Le soulèvement du peuple d’Appenzell ne fut pas heureux en ses débuts, malgré quelques succès locaux. En effet, d’une part l’abbé de St Gall venait de reconduire une paix pour vingt ans avec l’Autriche (1402), d’autre part les villes souabes proposèrent une médiation plutôt que de se joindre aux paysans : la sécurité du trafic et des avantages commerciaux exigeait impérieusement le maintien de la paix. 

Mais les Appenzellois trouvant l’appui des Schwytzois (les autres cantons se dérobèrent), ils décidèrent de continuer la protestation. Un traité de combourgeoisie fut passé avec Schwytz en 1403.

L’armée hâtivement rassemblée du couvent et de la ville de St Gall ne fit pas le poids face aux vaillants montagnards (Vögelinsegg, mai 1403). La paix fut accordée par les révolutionnaires en avril 1403 aux villes souabes et à St Gall en particulier. Cependant la suite allait se compliquer. 

Frédéric IV se sentit, en tant qu’allié de l’abbé, obligé d’intervenir (c’est surtout le caractère social de l’affrontement qui le motiva). L’armée autrichienne subit l’écrasante défaite du Stoss en juin 1405. Bientôt, enivrés par leurs succès, les rebelles créèrent une ligue dite « au-dessus du lac ». Environ 67 forteresses furent prises ou rasées ; la Thurgovie entière fut conquise d’un seul revers. 

Frédéric IV, à bout de souffle, fut contraint de signer le 6 juillet 1406, un armistice. Mais bientôt, à l’initiative de la ville de Constance, toute la noblesse, de la Souabe à la Haute-Bavière, regroupa ses forces en un sursaut de l’esprit de classe. En 1408 les Appenzellois et les Schwytzois furent défaits. Le torrent de la rébellion retrouva son lit aussi vite qu’il en était sorti. 

La Thurgovie fut à nouveau placée sous la domination autrichienne. Les Appenzellois, inexpugnables dans leur réduit, n’en maintenaient pas moins une autonomie de fait. En 1411 une combourgeoisie fut signée avec 7 cantons suisses (Berne reste à l’écart), les Appenzellois se retrouvaient sous la tutelle stricte des Confédérés en matière de politique extérieure. Les montagnards étaient arrachés à l’influence exclusive de Schwytz (ce qui arrangeait bien Zurich qui craignait pour ses voies de communication). 

La paix de Constance de 1429 mit fin aux hostilités entre les montagnards et l’abbé de St Gall. Les péripéties du soulèvement appenzellois, durant trente ans, ont tenu en haleine Confédérés, Habsbourg et Toggenbourg. Malgré son extension initiale, seul Appenzell et la ville de St Gall se trouvèrent inclus dans l’alliance fédérale (1411-1412).