Boniface VIII, à qui les électeurs s'étaient contentés d'annoncer la désignation d'un souverain et s'étaient bien gardés de dire dans quelles circonstances la succession d'Adolphe de Nassau s'était ouverte, avait fini par apprendre la vérité ; furieux d'avoir été trompé, il fit une scène terrible aux représentants venus d'Allemagne ; la couronne impériale sur la tête, l'épée au côté, il hurla : « César, c'est moi ; c'est moi qui suis l'empereur ! » Qu'Albert Ier fût l'allié de Philippe le Bel n'était pas fait pour lui attirer la sympathie du pontife qui, en décembre 1301 dans la bulle Ausculta fili, avait enjoint au Très-Chrétien (Philippe le Bel) de venir à Rome où de graves accusations avaient été portées contre lui. Le roi des Romains tenait plus à la couronne impériale qu'à l'amitié de la France ; il consentit à prêter le serment que Boniface VIII exigea de lui, un serment qui rappelait fâcheusement celui que prononçaient les officiers pontificaux chargés d'administrer le patrimoine de Saint-Pierre. En plus, Albert dut promettre de ne pas désigner dans les cinq ans à venir un vicaire en Toscane sans l'accord du Saint-Siège et, bien entendu, de rompre ses liens avec Philippe le Bel. Humiliation que les historiens reprocheront sévèrement au roi des Romains plus tard. Humiliation sans lendemain, puisqu'elle était intervenue le 18 août 1303 ; le 7 septembre, les événements d'Anagni brisèrent les énergies vitales de Boniface, qui mourut le 11 octobre suivant. Pour Albert, tout était à recommencer.

Mais il fut assassiné dans un coup de folie, tout près du berceau de la dynastie, le château de Habsbourg, en mai 1308. Tout au cours de ces conflits et en d'autres occasions, Boniface VIII expose une doctrine qui apparaît pleinement théocratique et qu'il formule en des expressions fracassantes et exaltées. C'est ainsi que, les princes allemands ayant déposé Adolphe de Nassau et désigné à sa place comme roi de Germanie Albert d'Autriche, il leur adresse le 13 mai 1300 une lettre très ferme pour déclarer que c'est de l'Église romaine qu'ils tiennent leur privilège d'élire et que c'est parce qu'elle le veut bien qu'ils peuvent choisir un roi, car, en droit, la concession du pouvoir n'appartient qu'à elle. C'est là une prétention tout à fait contraire à la doctrine d'Innocent III et même d'Innocent IV et de ses successeurs qui, pendant le Grand Interrègne (1250-1273), n'ont jamais envisagé de désigner eux-mêmes le roi de Germanie empereur, mais se sont toujours adressés à ce sujet aux princes électeurs pour les inciter ou les freiner selon les circonstances. Tout cela exalte finalement la totale reductio ad unum et l'unique souveraineté du pontife romain, à partir d'une réflexion qui est moins dans la tradition d'Innocent IV que dans celle de la théocratie grégorienne et qui contient, comme celle-ci, une appréciation pessimiste de l'État, qui, s'il n'est pas intégré à l'Église, est une institution diabolique, oeuvre du Mal, et l'est donc en soi. Signalons encore la bulle Unam Sanctam (Avril 1302), laquelle est un résumé de la théocratie pontificale.