A Glaris la Réforme continuait à progresser ; si ce canton passait du côté réformé, cela aurait affaibli la suprématie catholique à la Diète et provoquer une situation stratégique compliquée pour les cinq cantons. Ces derniers vont donc tout faire pour empêcher la Réforme de se propager. 

Ils pouvaient compter sur le landamman glaronais, Aegidius Tschudi, acquit à leur cause. Les deux partis confessionnels se préparaient à la guerre. Les cinq cantons cherchent des alliances à l’étranger ; devant l’échec de cette politique, un pacte cantonal permet un compromis en 1564. Les catholiques sont toujours moins nombreux dans le canton, dès 1623 Glaris sera désormais un État coupé en deux (chacun ayant un délégué à la Diète, des landsgemeinde séparées…)

Par la paix de Cateau-Cambrésis en 1559, le duc de Savoie a retrouvé ses territoires passés précédemment sous domination française. Le duc ne tarda pas à réclamer la possession de Genève et des territoires conquis par Berne Fribourg et le Valais en 1536. Les cinq cantons et Soleure vont conclure une alliance avec le duc : ils reconnaissaient au duc le titre de souverain dans les territoires occupés par leurs confédérés. 

Ayant obtenu le soutien de la France et de l’Espagne, le duc est dans une position confortable. Berne et le Valais ne vont pouvoir faire autrement que de lui rétrocéder une partie de leurs conquêtes. En 1565, les cinq cantons passent une alliance avec le pape Pie IV (le pape meurt l’année suivante, le pacte n’aura pas duré longtemps mais confirme la détermination des cinq cantons à préparer le terrain de la Contre-Réforme). Genève est de plus en plus isolée, elle à l’appui de son seul allié : Berne. Un terrain d’entente ne sera pas trouvé avec les autres cantons. En 1584, Zurich passe pourtant une combourgeoisie avec la ville réformée.

A Appenzell seul le chef-lieu, Appenzell, et les Rhodes-Intérieures comptent une majorité de catholique. La tolérance de mise à l’égard des minorités religieuse va s’effacer devant la Contre-Réforme, les catholiques des Rhodes-Intérieures vont contraindre les minorités protestantes de leurs paroisses à la conversion ou à l’exode. Les Rhodes-Extérieures vont à leur tour éliminer les minorités catholiques. Le partage du canton est adopté en 1597. Les biens de l’État sont partagés, de même que les voix à la Diète.