L'invasion des troupes françaises, en 1798, entraîne la création, sur le modèle français, d'un État centralisé, la République helvétique. Même les cantons traditionnels disparaissent parfois au profit d'un canton des Waldstätten (réunion d'Uri, Schwytz, Unterwald et Zoug), de l'Oberland ou de la Linth par exemple. Pourtant, bien des objectifs de la République helvétique (1798-1803), comme la liberté d'établissement, l'égalité des droits ou l'encouragement de l'instruction publique, furent repris par l'Etat fédéral après 1848.

Quelle est au moment de l’avènement de Bonaparte la situation de la Suisse ? Hostile à la Révolution française mais fidèle à sa politique de neutralité, la Confédération helvétique s’est tenue à l’écart de la guerre entre la France et l’Europe, guerre commencée en 1792. La Suisse passe pour riche, les caisses de l’Etat français sont par contre vides. Le Directoire soutient en conséquence un Club helvétique recréé à Paris par La Harpe et qui entretient l’agitation dans le canton de Vaud. En janvier 1798, le prétexte d’une intervention est enfin trouvée. Bonaparte, en prônant une structure unitaire qui correspondait si peu à la nature et à l'histoire des Confédérés, ne prévoyait-il pas qu'elle déclencherait des heurts, fournissant ainsi à la France un prétexte pour envahir la Suisse ? A cette fin, il avait ordonné, le 12 décembre 1797, l'envoi d'une division de l'armée d'Italie chargée de prendre position à Versoix. Cette localité était située, à l'époque, sur territoire français et jouxtait le Pays de Vaud sous sujétion bernoise. La division commandée par le général Jean-François Ménard (17561831), dévoué à Bonaparte, était arrivée dans la région genevoise dès le 20 janvier 1798. Voyant la révolution s'opérer en Suisse sans intervention de la France, ne fallait-il pas un casus belli pour donner aux Français le motif de l'invasion ? Le 25 janvier, l'adjudant envoyé par Ménard chez le général bernois Franz-Rudolf von Weiss (1751-1818) pour le sommer d'évacuer le Pays de Vaud, est arrêté par la garde civique dans le village vaudois de Thierrens. Un hussard français de l'escorte attaque soudainement et blesse l'un des gardes. Ceux-ci se défendent, font feu et tuent deux soldats français. Ménard utilise cet incident fâcheux pour envahir la Suisse. Le 28 janvier, ses troupes entrent dans le pays de Vaud et, le 5 mars après la victoire du Grauholz, les Français occupent Berne et donnent le coup de grâce à la vieille Confédération des XIII Cantons. L'un des objectifs de Bonaparte est réalisé. Relevons que Bonaparte ne participe pas personnellement à cette opération militaire; en revanche une partie du trésor des villes suisses dérobé par l'occupant va servir, non pas à financer l'expédition d’Angleterre à laquelle il a renoncé, mais celle d'Egypte, qu'il est en train de préparer dans les premiers mois de l'année 1798. Le 5 mars, Berne tombe donc aux mains des Français. Bonaparte n’est pas encore parti pour l’Egypte et ne peut ignorer le pillage du Trésor de Berne. D’autant qu’une partie de l’argent aurait couvert les frais de l’expédition vers Alexandrie. Et, affront suprême, les ours, vivants symboles de la cité, sont transférés à Paris (ils seront mangés lors de la Commune...). C'est la fin de l'Ancien Régime en Suisse.

La mise en coupe réglée de la Suisse par le commissaire du Directoire Rapinat (on se demande, disait-on, si Rapinat vient de rapine ou rapine de Rapinat) s’accompagne de la proclamation d’une République helvétique centralisée, calquée sur la République française avec à sa tête un directoire de cinq membres et deux chambres. Le 12 avril 1798, le Bâlois Pierre Ochs, président du Sénat helvétique, franc-maçon affirmé, proclame du balcon de l'Hôtel de Ville d'Aarau la fondation de la République helvétique, elle sera « une, indivisible, démocratique et représentative ». Voici le premier paragraphe de la nouvelle Constitution: « Il n’y a plus de frontières entre les cantons et les pays sujets, ni de canton à canton. L’unité de patrie et d’intérêt succède au faible lien qui rassemblait et guidait au hasard des parties hétérogènes, inégales, disproportionnées et asservies à de petites localités et des préjugés domestiques. On était faible de toute sa faiblesse individuelle, on sera fort de la force de tous ».

L’unification des poids et des mesures, de la monnaie, des lois et de l’armée, est postulée par le texte. L’enseignement public se voit accorder une grande attention. La République helvétique avait à réaliser les tâches qui étaient auparavant  dévolues aux cantons et à l’Église : créer des écoles, une administration, une justice nouvelle sans pouvoir s’appuyer sur les structures traditionnelles. Mais la République helvétique fut rapidement à court d’argent, et sans argent toutes les belles réformes s’arrêtent (sans argent impossible de créer une administration efficace, et sans administration efficace pas d’argent…). Les corporations urbaines sont abolies et la liberté du commerce et de l’industrie proclamée. Proclamation de la liberté de presse également. Les Français imposent donc à la Suisse une Constitution qui fait de ce pays un Etat unitaire centralisé: la République helvétique. Ce texte, rédigé par Ochs, est fortement amendé par le gouvernement français dans le sens d'une structure unitaire. Il est modelé sur la Constitution française en vigueur, celle du 22 août 1795, dite de l'an III. Désormais la vingtaine de Cantons, dont le nombre et la configuration varieront, n'ont plus aucune souveraineté et sont réduits à l'état de simples circonscriptions administratives, juridictionnelles et électorales. Ce rabaissement est partagé avec d'anciens Alliés incorporés désormais à la République: les Grisons, le Valais et Saint-Gall. Vaud, territoire sujet de Berne, ainsi que l'Argovie, la Thurgovie et le Tessin, anciens territoires sous sujétion, sont notamment promus au rang de Canton au nouveau sens administratif du terme.

