Lothaire de Supplinbourg fit pour son gendre, Henri le Superbe, le duc de Bavière, ce qu'il aurait fait pour son fils s'il en avait eu un. Il lui donna le duché de Saxe et les biens de la comtesse Mathilde en Italie centrale. Ainsi celui dont l'empereur souhaitait faire son successeur aurait été le maître d'un ensemble de territoires allant de la mer Baltique à la Méditerranée. Mais ce fut Conrad de Staufen qui profita de l’assurance excessive de Henri le Superbe. Il prit tout le monde de court en se faisant couronner par le légat du pape, les électeurs confirmèrent alors son élection. S'ils avaient pensé servir la paix en acceptant d'avoir été pris de court, ils s'étaient trompés. La famille à laquelle appartenait le perdant, les Welf, n'était pas de celles qui se résignent facilement.

On parut avoir oublié que la mère du nouvel élu Conrad III (1138-1152) était franconienne. Seul, Henri refusa de lui rendre hommage. Conrad prit la Saxe qu'il céda à Albert l'Ours, et, comme Henri le Superbe (ou le Fier) voulait s'y opposer, il le mit au ban de l'empire; il lui prit aussi la Bavière, que reçut le margrave d'Autriche, Léopold de Babenberg. Une terrible rivalité divisa les deux partis. A la vérité, Henri mourut subitement l'année suivante (1139), mais la lutte continua. Les Staufen comme les Welf avaient la couronne à la portée de la main ; maintenant qu'ils la tenaient, ils ne la laisseraient pas échapper. Entre ces deux lignages commença donc en 1138 une lutte inexpiable ; elle devait agiter l'empire pendant un demi-siècle. A la mort d’Henri le Superbe, son frère, Welf VI, reprit la lutte on l'a vu. Henri, fils d’Henri le Superbe et futur Henri le Lion, se joint à son oncle.

En écartant du pouvoir les Welf, auxquels Lothaire III avait si largement ouvert la route qui y menait, Conrad III n'avait donc pas interrompu complètement l'oeuvre de restauration que la crise de l'empire ébranlé par la querelle des investitures rendait indispensable. Il en avait surtout déplacé la responsabilité d'une dynastie sur une autre, la sienne, celle des Staufen.

C'est au siège de la forteresse welf de Weinsberg que doivent avoir retenti pour la première fois les cris de « Sus aux Welf ! Sus aux Waiblingen ! » (Waiblingen est le nom d'un château que les Hohenstaufen possédaient en Souabe.) Les Italiens, à leur tour, partagèrent leurs sympathies entre les deux partis rivaux; dans leurs bouches, les noms de Welf et de Waiblingen se modifièrent et prirent la forme « Guelfe et Gibelin ». Henri le Lion réclama la Saxe et Albert l'Ours fut contraint de se retirer dans ses anciennes possessions; mais la Bavière resta aux mains de la famille des Babenberg à laquelle un grand avenir était réservé. Léopold était mort en 1138, son frère Henri lui avait succédé; il épousa Gertrude, veuve d'Henri le Fier. Dans les dernières années du pontificat d'Innocent II (mort en 1133), les Romains firent de leur ville une république, administrée par un conseil qui se donna orgueilleusement le nom de Sénat. Ils relevèrent le Capitole de ses ruines et prétendirent faire partir de cet événement une ère nouvelle. Enfin, ils élevèrent à la dignité de « patrice romain » un frère d'Anaclet, Jordanus, Pier Leoni.

Sous le pontificat de Lucien II (1144-1145), la révolution devint sanglante. Après avoir inutilement sollicité l'assistance de l'empereur, le pape se décida à commander en personne le siège du Capitole. Il mourut peu après, probablement des suites d'une blessure reçue à cette bataille. Une vague de rébellion submergeait l'Italie; elle était la manifestation de l'esprit laïque s'opposant au clergé, de l'esprit bourgeois s'opposant à l'aristocratie. Une certaine mentalité nationale romano-italienne s'éveillait qui, de façon très nette, s'en prenait à l'Empire d'Allemagne. D'anciennes formes de la vie romaine furent remises en honneur et l'on rétablit le vieux droit romain dont, à l'occasion, l'empereur lui-même se réclama; mais, tandis qu'il y cherchait l'affermissement de son pouvoir, les communes italiennes en faisaient état pour légitimer leurs ambitions républicaines. La révolution romaine trouva un orateur en la personne de l'éloquent Arnaud de Brescia. Il sortait des rangs des Pataria, avait étudié à Paris, auprès d'Abélard, puis il avait été à Brescia aumônier et proviseur d'une institution fondée par des chanoines. Sa réputation était due à la pureté de ses moeurs, à la noblesse de son idéal, à son esprit de pauvreté. Ses assauts contre la sensualité des ecclésiastiques mondains se justifiaient en grande partie; mais quand il voulut arracher au clergé ses droits régaliens et ses propriétés, il se montra hérésiarque et révolutionnaire. A l'entendre, le clergé devait renoncer à toute propriété, les évêques à tout droit régalien, les moines à toute possession, s'ils voulaient s'assurer le bonheur éternel. Toutes ces choses appartiennent aux princes qui ne doivent en pourvoir que des laïques, disait-il. Ces idées fanatisaient la bourgeoisie romaine. Innocent Il le fit condamner et excommunier par le concile de Latran en 1139. Il se réfugia en France auprès de son maître Abélard, puis à Zurich, enfin en Bohême, censuré par Bernard de Clairvaux, qui l'estimait incapable d'amendement, jusqu'à ce qu'il vînt se jeter aux pieds du pape Eugène III, en lui offrant sa soumission. Mais, peu de temps après, la révolte contre ce pape grondait derechef, et il s'en fit le prédicateur. Du haut du Capitole, il fulminait contre le souverain pontife et les cardinaux. Le but que la révolution cherchait était rien moins que la séparation de l'Eglise et de l'Etat, la renonciation du pape à tout pouvoir temporel, sa subordination au pouvoir civil. Le Sénat romain invita même l'empereur à choisir Rome pour sa résidence impériale.