Une fois de plus, un souverain, Louis IV de Bavière, avait pu se constituer une puissance patrimoniale qui lui donnait la prépondérance dans l'empire et cela les princes ne l'acceptaient pas. Ils se montrèrent accessibles aux propositions des Luxembourg, qu'encourageait Clément VI, un ami de la famille. Le 11 juillet 1346, Charles, margrave de Moravie, le fils de Jean de Bohème, fut élu roi des Romains par son père, le duc de Saxe et les trois électeurs ecclésiastiques, en tête Baudouin de Trèves. La guerre civile allait-elle incendier de nouveau l'Allemagne ? Si les princes avaient peur de voir Louis les dominer et l'abandonnaient, que ferait le peuple des villes ? L'âme meurtrie par l'interminable interdit, accepterait-il d'obéir à Charles, qui n'était qu'un Pfaffenkoenig, un « roi des curés » ?

En 1346, personne ne savait que, cette fois, le destin rentrerait ses griffes et que l'avenir, au lieu de servir le pire, chargerait le nouvel élu de préparer le meilleur: la réforme de l'empire. Rien de plus naturel qu'une démarche en Avignon où régnait l'ancien précepteur de Charles, Clément VI; le candidat à l'empire promit d'annuler les mesures prises par son grand-père, Henri VII, et reconnut au Saint-Père le vicariat d'empire pendant la vacance du trône. Le 28 avril 1346, le pape invita les électeurs à remplacer Louis, ce qu'ils firent le 26 juillet suivant. Une étape était franchie, mais il restait du chemin à faire. En octobre 1354, accompagné de trois cents cavaliers seulement, il franchit les Alpes, reçut à Pavie le 6 janvier 1355 la couronne des Lombards, poursuivit sa route en évitant soigneusement de se mêler des affaires intérieures des cités ; il se contenta de nommer moyennant finances des vicaires d'empire. À Rome, après avoir prié comme un simple pèlerin dans les basiliques, il se fit couronner au Latran par le cardinal d'Ostie le jour de Pâques et repartit le soir même pour bien montrer qu'il ne considérait pas Rome comme sa capitale. Peu de temps après son séjour en Italie, l'empereur convoqua l'assemblée solennelle qui s'ouvrit à Nuremberg le 25 novembre 1355. Mettre de l'ordre dans les institutions et corriger les plus graves de leurs défauts, tel était le vaste programme que Charles fixa d'entrée de jeu aux participants, un programme dont une partie seulement put être réalisée ; encore les quelques semaines que dura cette diète ne suffirent-elles pas pour mettre au point tout ce qui avait été décidé ; les travaux reprirent à Metz où le jour de Noël 1356 l'ensemble des actes fut publié.

Il ne s'agissait de rien moins que d'un code impérial (Kaiserliches Rechtsbuch), appelé communément à partir du XVe siècle Bulle d'Or. Sur les trente et une clauses que contenait ce document capital, quatre seulement ne concernaient pas l'élection du roi des Romains: une définition de la Fehde, l'interdiction de créer des ligues urbaines et d'accorder le droit de bourgeoisie à des personnes n'habitant pas en ville, enfin la condamnation des péages illégaux. Tout le reste réglait minutieusement la désignation du souverain et le statut des princes constituant le corps électoral. Le premier problème qu'il importait de résoudre était celui du droit de vote. Personne ne le contestait aux archevêques de Trèves, de Cologne et de Mayence; on ne songeait pas non plus à le refuser au roi de Bohème, mais la maison de Saxe avait deux branches ; on retint celle des Wittenberg ; les Wittelsbach étaient comtes palatins du Rhin et ducs de Bavière ; les premiers seuls bénéficièrent de l'électorat ; enfin, l'aîné des deux frères qui détenaient le margraviat de Brandebourg fut choisi comme électeur. Afin d'éviter à l'avenir confusions et disputes, les électorats furent déclarés indivisibles ; ils seraient transmis par primogéniture en ligne directe ; en cas de minorité, l'oncle le plus âgé du prince voterait à sa place jusqu'à ce qu'il eût dix-huit ans. Si le lignage s'éteignait, l'empereur serait libre d'en désigner un autre à sa guise, sauf en Bohème, car le droit d'élire un nouveau monarque dans ce pays appartenait à ses états. Trouver des prétextes légaux à la désignation d'un anti-roi n'était plus possible. D'autre part, la dramatique histoire des relations entre le sacerdoce et l'empire était close. Le monarque qui avait été traité non sans raison de « créature des prêtres » avait choisi de régler le problème en ne le posant pas ; la Bulle passait sous silence l'approbation et la confirmation revendiquées par le souverain pontife, pas plus qu'elle n'évoquait le vicariat auquel le Saint-Siège prétendait pendant la vacance de l'empire. Le successeur de Louis de Bavière avait donc pris les mesures nécessaires pour que jamais plus l'interdit ne fût jeté sur ses États et qu'une fois pour toutes la querelle des « deux moitiés de Dieu » prît fin. Le rôle des électeurs n'était pas seulement confirmé, il était également élargi ; la Bulle d'Or en faisait les associés de l'empereur qui, une fois au moins par an, délibérait avec eux des affaires du royaume. De plus, ces « colonnes de l'empire » occupaient naturellement dans l'édifice politique une place privilégiée : les attaquer, c'était s'exposer aux peines prévues pour les crimes de lèse-majesté ; les électorats étaient dotés de prérogatives si larges qu'ils ressemblaient de près à des États souverains. Mais il était inévitable que les princes dont le statut n'avait pas été relevé par la Bulle d'Or fussent tentés d'acquérir eux aussi les privilèges accordés aux membres du corps électoral. Le gendre de Charles, Rodolphe de Habsbourg, ne tarderait pas à montrer l'exemple.

