L’hérésie albigeoise, aussi nommée catharisme (venant du grec et signifiant pur), ne fut pas une religion chrétienne mais une religion dualiste, distinguant le bien et le mal, issue du manichéisme, une doctrine du III siècle. Elle s’apparente à des mouvements de même type en Orient et dans les Balkans (les Bogomiles ; bien que l’on ne sache pas si ce n’est qu’un simple jeu de mot entre Albigeois et Albanais, très proche en latin, qui impliqua ce rapprochement) ou encore en Italie du Nord. Cette religion se répandit au cours du XII siècle, c’est d’abord au travers des croisades que cette diffusion se fit mais déjà en 1176, à Saint-Félix de Caraman, près de Toulouse, un concile avait précisé l’organisation du culte et l’organisation d’une véritable Église cathare. Des réformateurs catholiques, adeptes de la pauvreté, les Vaudois, qui furent déclarés hérétiques par la papauté en 1184, prirent aussi de l’importance dans ces régions et, bien qu’ils fussent très hostiles aux cathares et qu’ils auraient fallu les en distinguer soigneusement, l’Église eut de plus en plus tendance à les considérer comme étant de la même religion, ou du moins du même bord. Il existe de véritables missionnaires de la religion cathare, comme Nicétas de Constantinople par exemple. En France c’est particulièrement le Languedoc qui est touché par le catharisme ; ses principaux centres furent Albi, d’où le nom d’hérésie albigeoise, bien que ce ne fut pas le principal centre de l’hérésie, Béziers, Carcassonne et surtout Toulouse. Les cathares rejetaient les enseignements et le clergé catholique, ils ne pratiquaient pas la messe ni les sacrements. Ils exécutaient une sorte de baptême, le consolamentum, destinés aux « parfaits », certains croyants, qui se devaient alors de mener une vie exemplaire. C’est sûrement en réaction au faste de l’église catholique que l’hérésie albigeoise développa une morale très stricte, par cet aspect elle séduit plus d’un adepte ; par exemple le comte de Toulouse Raimond VI, qui entraîna avec lui ses vassaux.

Pour les sources de l’appellation « albigeois » notons que dès 1146, Geoffroy d’Auxerre signale que le populus civitatis albigensis  est infesté par l’hérésie. Le concile de Tours en 1163 parle aussi des hérétiques albigeois et en 1183, Geoffroy de Vigeois nomme albigeois les hérétiques combattus en 1181 par le légat Henri cardinal d’Albano, alors abbé de Clairvaux, qui en 1181 avait conduit contre la ville de Lavaur une expédition militaire sans lendemain.  Et dans le prologue de sa chronique écrite entre 1250 en 1275, Guillaume de Puylaurens dit que son œuvre est «l’histoire de l’affaire vulgairement appelée albigeoise par les Français, car elle a eu pour théâtre la Narbonnaise et les diocèses de Narbonne, Albi, Rodez, Cahors et Agen».

Les premiers moyens utilisés par l’Eglise pour faire céder les hérétiques furent pacifiques mais n’eurent aucun succès. Le pape, ne pouvant se tourner vers Philippe Auguste retenu par ses luttes contre les  rois anglais, espéra alors trouver en la personne de Raimond VI un allié pour mâter les hérétiques, il se trompa lourdement puisqu’en 1207 Raimond fut excommunié pour avoir refuser de rejoindre le camp de ceux qui lutteraient contre les cathares. Innocent III décréta alors que l’Eglise n’était plus obligée de recourir au bras séculier pour mâter l’hérésie d’une région et s’arrogeait le droit de distribuer les terres conquises aux conquérants (cette méthode pris le nom aux 16-17 siècles d’ « exposition en proie »), la croisade prenait forme… Le 15 janvier 1208, après une entrevue avec Raimond VI, le légat Pierre de Castelnau fut assassiné par un écuyer du comte de Toulouse; rien ne prouvait que Raimond eut un rapport direct avec l’assassinat mais le 10 mars 1208 Innocent III prêcha la croisade contre les Albigeois ; devant le danger Raimond VI se soumit le 18 juin 1209 et rejoignit le camp du pape. C’est Simon de Montfort, petit seigneur d’Île-de-France, qui allait mener l’expédition, son armée était composée surtout de barons du Nord, avides en nouvelles terres, mais aussi de nombreux éléments étrangers.

