La première séance du Comité français de Libération nationale (C.F.L.N.), créé le 3 juin 1943, eut lieu le 4 juin à Alger, sous la coprésidence du général de Gaulle, représentant les Français de Londres, et du général Giraud, représentant ceux d’Alger. Il comportait cinq membres: général Catroux, général Georges, Massigli, Monnet, Philip. Le 7, il sera complété avec Abadie, Couve de Murville et René Mayer, présentés par Giraud, et André Diethelm, René Pleven, Adrien Tixier et Henri Bonnet, présentés par de Gaulle. Au cours des cinq mois de coprésidence, l’influence du général Giraud va décliner au profit de celle du général de Gaulle. Giraud était au 4 juin 1943 «combattant civil et militaire» de l’Empire, rentré dans la lutte contre l’Allemagne nazie. Sa réputation de soldat était grande ainsi que sa popularité en Afrique du Nord. Il va jouer un rôle prépondérant dans la campagne victorieuse de Tunisie et dans la libération de la Corse, et l’armée française nouvelle sera en grande partie son œuvre. Peu soucieux de politique, il avait essayé de libéraliser le régime en Algérie en laissant en place les fonctionnaires du gouvernement de Vichy et en libérant les adversaires emprisonnés. Il bénéficie de l’appui de Roosevelt. De Gaulle jouit, quant à lui, du soutien de Churchill et, le 27 mai 1943, le Conseil national de la résistance, réuni par Jean Moulin à Paris, s’est prononcé en faveur d’une direction politique confiée au général de Gaulle.

D’emblée un vif conflit oppose les deux hommes sur la conception de leur rôle respectif. Le 3 août 1943, Giraud accepte le commandement en chef des forces françaises, ce qui tendait à l’éloigner de toutes fonctions politiques. Le 1er octobre, au terme de la libération de la Corse, le C.F.L.N. décrète qu’il n’y aura plus désormais qu’un seul président élu pour un an et rééligible. Le 9 novembre, le C.F.L.N. remanié n’a qu’un président: le général de Gaulle. Le 8 avril 1944, le général Giraud est privé de toutes responsabilités militaires. 

Sous l’impulsion du C.F.L.N., une politique d’épuration se fait jour en Afrique du Nord et frappe d’abord les représentants les plus élevés de l’administration civile et militaire. Le 10 août, le C.F.L.N. décide que Pucheu, ancien ministre de Vichy qui avait rallié Alger, sera jugé par un tribunal militaire. Il est condamné à mort et exécuté (mars 1944). Parmi les militaires aussi, une sourde rivalité oppose partisans du général de Gaulle et partisans de Giraud. L’amalgame se réalise lentement grâce à la mise sur pied d’un état-major commun, puis à la fusion du B.C.R.A. (Bureau central de renseignements et d’action), anciennement à Londres, et du S.R.C.E. (Service de recherche et de contre-espionnage). De Gaulle en fait une direction générale des services spéciaux dirigée par Jacques Soustelle. Le 3 novembre, le C.F.L.N. suscite la naissance d’un partenaire où dominent les représentants de la résistance intérieure: l’Assemblée consultative provisoire. 

Désormais le C.F.L.N. se comporte comme s’il était le gouvernement reconnu de la France. Il prévoit l’ensemble des sanctions qui frapperont les collaborateurs, à la libération du territoire métropolitain (de la suspension de fonctions à l’indignité nationale), et la création de juridictions exceptionnelles. Pendant la même période, le C.F.L.N., grâce notamment à Giraud obtient des Américains la formation de quatre divisions blindées (dont celle de Leclerc qui débarquera en Normandie) sur douze divisions françaises. Les corps expéditionnaires représentent 256 000 hommes. Celui d’Italie est confié au général Juin, et une deuxième armée est mise sur pied sous le commandement du général de Lattre de Tassigny qui doit débarquer en Provence. Développant une esquisse politique extérieure indépendante, le C.F.L.N. se proclame, le 26 mai 1944, gouvernement provisoire de la République française.