A Genève s’opposaient le parti démocratique et les familles aristocratiques. En 1707 déjà, la bourgeoisie fit une première tentative pour recouvrer les droits qu’elle avait progressivement perdu. A l'origine de la première "révolte",  le réveil de la conscience politique des citoyens. Le mouvement de rébellion, emmené par l'aristocrate Pierre Fatio, exige par le biais d'une pétition une participation plus active du Conseil général à la prise de décision politique et un contrôle accru du Petit Conseil. Les pétitionnaires souhaitent une réforme du système d'élection, ainsi qu'une limitation des membres d'une même famille dans les Conseils. Ils demandent aussi la publication imprimée des lois. Le mouvement fut étouffé par la réaction du gouvernement, soutenu par Berne et Zurich. Fatio et plusieurs de ses partisans sont exécutés.

Au premier mouvement quelque peu décousu de 1707 succède une seconde "révolte" encore plus déterminée qui touche un aspect essentiel de la souveraineté populaire: le vote des impôts. D'énormes moyens financiers sont en effet engagés dès 1713 pour pourvoir aux nouvelles fortifications de la ville. Le financement de ces travaux ne peut se réaliser que par une perception de taxes supplémentaires. Deux fois, le Petit Conseil et le Conseil des Deux-Cents avalisent cette taxation supplémentaire. Le Conseil général n'est pas consulté, ce qui provoque l'ire de la population. En août 1737, dans les rues genevoises, les mercenaires du gouvernement furent mis à mal. Les échauffourées de 1737 font onze victimes. Les troubles sont si graves que le gouvernement genevois fait appel à deux reprises à la médiation des cantons de Berne et de Zurich. Finalement, seule une intervention française met fin aux troubles. Le "Règlement de la Médiation" du 7 avril 1738, accepté par le Conseil général servira pendant 30 ans de constitution. Il définit les droits des citoyens: votation des nouvelles lois, vote des impôts, élection des syndics, du procureur général et de certains magistrats dont les candidatures sont proposées par les deux Conseils, approbation des traités conclus avec l'étranger...

Un nouveau droit très important est reconnu aux citoyens: celui de faire des "représentations", soit des revendications au gouvernement. Ces représentations ne peuvent être faites qu'au Petit Conseil, qui les présente ensuite au Conseil des Deux Cents, puis au Conseil Général. Mais les bourgeois ne siégeaient ni au Petit Conseil ni au Conseil des Deux-Cents. Les vingt années qui suivirent furent calmes, la ville connu alors une période prospère, tant économiquement qu’intellectuellement. Le rayonnement intellectuel de Rousseau et les idées nouvelles qu’il répandait n’allaient cependant pas être du goût de l’aristocratie régnante.

Les « Représentants », du nom que l’on donnait aux membres du parti démocratique, s’opposaient toujours plus au « Négatifs », nom donné aux partisans du régime aristocratiques. En 1762, lors de la parution des ouvrages de l’Emile et du Contrat social, qui mettaient en avant l’indépendance personnelle, la souveraineté populaire et la démocratie dans son sens le plus pure, le gouvernement genevois suivit l’exemple parisien en faisant brûler les écrits, devant l'Hôtel-de-Ville, de celui que les aristocrates dénonçaient comme le plus grand ennemi de l’ordre politique parce que "tendant à détruire la religion chrétienne et tous les gouvernements".

Rousseau, d’abord réfugié de France dans le Canton de Vaud, puis, suite à son expulsion par les bernois, dans le Val-de-Travers, rédigea pour se défendre les Lettres écrites de la Montagne dans lesquelles il dénonçait la menace qui était faite à la liberté. Notons que Rousseau renoncera à la bourgeoisie genevoise en 1763.

La querelle de plume se transforma en querelle politique, les « Représentants » reprochaient aux milieux « Négatifs » leur réaction. La polémique qui suit « L’affaire Rousseau » porte notamment sur la composition des Conseils qui ne sont pas jugés suffisamment représentatifs du Conseil général, mais le fruit d'une minorité aristocratique. De même, le Conseil général n'est pas davantage représentatif de la population. En effet, seuls peuvent siéger au Conseil général les bourgeois de Genève. Or, le prix de l'acquisition de la bourgeoisie genevoise n'a cessé d'augmenter aux XVIIe et XVIIIe siècles, la rendant inaccessible à bien des bourses. Ainsi, une classe toujours plus nombreuse de « Natifs », individus nés à Genève, parfaitement implantés dans la ville et payant leurs impôts, se trouve dépourvue de tout droit politique. Ce fait est de plus en plus ressenti comme une injustice. En 1766, on dut à nouveau faire appel à la médiation de Zurich, Berne et de la France pour éviter que le conflit ne s’envenime encore. Mais les négociations tournèrent court, l’ambassadeur français s’en alla, laissant la place aux troupes françaises qui empêchèrent l’approvisionnement de la cité. Mais les « Représentants » ne cédèrent pas. Les troupes françaises ne purent user de la force devant le soutien anglais, russe et prussien à Genève.  Un « édit de pacification » fut finalement adopté au Conseil et le calme revint pour quelques années. Sans pour autant que la réhabilitation de Rousseau ne soit prononcée.

