Depuis fin 1520, Zwingli s’est imposé comme le chef de file de la Réforme en Suisse. De nombreuses voix à l’étranger (évêque de Constance, Diète impériale, légat du Pape…) demandent à la Diète fédérale de protéger le catholicisme et de réprimer la doctrine luthérienne. En 1522, la Diète invite tous les cantons à interdire la prédication de la « nouvelle doctrine ». 

Après la deuxième dispute de Zurich, en 1524, les cantons exhortent Zurich à ne pas s’isoler de la Confédération en continuant à suivre la voie réformée. Mais Zurich ne se laisse pas détourner de la voie dans laquelle elle s’est engagée. Les cantons sont divisés en ce qui concerne l’attitude à avoir face aux Zurichois. Une partie souhaite négocier à l’amiable (Berne, Bâle, Glaris, Soleure et Schaffhouse) tandis qu’une autre partie (Lucerne, Uri, Schwytz, Unterwald et Zoug) veulent absolument extirper de leurs territoires les mouvements luthériens et zwingliens. Ces cantons vont devenir, avec la politisation de la question religieuse, le noyau dur du front catholique. 

Zurich s’est déjà distinguée des autres cantons en refusant de signer la capitulation militaire avec la France (fermeture du marché des mercenaires). Le « commerce » du mercenariat était, dans les 5 cantons catholiques précités, une nécessité économique. A la lumière de ce facteur économique, on comprend mieux le caractère populaire de l’opposition qui se dresse contre les prédications de Zwingli.

Les cantons catholiques menacent de ne plus siéger à la Diète avec Zurich et de pénétrer dans les bailliages zurichois pour en déloger les « zwingliens », ce qui était en totale violation du Convenant de Stans de 1481. Du côté catholique on espérait qu’une telle attitude déciderait les Bernois à opter pour le catholicisme. Mais lorsque les gens d’Unterwald et d’Uri passèrent à l’attaque dans l’Oberland bernois, Berne sut se défendre efficacement et pencherait désormais du côté zurichois. 

Berne, Bâle et Schaffhouse, de 1526 à 1529, passent donc petit à petit à la Réforme. Glaris et Appenzell deviennent biconfessionnels. Les blocs sont maintenant constitués. A la Diète se font face 7 cantons catholiques et quatre cantons évangéliques ; entre eux, deux Etats biconfessionnels. Il est clair que cette situation pour le moins explosive mettait en cause l’existence même de la Confédération.

Les deux camps ne réussirent notamment plus à se mettre d’accord sur le renouvellement des pactes (les protestants refusaient d’invoquer les Saints et les catholiques exigeaient que cela soit fait). Désormais les cantons siègeront dans des diètes séparées : à Lucerne pour les catholiques, à Aarau pour les protestants.