Sans remonter à des origines mythiques, on peut admettre que la famille descendait du duc d’Alsace Etichon et qu’elle s’établit, vers l’an 1000 en Suisse alémanique. En 1020, un membre de la famille, l'évêque Werner de Strasbourg, construisit le château de Habsbourg en Argovie (château de l’Epervier (Habichtsburg, dans le canton d’Aarau)). Au XIe siècle, cette famille ne possédait, à part ses terres en Alsace, que de biens forts modestes. Mais lors des successions des Lenzbourg et des Zähringen (1173 et 1218), elle avait eu la faveur du souverain Hohenstaufen Frédéric Ier (pour qui elle combattait). Les Habsbourg venaient d'Alsace et du Brisgau. Durant le Xe siècle, ils avaient peu à peu étendu leur domaine dans la Suisse actuelle.  Le roi Rodolphe avait été un partisan fidèle de Frédéric II; il était parvenu, par des moyens discutables, autant que par des moyens légaux et surtout grâce à l'héritage des Kybourg qui lui était échu, à étendre sa domination sur la plus grande partie de la Suisse actuelle. En plus de son patrimoine d'Alsace et d'Argovie, il possédait des droits comtaux dans le Sundgau, l'Argovie, la Thurgovie, le territoire zurichois; enfin, il remporta un succès inappréciable lorsque, dans les premières années de son règne, il soumit la Bohême.

Les charges qu’elle reçu lui ouvrèrent alors la Suisse centrale. A la mort du dernier Kybourg, en 1264, Rodolphe (1218-1291) fit main basse sur l’héritage. Pierre de Savoie fut pris de vitesse et ne put que sauvegarder ses possessions vaudoises (après avoir pris les armes contre les Habsbourg). La première préoccupation de Rodolphe fut d’établir des voies de communication entre ses possessions alsaciennes et transjuranes : il fallait donc annexer Bâle ! La dispute éclata mais n’eut pas de suite car, en 1273, Rodolphe fut élu roi d’Allemagne. Autorisés par le pape, les princes-électeurs procédèrent donc à une élection en 1273. En effet, le pape avait besoin d'un empereur qui fît contrepoids à la puissance du roi de France, devenue plus redoutable que ne l'avait été celle des Hohenstaufen. L'élu fut le comte Rodolphe de Habsbourg. Il était de petite noblesse et disposait d'une puissance et de moyens très inférieurs à ceux des princes de l'empire, mais cela ne durerait pas.

A l’est de la Suisse allait donc s’établir une puissance familiale immense. Les Habsbourg connurent cependant une éclipse politique jusqu’au XVe siècle, période au cours de laquelle ils s’enracinèrent profondément dans la terre d’Autriche, en attendant des destins plus brillants.