Les bourgeois genevois étaient satisfaits, c’était au tour des immigrés de fraîche date, les « Habitants », et à la nombreuse classe des « Natifs », de réclamer une extension de leurs droits.  En 1768 déjà, les « Natifs » avaient demandés leur intégration au Conseil général, sans succès. Au mois de janvier 1781, les natifs obtiennent des droits importants du Conseil Général, mais les aristocrates refusent ces changements. Le 8 avril 1782, une émeute rassemblant plus de deux mille hommes en armes éclate. Unis aux « Représentants », les natifs obtiennent la démission du gouvernement et établissent une « commission de sûreté ». L’une des premières mesures de cette commission fut d’octroyer la bourgeoisie à près de deux cent familles de natifs. Le mouvement révolutionnaire inquiétait les états voisins, Berne, la France et la Sardaigne réagirent en envoyant près d’onze mille hommes (6000 français, 3000 piémontais et 2000 bernois) soumettre la cité. Le 2 juillet, les portes de la ville s’ouvraient devant les menaces de faire donner l’artillerie. Les anciennes autorités furent remises en place, les magistrats du parti des Représentants furent évincés, la bourgeoisie accordée aux familles de natifs annulée. Un "Code noir" est imposé aux Genevois le 21 novembre 1782. Cet édit réactionnaire contraint à l'exil bon nombre de contestataires et rétablit l'aristocratie au pouvoir. De même, les facilités pour accéder à la bourgeoisie sont supprimées. Des mesures policières sont instaurées, les salons de discussion sont dissous, la liberté de la presse muselée et une garnison est laissée en ville de Genève pour assurer la continuité du régime aristocratique.

Les idées des Lumières prennent une place directe dans les oppositions qui venaient de se jouer. Les troubles liés à la condamnation des deux ouvrages de Jean-Jacques Rousseau durent jusqu'en 1782. De tous les conflits, les disputes et les antagonismes que nous avons vu, c’est à Genève qu’il apparaît le plus clairement que les idées nouvelles y ont une influence directe. Véritable retour en arrière, l’édit de « pacification » imposé par les puissances étrangères à Genève compromet les bribes de souveraineté populaire chèrement acquises jusque-là. Genève regagna en tranquillité, mais les idées des Lumières s’y étaient répandues, y laissant un profond désir de changement. Désir qui allait savoir profiter de la Révolution française pour se réveiller. Un édit du 10 février 1789 assouplit quelque peu le "Code noir". La bourgeoisie genevoise est à nouveau accessible aux Natifs de la quatrième génération. Quant au Conseil général, il recouvre la charge d'élire le petit Conseil. Un nouveau code adopté en 1791 confère au Conseil général l'entièreté du pouvoir législatif et un droit d'initiative.

La France révolutionnaire, dont les troupes ont envahi la Savoie, est aux portes de Genève qu'elle menace d'annexer en 1792. L'indépendance est sauvée provisoirement, mais l'Ancien Régime ne résiste pas à l'avancée révolutionnaire. Un "comité provisoire de sûreté" composé de treize citoyens suspend de ses fonctions le gouvernement en place et proclame l'égalité politique entre toutes les catégories de la population. Genève a vécu sa révolution en décembre 1792. La nouvelle constitution du 5 février 1794 établit un régime de démocratie directe. Les principes de souveraineté populaire et la séparation des pouvoirs sont strictement respectés. L'ensemble des habitants, natifs, bourgeois et citoyens sont égaux. Ils figurent au "Registre unique des citoyens" et constituent ensemble le Conseil général chargé de l'élection des membres des trois pouvoirs. Chaque loi adoptée par le Conseil législatif doit être avalisée par le Conseil général, c'est le référendum obligatoire. Par ailleurs, les citoyens disposent d'un droit d'initiative législative et constitutionnelle fort étendu. Cette réquisition doit être appuyée par 300, 500 ou 700 citoyens. Le Conseil législatif doit alors présenter au Conseil général un projet de loi conforme à l'opinion exprimée par les initiants.