A la mort d’Adrien IV deux papes furent en compétition, Alexandre III et Victor IV. Barberousse endossa à son tour le rôle de Henri III à Sutri, convoqua en 1160 un concile à Pavie, qui se prononça pour Victor IV. Mais, en dehors de l'empire, cette décision resta presque sans écho : puisque tandis que l'Empire est officiellement victorin ainsi que la presque totalité des prélats allemands et, de bon gré ou par contrainte, un certain nombre d'italiens, la France, l'Angleterre, les royaumes ibériques, le royaume de Sicile, le royaume de Jérusalem sont alexandrins. En 1160, Alexandre III excommunie l'empereur et ses complices. A la mesure prise contre lui, Frédéric réagit par la force, achève de placer sous son emprise effective l'Italie et intervient dans le centre de la péninsule. Frédéric s'efforça de gagner à sa cause les autres souverains d'Occident, mais ses tentatives n'eurent que peu de succès ; Pascal III succédera à Victor IV. Alexandre III, que les Romains accusèrent de les avoir mis dans une situation difficile, dut s'enfuir, tant il était impopulaire. Frédéric réorganisa l'administration romaine, dont il investit le chef, le préfet, substituant ainsi l'autorité de l'empire à celle du pape. Enfin, le 1er août, son pape à lui, Pascal Ill, renouvela le couronnement qui avait déjà eu lieu en 1155. Une fois de plus, les Allemands étaient maîtres de Rome et leur chef pouvait à juste titre se proclamer empereur romain.  Au mois de mai, après la diète de Würzbourg, l'empereur exige des évêques allemands le serment de ne jamais se rallier à Alexandre ou à ses successeurs. A la fin de 1166, à la tête de son armée, il pénètre en Italie. Il atteint la capitale de la Chrétienté en 1167 et y installe son pape, après que son rival s'est enfui. Une fois de plus, ce triomphe fut sans lendemain. C'est alors qu'une terrible épidémie frappe ses troupes, transformant en déroute ce qui avait été jusque-là une des plus brillantes opérations politiques et militaires du siècle. Frédéric regagne l'Allemagne comme il peut. L'Italie lui échappe. En effet, les cités du nord se soulèvent aussitôt, aidées par le roi de Sicile. De leur association naît la Ligue lombarde, qui relève Milan, détruite quelques années plus tôt par les Allemands, et édifie une ville nouvelle à laquelle on donne en l'honneur de l'allié pontifical le nom d'Alexandrie. Un armistice est conclu à Montebello et de longues négociations s'engagent, au cours desquelles l'empereur tente de traiter seulement avec la Ligue. Elles échouent. Les hostilités reprennent: Frédéric est battu à Legnano (20 mai 1176). Dès lors, il est forcé de mettre fin à la guerre et au schisme. Des préliminaires de paix, arrêtés à Anagni, sont confirmés à Venise (juillet 1177). Barberousse reconnaît Alexandre comme pape légitime. Il est absous. Il conclut par ailleurs une trêve avec les Lombards et la Sicile. Le 24 juillet, le pape et l'empereur se réconcilièrent donc à Saint-Marc de Venise ; Frédéric se prosterna devant Alexandre et lui tint l'étrier avant et après l'office, mais le sermon du Saint-Père vanta l'avantage de la coopération des deux pouvoirs. L'excommunication de Frédéric était levée sans qu'il ait été contraint à se comporter en pénitent, Venise n'était pas un second Canossa. Les théories grégoriennes n'avaient donc pas été appliquées intégralement ; le temporel n'était pas subordonné sur tous les plans au spirituel et l'utilité de leur collaboration avait été solennellement proclamée. Ainsi cette deuxième phase du conflit du sacerdoce et de l'empire n'avait pas été close par la défaite du second ; les atouts que lui avait laissés le concordat de Worms ne lui avaient pas été repris. Les positions italiennes auxquelles Barberousse tenait tant avaient été renforcées grâce à l'acquisition, en 1178, des biens détenus par les Welf en Italie centrale. Frédéric s'était montré suffisamment souple pour fonder son autorité sur de nouvelles bases ; jadis elle reposait sur le concours des évêques ; désormais elle s'appuierait sur les vainqueurs des prélats, les citadins. En somme, la politique italienne de Barberousse se soldait par des avantages substantiels. De ce bref récit se dégage d'abord la