Le régime politique est celui de la démocratie représentative et les différents pouvoirs sont séparés de façon distincte : un exécutif collégial, le Directoire, formé de cinq membres ; un législatif bicaméral exercé par un Sénat et un Grand Conseil; un judiciaire assuré par un Tribunal suprême. En outre, la Constitution de 1798 proclamé le caractère inaliénable de la liberté naturelle de l'homme et promeut le principe d'égalité en abolissant toute distinction héréditaire.  C’est une manie de la France de vouloir donner à ses idées, ses déclarations de principe et ses constitutions une valeur universelle. Napoléon n’y échappera pas avec son code civil. Malheureusement, le système jacobin ne fait pas l’unanimité en Suisse : fédéralistes et unitaires s’engagent dans une guerre civile désastreuse tandis que le caractère indivisible de la République helvétique est mis à mal par diverses amputations tandis que Genève, si jalouse de son indépendance, est annexée par la France. De cette époque, la Suisse n’a pas gardé, à juste titre, un bon souvenir. En contradiction avec la mentalité et les traditions des confédérés, cet Etat centralisé à l'extrême vivotera au gré des tentatives de putsch et va sombrer dans la guerre civile. La totale résistance de la Suisse centrale est réprimée avec cruauté par les troupes françaises.  Ce marasme est illustré par la fin tragique de l'éminent philosophe zurichois Johann-Kaspar Lavater, ministre des Saintes Evangiles, inventeur de la physiognomie. D'abord favorable à la Révolution française, il dénonce la conception erronée de cette République helvétique trop unitaire. Exilé à Bâle, il revient malgré tout à Zurich. Alors qu'il soigne des soldats français il est tué par l'un d'eux qui lui reproche le contenu soit-disant antirévolutionnaire de ses prêches. La Suisse a perdu son indépendance et devient un satellite de la France. Le temps de la République helvétique est une période de malheurs : répression par l'occupant français des insurrections hostiles au régime en place, dévastations dues à la guerre qui éclate en 1799 et oppose à nouveau, au coeur de la Suisse, la France à l'Autriche et à la Russie. Après une première victoire autrichienne, l’Ancien Régime est rétablit pour quelques mois dans les cantons de la Suisse orientale. Les victoires françaises mettent fin à cette brève restauration, mais le pays est ruiné. Les batailles de Zurich et la retraite de l'armée russe par l'Est de la Suisse laissent ces régions ravagées.

A l'intérieur du pays, on assiste à l'affrontement constant entre les fédéralistes partisans de la restauration de l'ancienne structure d'état confédéral et les unitaires partisans du système centralisé introduit par la Constitution de 1798. De retour d'Egypte et placé à la tête de la République française après le coup d'état du 18 brumaire (9 novembre 1799), Bonaparte se rend compte que la structure unitaire ne convient pas à la Suisse, mais cette constatation ne modifie en rien les objectifs politiques et stratégiques qu'il a fixés pour la Suisse à l'égard de la France. Alors que l'armée autrichienne d'Italie menace le sud de la France, Bonaparte, pressé par le temps, décide, en mai 1800, de traverser les Alpes par le col du Grand Saint Bernard à la tête d'une armée d'environ 55 000 hommes, pour surprendre l'Autrichien dans la vallée du Pô. Lors de son passage à travers Genève annexée depuis 1798 à la République française et par les Cantons de Vaud et du Valais, il a pu apprécier, mieux que quiconque, la valeur des buts qu'il entend assigner à la Suisse. Cependant en raison de l'état de guerre du moment, il lui importe que ce pays reste tranquille jusqu'à la conclusion d'une paix générale et n'entreprenne aucune révision de sa Constitution. Relevons à ce propos, que les unitaires modérés, au pouvoir en Suisse grâce à deux coups d'état, en janvier et en août 1800, soutenus par la France, entendent assurer leur domination par l'établissement d'une nouvelle Constitution. Le gouvernement central de la République helvétique n’atteindra jamais la stabilité nécessaire pour imposer une ligne politique suivie et indépendante. L’ordre est donc garanti par l’armée française. Entre 1800 et 1802, on compte pas moins de quatre coups d’Etat.

La trêve des guerres européennes en 1801 marque aussi la fin de la République helvétique. La Suisse a perdu son importance stratégique, mais son instabilité inquiète Napoléon. Le 20 mai 1802, la seconde Constitution helvétique est mise en vigueur. La « fiction » de l’approbation populaire n’a pu être obtenue qu’en comptant les abstentionnistes au nombre des voix acceptantes. En bien des points le retour aux structures anciennes était de fait, les cantons retrouvaient aussi un poids accru. Mais en été 1802, Napoléon retire les troupes françaises du territoire suisse, condamnant ainsi toute chance de retour à l’ordre. Immédiatement une série de soulèvements populaires éclatent. Le pays tombe dans un chaos total. C’est dans ce chaos provoqué par lui-même que Napoléon impose sa médiation.