Avec la guerre de Trente Ans s’est imposé aux cantons suisses la nécessité de protéger leurs frontières et donc d’opter pour une organisation militaire collective. C’est dans cette optique qu’ils forment, dès 1647, un conseil de guerre des treize cantons.

En  février 1668, les français envahissent la Franche-Comté, placée depuis 1511 sous la protection des Confédérés en vertu de l’entente perpétuelle avec l’Autriche. Les frontières de la Confédération étaient à nouveau menacées, cette fois par la plus ancienne alliée des suisses, la France du jeune Louis XIV. Une révision du Defensional s’imposait. En mars 1668 les nouvelles dispositions du pacte furent adoptés, elles devaient assurer la sauvegarde de la Suisse. En 1670, il fut confirmé par les treize cantons, quelques nouveaux articles y furent ajoutés en 1673.

La Conférence qui se tint à Baden pour réviser le Defensional de Wil réunit les treize cantons suisses, sans Bâle, et trois alliés : L’abbé et la ville de St Gall, Bienne. Devant la menace extérieure les suisses ont su réagir, faire fi de leurs antagonismes, qui avaient menés jusqu’à la bataille de Villmergen, et mettre en avant la solidarité que les anciens pactes défendaient. L’armée confédérée devait alors compter près de 40'000 hommes et une soixantaine de canons. L’institution d’un Conseil de guerre fédéral, organe central, stable et autorité militaire suprême aux pouvoirs politiques étendus (notamment pour ce qui concernaient les négociations avec l’étranger), assurait la cohésion et le respect du pacte. La différence capitale entre le Defensional de 1647 et sa version révisée de 1668 étant que la première ne s’appliquait qu’en temps de guerre ; la seconde convention devait être proclamée à nouveau chaque année. L’armée ainsi constituée devait, presque sans changements, demeurer telle jusqu’en 1848.

Avec le Défensional de 1668 il semblait bien qu’une ère nouvelle s’annonçait. Mais les pouvoirs du Conseil de guerre et l’usage actif qu’il en faisait ne plaisaient guère aux petits cantons, qui y voyaient un danger pour leur souveraineté. Dès octobre 1676 la Landsgemeinde de Schwyz dénonce le Defensional. Uri, Obwald, Zoug, Nidwald et les deux Appenzell firent de même dans les années qui suivirent. Glaris avait refusé dès le début de fournir plus de contingent que ce que prévoyait les anciens pactes. Le Valais et les Grisons ne se joignirent pas aux signataires du Defensional. En 1703, le Defensional ne groupait plus que Zurich, Berne, Lucerne, Bâle, Fribourg, Soleure, Schaffhouse, la partie protestante de Glaris et les trois alliés : Bienne, la ville et l’Abbé de St Gall. Le Defensional a pourtant survécu, du moins en tant que constitution militaire des grands cantons, unissant des Confédérés des deux confessions. Son efficacité fut mis à l’épreuve à plusieurs reprises, on peut en compter sept : deux intrusions durant la guerre de Hollande (en 1674 par les Autrichiens et en 1678 par les Français), plusieurs durant la guerre de succession d’Espagne (1702, 1709 et 1710), une durant la guerre pour la succession de la Pologne. Les troupes fédérales arrivèrent généralement bien après le passage des troupes étrangères et ne restèrent généralement que peu de temps en place, de sorte que les violations de frontières se répétèrent, démontrant à chaque fois l’efficacité limitée des armées suisses. Les états signataires du Defensional eurent à eux seuls à défendre les frontières. La situation fut sensiblement différente lors de la Révolution française. La Diète fit une déclaration de neutralité le 14 mai 1792 et envoya des renforts à Bâle, Genève et au Tessin. Tous les cantons de la Confédération (seul Glaris catholique refusa de fournir un contingent) participèrent cette fois à la défense commune. Cela n’empêchera cependant pas Napoléon d’imposer ses vues en Suisse.

Il est à remarquer que ce sont les cantons qui furent à l’origine de la Confédération, à l’origine de la liberté helvétique, qui refusèrent de se joindre d’abord à la nouvelle politique de défense. Sans eux, l’organisation militaire fédérale perdait son sens même, la centralisation des pouvoirs militaires en une autorité unique, soit le Conseil de guerre, se heurtait aux pactes et droits anciens que défendaient âprement ces cantons. L’évolution vers une forme moderne de défense du territoire semblait devoir rester pure hypothèse. Une fois de plus on constate que deux mondes se heurtent en Suisse : celui des défenseurs farouches des pactes anciens et celui des Etats aristocratiques en quête de revenus financiers pour accroître leur autorité. Les différences religieuses contribuant toujours à empêcher une union plus étroite des cantons suisses. Pire que cela, elles s’exaltèrent dans ce XVIIIe siècle naissant, provoquant le second affrontement de Villmergen.