La croisade commença par un coup exemplaire: le 22 juillet 1209 la prise et la destruction de Béziers suivie du massacre d’une partie de ses habitants ; le 15 août Carcassonne capitulait. En 1212 un ultimatum était envoyé à Raimond VI, ce dernier refusa les exigences des légats. Une nouvelle armée menée par Simon de Montfort vint le battre lors de plusieurs batailles. Entre alors en jeu Pierre II d’Aragon, vassal du Saint-Siège, et dont la réputation de pourfendeur d’hérétiques le précède ; il répond à l’appel à l’aide lancé par le comte de Toulouse et obtint d’Innocent III la condamnation des abus des croisés de Simon de Montfort. Mais tout allait se finir comme on pouvait le prévoir : Pierre II prit les armes et affronta Simon de Montfort à Muret le 12 septembre 1213. L’armée aragonaise fut mise en déroute et Pierre II tué ; cette victoire faisait basculer le Languedoc vers la France: il ne serait pas espagnol. Mais Raimond VI ne s’était toujours pas soumis et Simon obtint en 1215 la déchéance du comte et l’obtention de toutes ses terres. Mais les Toulousains se révoltèrent aux côtés de Raimond ; au cours du siège de la ville, le 25 juin 1218, Simon de Montfort fut tué par une pierre lancée du haut des murailles par une habitante de la ville. Ce fut la débandade pour les croisés, Raimond VI allait mourir à son tour laissant à son fils, Raimond VII, le soin de reconquérir sur le fils de Simon de Montfort tous ses états.

C’est alors que le fils de Philippe Auguste, le roi de France, Louis VIII, qui après avoir repris le Poitou aux anglais en 1224 se tourna vers le midi et, dès 1226, prit la relève et poursuivit la croisade. Louis VIII ne règnera pas longtemps mais soumettra le Languedoc (c’est en rentrant de cette conquête qu’il mourut) dont il annexa une partie au domaine royal et promit l’autre à son fils Alphonse au traité de Meaux en 1229. Raimond VII conservait le comté de Toulouse et le Lauragais, mais, après sa mort, ces terres devaient revenir à Alphonse, le frère du jeune roi Louis IX ( qui était alors enfant et sous la régence de Blanche de Castille). Les terres du comte tombèrent en 1271 sous la suzeraineté royale ; comme l’avait prévu le traité de Meaux.

1230-1244 : la résistance du château de Montségur

Dès 1229, la lutte de l’Église contre les hérétiques prit la forme d’une Inquisition, elle fut organisée par le pape Grégoire IX en 1233 et confiée aux ordres mendiants. Il y eut alors une résistance clandestine des villes, et les Toulousains expulsèrent même les Dominicains de la ville. Mais le comte constatant la puissance du roi Saint Louis se soumit et persécuta aussi les hérétiques. Un millier de cathares se réfugièrent alors dans le château de Montségur, ils résistèrent près d’un an, du 13 mai 1243 au 14 mars 1244. Deux cents hommes et femmes ayant refusés d’abjurer le catharisme y furent brûler le 16 mars 1244. Après la prise du château de Montségur en 1244, les Albigeois furent définitivement vaincus.

L’importance de cette croisade vient peut-être d’abord du fait qu’elle est la première contre des hérétiques à l’intérieur de la chrétienté, mais au-delà de cela elle eut un grand retentissement pour l’avenir de l’unité française : le rattachement du Midi au Nord (qui étaient alors différents à bien des points de vues). Pourtant l’analyse de la croisade ne recueille pas l’unanimité des avis chez les historiens, sur le fond ils sont d’accord mais sur la forme des problèmes persistent : quelles furent les réelles intentions des croisés ? motivations économiques ou ferveur religieuse. A quel niveau les différentes catégories sociales luttèrent-elles contre les croisés ? une importante partie de l’aristocratie laïque – par haine de l’Église et par souci de ne pas se couper de ses sujets, et en particulier de la bourgeoisie urbaine – ainsi que des clercs gagnés à la doctrine hérétique ou indignés par le comportement du haut clergé, des bourgeois nouveaux riches surtout et des artisans urbains ou ruraux, ont fourni à la résistance à la croisade des contingents importants. Mais la participation à la résistance semble avoir été faible du côté des couches inférieures de la société, autant urbaine que rurale. Enfin, le comportement des croisés, même s’il ne dépassa pas en cruauté les mœurs de l’époque, fut toutefois impressionnant par la quantité des victimes.

On peut tenter une explication de la défaite des cathares et plus largement des Méridionaux : à aucun moment ils ne mirent de côté leurs querelles intestines (politiques, sociales, religieuses). Il y a aussi un aspect psychologique que doivent supporter les Méridionaux : la croisade est un événement majeur dans cette civilisation chrétienne, un événement impressionnant. De plus la religion cathare interdisait le recours à la violence, ce qui n’est pas idéal pour se défendre contre une armée de croisés… Il faut encore ajouter à cela que la féodalité du Midi était à coup sûr trop lâche pour encadrer la société comme le faisait la féodalité du Nord.

Pour conclure soulignons que la croisade contre les Albigeois fut une véritable perversion de l’idéal de la croisade auquel il faut encore ajouter l’antisémitisme importé par les croisés dans le Midi et les abus de l’Inquisition qui la prolongea. Tous ces facteurs jetèrent le discrédit sur la chrétienté. Ce discrédit contribua à saper l’unité morale d’un monde où l’évolution historique tendait à constituer de plus grands ensembles nationaux, mais au détriment de l’unité chrétienne.