Les hostilités avaient coûté 1300 hommes aux cantons réformés ; la majorité des victimes était zurichoise. La situation provoqua une crise importante dans la ville. Zwingli était tombé au champ d’honneur, la Réforme chancelait, la confiance en la classe politique était fortement ébranlée et l’Etat très endetté. 

C’est grâce à Léon Jud, ami et collaborateur de Zwingli, que le retour au catholicisme ne se fit pas. Diverses réformes politiques furent entreprises par les Conseils. Dans les années suivantes les cantons se consacrèrent surtout à l’administration de leurs possessions et à l’extension de celles-ci, une extension qui était refusée aux cantons vainqueurs de part leur situation géographique. 

Berne, Fribourg et le Valais vont conquérir les états savoyards et se partager le comté de Gruyère. La stabilisation du rapport des forces entre les partis confessionnels se répercute notamment sur les relations des Confédérés avec l’étranger. Lorsque éclate, en 1546, la guerre de religion dans l’Empire, les cantons décident de rester entièrement neutre. Ainsi lorsque Berne propose une intervention pour soutenir Constance, assiégée par les troupes impériales, les Bernois ne sont pas soutenus. Constance est définitivement perdue pour la Suisse.

Par contre, dans les années 1550, les cantons alliés d’Henri II participent activement à la guerre que le roi de France livre aux Habsbourg (par enrôlement de mercenaires et surtout par prêt d’argent). Catholiques et réformés contribuent pareillement à ce financement. 

Pendant près de 30 ans il a donc été possible de résoudre les problèmes internes à la Confédération de manière pacifique, en recourant notamment à l’arbitrage. L’essor économique, dans ces années là, n’est, semble-t-il, pas étranger à cette atténuation des conflits. Mais les Concile de Trente, l’instauration de la Contre-Réforme et la dégradation de la situation économique vont provoquer une nouvelle aggravation des conflits politiques. Les cantons catholiques entendent profiter de leur supériorité numérique à la Diète pour ne plus reculer et même pour reconquérir des territoires passés à la Réforme.