relative modération du pape, qui excommunie l'empereur, mais n'envisage pas d'autres sanctions, qui s'allie à la Ligue lombarde et encourage fermement les villes à poursuivre jusqu'au bout la lutte, mais se réconcilie avec l'adversaire sans intervenir réellement pour faire aboutir les revendications italiennes. Cette attitude, qui est due à la conjoncture, correspond aussi à une doctrine des relations de l'Église et de l'État selon laquelle les deux pouvoirs doivent étroitement collaborer, parce qu'ils sont l'un et l'autre responsables du maintien de la paix et parce que leur entraide permanente est une condition nécessaire au progrès religieux et au salut de la société. Le pape ne dépose pas l’empereur parce que la déposition serait une mesure politique arrêtée en considération d'une faute religieuse (et aussi en considération d'un acte politique, car la convocation du concile est liée à la réalisation du programme italien de l'empereur) et parce qu'il estime ne pas avoir le droit de le faire. Pour Alexandre III, le pape, vicaire de Pierre, a d'abord et avant tout la plénitude du pouvoir ecclésiastique et religieux et il ne peut pas intervenir, sans justification religieuse, dans le domaine reconnu au pouvoir civil. Et pourtant, apparemment, il le fait lorsqu'en 1170, craignant que certaines cités de la Ligue lombarde ne sortent de l'alliance et ne portent ainsi un coup à la résistance contre Barberousse, il adresse aux consuls de ces communes une lettre - la bulle Non est dubium - dans laquelle il annonce sa détermination à frapper d'excommunication ceux qui rompraient l'union ou formeraient une autre association (pour se ranger du côté de l'empereur) et de censures ecclésiastiques ceux qui désobéiraient aux dirigeants (recteurs) de la Ligue. Le raisonnement qui est à l'arrière-plan de la démarche, dont on retrouve les arguments épars en d'autres textes, est clair. L’empereur, par son entreprise en Italie, menace la liberté de l'Église parce qu'il porte atteinte à celle du Saint-Siège établi dans la péninsule que la Ligue lombarde défend. Il en résulte que la liberté de l’Italie, pour laquelle luttent politiquement et militairement les villes de Lombardie, devient une « chose sacrée » parce qu'elle est indispensable à la liberté de la Papauté, assimilée à celle de l'Église, et parce que le pape, vicaire de Pierre, a reçu la mission, religieuse dans son essence, de maintenir et de promouvoir cette liberté. C'est la raison pour laquelle, lorsque, lors des négociations de Venise l'empereur adhère à Alexandre III et met fin au schisme, ce qui entraîne automatiquement la levée de l'excommunication, le pontife considère qu'il ne menace plus sa liberté et ne porte plus préjudice à celle de l'Église. D'où il s'ensuit que la liberté de l'Italie cesse d'être une « chose sacrée », ce qui permet de ne pas exiger qu'il donne satisfaction aux revendications politiques des cités et de se contenter de favoriser la conclusion d'une trêve. La démarche, qui peut sembler cynique et égoïstement politique, est tout à fait cohérente et en conformité avec la réflexion doctrinale. La thèse dualiste, déjà exposé par Rufin, ne pouvait pas cependant, dans le contexte du temps, compte tenu de l'apaisement de la querelle du Sacerdoce et de l'Empire en 1177 et de la conviction qu'avaient l'empereur et les rois d'être obligés de collaborer au salut des âmes, aboutir à l'indépendance réelle du politique, ce que récusaient d'ailleurs aussi les ecclésiastiques. Huguccio, l’un des plus grands canoniste de l’époque, affirme que, s'il a été dit (par Grégoire VII entre autres) que le pape a reçu « les droits de l'Empire terrestre autant que céleste », cela signifie seulement, contrairement à ce que l'on a voulu entendre, qu'il a le plein pouvoir spirituel. Il déclare donc qu'on ne peut pas tirer de là, pas plus que du symbole des deux glaives, la capacité pour le pontife de « faire l'empereur », de même que celui-ci n'a pas à intervenir dans l'élection pontificale. Concile Latran III (1179). En trois sessions, du 5 au 19 (ou 22) mars 1179, les Pères votèrent vingt-sept chapitres, décrétant que pour l’élection d’un pape une majorité des deux tiers était nécessaire.