'il y a vécu durant cinq années et qu'il y possède encore un réseau d'amitiés ; le second parce qu'il connaît parfaitement les institutions suisses. Chargé d'assister le premier Consul dans sa tâche de médiateur, cet organe, qui jouera le rôle de courroie de transmission entre lui et les membres de la Consulta, devra diriger la négociation entre les Suisses, recueillir leurs opinions, lire leurs mémoires ainsi que ceux provenant de Suisse, étudier les différents projets de constitution, pour ensuite dégager un terrain d'entente acceptable pour tous aux fins d'élaborer les textes constitutionnels destinés aux Cantons et à la Confédération. L'activité de cette commission est, par conséquent, importante, en dépit du fait que toute décision est finalement du ressort de Bonaparte.

Tout au long du mois de décembre 1802, la Commission reçoit des députés de la Consulta leurs mémoires et leurs projets, s'agissant tant de l'organisation des Cantons que de celle de la Suisse unitaire ou confédérale, selon la tendance à laquelle ils appartiennent. Au cours du mois de janvier 1803, la Commission convoque les députés en les réunissant en délégations cantonales, qu'elle auditionne séparément. Sur la base des matériaux institutionnels qu'elle reçoit et des éléments fournis lors des auditions, en relation constante avec Bonaparte, elle rédige les Constitutions des Cantons. Démeunier est plus particulièrement chargé d'élaborer les Constitutions des Cantons à Landsgemeinde (assemblée souveraine du Canton qui rassemble en son sein tous les citoyens ayant les droits politiques) ainsi que celles des nouveaux Cantons, alors que Roederer s'occupe des Constitutions des Cantons-villes.

Fin janvier 1803, les Suisses apprennent que Bonaparte a terminé son projet de constitution pour la Suisse entière que l'on désigne par Acte fédéral, auquel ils n'ont point participé, et qu'il est disposé à en discuter avec eux ainsi que des Constitutions cantonales à l'élaboration desquelles ils ont, en revanche, tous oeuvré. Estimant que l'étude et la discussion de ces questions ne pouvaient se faire en plénum, il impose à la Consulta la désignation de deux délégations de cinq membres représentant les partis unitaire et fédéraliste. Deux conférences se tiennent séparément. L'une, le 25 janvier 1803, avec la représentation des fédéralistes constituée par le Zurichois Hans Reinhard (1755-1835), le Fribourgeois Louis d'Affry (1743-1810), le Bernois Niklaus Rudolf von Wattenwyl (1760-1837), l'Uranais Emanuel Jauch (1759-1805) et le Soleurois Peter Glutz (1754-1835) ; l'autre, le 26 janvier, avec les unitaires représentés par le Vaudois Henri Monod (1753-1833), le Grison Jakob-Ulrich Sprecher (1765-1841), le Zurichois Paulus Usteri (1768-1831), l'Argovien Philipp Albert Stapfer (1766-1840) et l'Obwaldien Joseph Ignaz von Flüe (1762-1813). Puis la Commission, instruite des propositions des délégués de la Consulta, en rend compte au premier Consul. Le 29 janvier 1803, les dix députés de la Consulta sont convoqués avec la Commission des quatre sénateurs dans le cabinet de travail du premier Consul, aux Tuileries. Là, durant plusieurs heures, ils ont toute liberté de débattre avec Bonaparte de l'Acte fédéral et des Constitutions cantonales. Celui-ci écoute avec attention les objections des Suisses. Tout en tenant compte de certaines d'entre elles, il leur répond avec une pertinence qui révèle sa profonde connaissance des personnes et des circonstances locales, ce qui lui vaut leur incontestable admiration. D'ailleurs, le premier Consul est parfaitement au fait de toute la documentation que les Suisses lui ont fait parvenir pour contribuer à son oeuvre de médiateur. Après avoir soutenu, seul, l'essentiel des débats, considérant que son projet ne suscite de leur part aucune objection fondamentale, il lève la séance. A la suite de cette longue audience, les commissaires français remarquent que jamais Bonaparte n'avait accordé une telle attention aux plus importantes affaires européennes. A n'en point douter, la paix qui régnait alors sur le continent offrait à Bonaparte le temps de se consacrer pleinement à sa médiation.

Trois semaines sont encore nécessaires pour achever la mise au net du document. Le 19 février 1803, aux Tuileries, Bonaparte procède à la remise solennelle de l'Acte de Médiation en présence des deux délégations de la Consulta. Deux jours plus tard, le 21 février 1803, le premier Consul accueille tous les députés suisses pour prendre congé d'eux.