En Suisse occidentale, dans la zone d’influence des comtes de Savoie, la situation est bien différente que dans l’aire de la Confédération naissante. Nous ne retrouvons pas un système de pactes soigneusement élaborés, mais des conflits de type féodal. Des luttes sanglantes déchirent les familles genevoises, Sion est soumise au pillage à plusieurs reprise, Antoine de la Tour se venge sur le vieil évêque Tavel qu’il précipite du haut des remparts de son château de la Soie près de Savièse…

Dans le Pays de Vaud, comme dans leurs autres possessions, les Savoie avaient commencé à organiser l’administration selon le système des châtellenies. La ville de Genève se trouvait au beau milieu des terres ancestrales des Savoie et de leurs possession dans le Pays de Vaud. Cependant, l’évêque s’était réconcilié avec le comte de Genève en 1219 et l’autorité qu’il exerçait était incontestable.

 En 1263, pour affaiblir le pouvoir épiscopal, le comte de Savoie s’allie avec la bourgeoisie ; c’est donc sous l’égide du comte que se développa à Genève le mouvement communal qui devait finir par l’emporter sur l’évêque en 1309. L’émancipation politique de la bourgeoisie est une des caractéristiques de cette époque à Genève, mais la mainmise du comte de Savoie sur la ville et sa région en est une autre.

Le plus haut point de la lutte entre le comte de Savoie (et ses vassaux et partisans urbains) et les comtes de Genève, les évêques et leurs vassaux se situe en 1285, sous Amédée V, avec l’occupation de la ville et l’instauration d’un gouvernement bourgeois. En 1287, le pont du Rhône est contrôlé par les Savoyards (prise du château de l’Ile).

En 1355, la situation était résolument à l’avantage des Savoie, les comtes de Genève étaient à leur merci. En ville de Genève, des conflits sanglants mettaient aux prises les partisans des Savoyard (conduit par la famille Tavel) et ceux de l’évêque (lutte de 1356 à 1358). 

Mais la puissance toujours accrue du comte de Savoie se mit à inquiéter la bourgeoisie qui passa bientôt du côté de l’évêque (entente qui se concrétise par la charte de franchise donnée à la ville par l’évêque Adhémar Favre (Fabri) en 1387). La ville se trouvait donc encerclée par les possessions Savoyardes, c’est l’évolution de la situation au XIVe siècle qui poussera, au XVIe, l’alliance de Genève à la Confédération.