La Bulle d'Or avait incontestablement clarifié les choses. L'empire, qui depuis très longtemps évoluait en ce sens, était désormais un assemblage de principautés dotées à tout le moins d'une très large autonomie et dans sept cas d'une quasi-souveraineté ; l'empereur était en quelque sorte le président d'un organisme que les constitutionnalistes actuels appelleraient fédération. Mais quel était le rôle de ce président ? Veiller à l'unité de l'ensemble ? Certes. Conférer à l'action des princes qui, en droit, tenaient de lui leur pouvoir, la légitimité nécessaire ? Sans aucun doute. Ces missions pouvaient être accomplies sans grands efforts financiers, mais il en était d'autres qui, elles, étaient fort coûteuses. La paix publique était le souci tenaillant des faibles ; la Fehde n'était pas entièrement interdite ; limiter l'exercice de ce qui restait un droit demandait des moyens considérables ; la justice et la police ont toujours été très étroitement associées aux finances. Or, de finances l'empereur n'en avait que très peu, le rendement de ce qui restait du domaine était généralement médiocre ; les villes impériales seules procuraient au souverain des revenus appréciables ; elles ne pouvaient suffire à porter un fardeau que le développement des services administratifs et l'évolution des techniques militaires alourdissaient de plus en plus. Ces ressources évidemment insuffisantes tendaient à n'être qu'une peau de chagrin : elles étaient souvent données en gage aux créanciers qui avaient accepté de prêter à l'empereur l'argent dont il avait besoin. Dans ces conditions, il était impossible de créer les institutions sans lesquelles un souverain ne pouvait pas se faire obéir. Charles, qui avait eu sous les yeux le modèle français pendant son séjour parisien, savait ce qu'était un État digne de ce nom. Ce que Charles IV empereur ne pouvait pas mettre en chantier, Charles roi de Bohème s'efforcerait de le construire dans le pays qu'il considérait comme sa patrie ; il y avait les coudées franches.

Avoué de l'Église, le Pfaffenkoenig de naguère n'oubliait pas que ce titre comportait des devoirs. Avec le pape, il crut purger la chrétienté des grandes compagnies en les envoyant à la rencontre des Turcs ; ces croisés d'occasion n'allèrent que jusqu'en Alsace et la mirent en coupe réglée en 1365. Trois ans plus tard, il rejoignit Urbain V à Rome où ce pape avait l'intention de s'installer ; deux mois durant, les deux plus hautes autorités du monde chrétien donnèrent l'image d'une entente parfaite ; un revirement qui ne laissa pas de frapper les contemporains ; Canossa semblait loin ! Charles avait résolument tourné la page des terribles conflits qui avaient mis aux prises les « deux moitiés de Dieu » ; ce fin politique avait certainement senti que l'exil en Avignon affaiblissait la papauté et l'obligeait à mettre une sourdine à ses prétentions théocratiques ; le moment était venu de soustraire, sans éclats inutiles, la désignation de l'empereur à toute intervention de l'autorité pontificale. Une désignation réglée désormais de telle sorte qu'il n'y eût plus à l'avenir de ces élections contestées, génératrices de guerres civiles.

Le 1^er juin 1376, les électeurs se mirent d'accord pour élire le fils de Charles, Wenceslas. Ce fut alors le pape qui protesta, estimant que l'élection d'un fils du vivant de son père était un acte insolite ; il exigea du fils comme du père qu'ils prissent l'engagement de ne plus recourir dorénavant à cette procédure. Charles répondit de façon évasive ; le pape éleva le ton : qu'un roi fût sacré sans l'accord du souverain pontife était inadmissible. Cette sévère mercuriale eut le don d'irriter les électeurs qui confirmèrent leur vote et poussèrent au sacre de Wenceslas, qui fut couronné à Aix-la-Chapelle le 5 juillet; Charles s'efforça de calmer les esprits en Avignon ; Grégoire XI mourut avant d'avoir pu expédier les bulles d'approbation, au printemps 1378, à Rome où il venait de ramener la Curie. Rentré chez lui, l'empereur apprit, au cours de l'été 1378, que les cardinaux considéraient l'élection d'Urbain VI comme nulle ; il écrivit aussitôt à la reine de Naples et la pria de raisonner le Sacré Collège. Il mourut le 29 septembre avant que la nouvelle du schisme l'eût atteint ; sa piété sincère eût été blessée gravement s'il avait su que « la tunique sans couture » s'était déchirée et s'il avait pu prévoir qu'elle le resterait pendant près de quarante ans.

