Les alliances se précisaient de part et d’autre, notamment en faisant appel aux puissances étrangères. Ainsi Zurich, Berne et Constance formèrent la Combourgeoisie chrétienne ; alors que les cantons catholiques se rapprochaient de l’archiduc Ferdinand d’Autriche et formaient l’Alliance chrétienne. Toutes les deux étaient des alliances défensives.

Dans les bailliages communs le conflit religieux n’était pas encore tranché. Comme les baillis et les commandants militaires étaient désignés à tour de rôle par les co souverains, les territoires se trouvaient placés alternativement sous l’égide des catholiques et des protestants. Après qu’un pasteur protestant soit brûlé vif à Schwytz, la situation s’envenime. 

Zurich déploie un effectif de 4000 hommes environ à Kappel et déclare la guerre aux cinq cantons. La guerre, grâce à la médiation des autres cantons confédérés, n’a cependant pas lieu. La première paix de Kappel est signée en 1529. L’alliance catholique avec l’Autriche est dissoute, et, menacés d’un blocus économique, les cinq cantons doivent payer une indemnité de guerre. Mais le conflit n’est pas résolu, il est seulement différé et se poursuit sous forme d’une guerre froide. 

Divers événements et provocations d’un côté et de l’autre poussent à une véritable guerre économique. Les cantons catholiques sont menacés de famine, ils doivent choisir entre capituler ou forcer le blocus économique par les armes. Les cinq cantons passent à l’attaque, ils gagnent les batailles décisives en 1531. Grâce à la médiation des États confédérés neutre, les cinq cantons n’abusent pas de leur victoire. 

Cette deuxième paix nationale annule les traités de combourgeoisie des réformés. Chaque camps s’engagent à respecter les opinions religieuses de l’autre. Contrairement aux minorités protestantes, les minorités catholiques obtiennent le droit de demander l’instauration de leur propre culte, ceci entraîne le rétablissement du catholicisme dans plusieurs régions.

Dans les négociations d’après-guerre, les cantons catholiques se sont bornés à réclamer des avantages qui garantissaient leurs liaisons avec l’Europe catholique, leur évitant d’être encerclés par des territoires réformés et rendant impossible un nouveau blocus économique.