Fils d’un maître de forges, Karl Canaris, de lointaine ascendance italienne, Wilhelm Canaris est le benjamin de trois enfants. Intelligent, vif d’esprit, espiègle, il fait ses études au lycée de Duisbourg, lit beaucoup, retient sans effort et apprend facilement les langues. Au début de la Première Guerre mondiale, il prend part au combat naval de Coronel, puis à celui des Falkland, désastreux pour la flotte allemande. L’équipage de son navire est interné au Chili. Canaris réussit à s’échapper, met huit mois pour parvenir à Buenos Aires, se fait passer pour un Chilien afin de regagner l’Allemagne, où il arrive au printemps 1916. La réussite d’un tel exploit incite ses chefs à le verser dans le Service des renseignements. 

Après quelques mois d’instruction, il est envoyé en Espagne où, sous une fausse identité, il organise un réseau destiné à surveiller le mouvement des navires alliés. Alors qu’il tente de rentrer en Allemagne par l’Italie, il est arrêté et incarcéré. Puis, il parvient à revenir en Espagne par mer. Après quelques mois, il est alors recueilli clandestinement par un sous-marin allemand venu le chercher en rade de Carthagène, en octobre 1917. Il demande à reprendre de l’activité, mais dans les sous-marins.  Après avoir suivi des cours de formation, il reçoit le commandement d’un U-Boot affecté à des opérations en Méditerranée. Au cours des années troublées qui suivent la défaite, il prend part à la lutte contre les spartakistes. Il est aussi impliqué à tort dans le meurtre de Karl Liebknecht et de Rosa Luxemburg et soupçonné d’avoir favorisé l’évasion de l’un des officiers condamnés. Le ministère de la Défense lui confie, plus tard, la création de milices patriotiques. Il est ensuite rapporteur de cette question à l’Assemblée nationale de la république de Weimar. Après cette brève intrusion dans le monde de la politique, il réintègre la Marine où il gravit normalement les échelons jusqu’en 1933. S’il n’approuve pas sans réserve la prise du pouvoir par Hitler, du moins espère-t-il que le nouveau chancelier sortira l’Allemagne du marasme, la soustraira à un coup de force communiste et redonnera à la flotte une place prépondérante.

C’est en janvier 1935 que son expérience d’agent secret le fait désigner pour prendre la direction de l’Abwehr (Service de renseignements de l’armée). Canaris rencontre fréquemment Hitler: ses qualités de diplomate discret, capable d’écouter, d’enregistrer, de retenir et d’exécuter, sont appréciées.  Dès 1938, année où il est promu vice-amiral, il comprend cependant que le Führer mène l’Allemagne à sa perte et s’entoure de collaborateurs hostiles au nazisme. Canaris est tourmenté par un grave conflit moral: doit-il donner sa démission? Si finalement il ne s’y résout pas, c’est pour éviter la mainmise de Heydrich sur l’Abwehr. Il est certain que son poste lui permet de protéger des personnalités antinazies, de favoriser et de soutenir les complots contre Hitler. On prétend même qu’il aurait pris des contacts avec les Alliés. Beaucoup de légendes ont couru sur sa personne, en raison de la complexité et du caractère secret de ses activités. Bien que, dès 1942, les dirigeants nazis l’aient tenu pour suspect, Canaris réussit à ne donner aucune prise à leurs attaques. Ce n’est qu’en février 1944 qu’il est relégué à l’état-major de la section de la guerre économique. Impliqué dans l’attentat du 20 juillet 1944 contre Hitler, il est arrêté, torturé et pendu au camp de concentration de Flossenburg, bien que la Gestapo n’ait pu lui arracher des aveux, ni trouver aucun document prouvant sa participation à la préparation du complot.