Jean de Paris prône la séparation des deux domaines et des deux offices. A la même date l'auteur anonyme de la Quaestio de potestate papae, traité davantage connu sous le titre de Rex pacificus, avance des idées encore plus fermes. Opposant dans une composition savante les arguments pour et contre la suprématie temporelle du pape, il affirme que, si l'unité de la société humaine, découlant de la création, est obligatoire, elle se réalise d'abord dans l'État, qui est le coeur du corps dont l'Église est l'âme et qui est donc l'organe de la vie par lequel vivent tous les membres. Marsile de Padoue dans texte Defensor pacis, souligne que sa préoccupation majeure est de déterminer les meilleurs moyens de faire régner ici-bas l'ordre et la paix. La pensée de Guillaume d’Occam s'élabore à partir d'une violente critique de l’Eglise d'Avignon, considérée comme une déformation de la véritable Église par suite de la tyrannie et de l'injustice des papes de ce temps et de certains pontifes de l'époque précédente, arbitrairement et faussement justifiées par quelques intellectuels et d'abord par les canonistes. La Papauté, pour Occam, s'est rendue coupable depuis plusieurs siècles en accaparant un pouvoir temporel qu'elle n'avait jamais reçu et auquel elle n'avait aucun droit.

A partir des années 1380, on semble moins s'intéresser, dans les milieux politiques et intellectuels, aux relations de l'Eglise et de l'État. La Papauté et le pouvoir ecclésiastique sont d'ailleurs affaiblis par le Grand Schisme qui divise la Chrétienté en deux obédiences à la suite de la double élection de 1378 et qui prend fin seulement avec la désignation de Martin V au concile de Constance en 1417. Cette déchirure de l'unité marque la mort de la Chrétienté médiévale, dont la notion avait déjà été bien altérée depuis le XIIIe siècle. La crise ecclésiastique profita donc aux rois qui parvinrent à limiter les possibilités d'intervention de la Papauté (fiscalité sur les clercs, justice) et même du clergé dans les affaires publiques et qui obtinrent à l'inverse de s'introduire dans certains secteurs du domaine ecclésiastique (contrôle de la désignation des évêques). Il apparaît clairement, au terme de cette étude, que, dans le dialogue entre les deux pouvoirs, c'est le plus souvent l'Église qui s'exprime sur elle-même et qui, pour le moins, inspire les propos sur l'Etat et sur les rapports de celui-ci avec elle.

L’argumentation, cependant, évolue au cours des siècles. Au tout début du Moyen Age, on a essayé, de part et d'autre, de déterminer les relations en les fondant sur le dualisme et sur la coopération des pouvoirs, tout en soulignant la spécificité et la valeur singulière du magistère ecclésiastique. A l'époque carolingienne, à l'inverse, la distinction des domaines ne parvient plus à être discernée clairement au niveau de la décision, du fait que l'on exalte le principe d'un gouvernement moral exercé en fonction de la loi chrétienne, tenue pour la référence fondamentale, soit, dans un premier temps, par l'empereur agissant en étroite collaboration avec les évêques dans un système césaropapiste qui conduit à la sacralisation du pouvoir politique, soit, dans un second temps, par l'Eglise servant de guide à ces pouvoirs. Dans la deuxième moitié du XIe siècle et au début du XlIe siècle, le pape, qui s'affirme comme l'autorité suprême et unique de l'Église, en tire qu'il a aussi pleine et unique autorité au temporel, cette première affirmation théocratique marginalisant le dualisme et tendant à désacraliser les offices civils. En revanche, sous l'effet des mutations culturelles, intellectuelles et politiques, la distinction des offices et la séparation des domaines reprennent vigueur au XIIe siècle. C'est en repensant et en exploitant ces données qu'Innocent III reconstitue la théorie théocratique en plaçant le pouvoir pontifical non seulement à la tête du spirituel selon la tradition née au XIe siècle, mais aussi au sommet du temporel sans prétendre toutefois que cette position soit intrinsèquement liée à son office religieux; il avance seulement que le pontife a deux souverainetés distinctes, ou encore une souveraineté unique qui s'accomplit par l'intermédiaire de deux offices distincts, l'un et l'autre créés par Dieu; il a le gouvernement plein et direct de l'un parce qu'il est le prêtre suprême, ce qui lui donne le contrôle moral et un droit d'intervention tout à fait exceptionnel sur l'autre, parce qu'il a reçu cette mission particulière de Dieu. Au XIIIe siècle, le très violent conflit entre le Sacerdoce et l'Empire conduit à une exaspération de la théocratie, dont l'exposé paraît mêler alors tous les arguments élaborés depuis le Xle siècle, encore que l'on décèle aussi une certaine volonté de modération afin de respecter le dualisme. Les nouveaux différends et débats du XIVe siècle font d'ailleurs ressurgir celui-ci au premier plan et permettent à des auteurs d'affirmer, parfois avec exaltation, les droits de l'État et du pouvoir politique.