Le fils de Rodolphe, Albert de Habsbourg, gardait présents à l'esprit les efforts que son père avait fournis, en vain, pour faire de sa famille une nouvelle stirps regia. Il y avait une revanche à prendre ; il fallait qu'au plus vite, avec la couronne impériale, Albert obtint le droit de faire élire son fils roi des Romains et qu'ainsi fût assurée la continuité de la dynastie. Il savait qu'il n'atteindrait pas facilement ce but. Boniface VIII, à qui les électeurs s'étaient contentés d'annoncer la désignation d'un souverain et s'étaient bien gardés de dire dans quelles circonstances la succession d'Adolphe s'était ouverte, avait fini par apprendre la vérité ; furieux d'avoir été trompé, il fit une scène terrible aux représentants venus d'Allemagne ; la couronne impériale sur la tête, l'épée au côté, il hurla : « César, c'est moi ; c'est moi qui suis l'empereur ! » Qu'Albert fût l'allié de Philippe le Bel n'était pas fait pour lui attirer la sympathie du pontife qui, en décembre 1301 dans la bulle Ausculta fili, avait enjoint au Très-Chrétien de venir à Rome où de graves accusations avaient été portées contre lui. Le roi des Romains tenait plus à la couronne impériale qu'à l'amitié de la France ; il consentit donc à prêter le serment que Boniface VIII exigea de lui, un serment qui rappelait fâcheusement celui que prononçaient les officiers pontificaux chargés d'administrer le patrimoine de Saint-Pierre. En plus, Albert dut promettre de ne pas désigner dans les cinq ans à venir un vicaire en Toscane sans l'accord du Saint-Siège et, bien entendu, de rompre ses liens avec Philippe le Bel. Humiliation que les historiens reprocheront sévèrement au roi des Romains plus tard. Humiliation sans lendemain, puisqu'elle était intervenue le 18 août 1303 ; le 7 septembre, les événements d'Anagni brisèrent les énergies vitales de Boniface, qui mourut le 11 octobre suivant. Pour Albert, tout était à recommencer. Mais il fut assassiner dans un coup de folie, tout près du berceau de la dynastie, le château de Habsbourg, en mai 1308. Ce règlement de compte familial interrompit brutalement l'oeuvre d'un souverain qui aurait pu, sans doute, restituer à la fonction royale l'autorité dont elle avait été dépouillée par les malheurs de Frédéric II et dont Rodolphe ler n'avait pu que passagèrement raviver l'éclat. Les électeurs étaient redevenus les maîtres du jeu.

Tout au cours de ces conflits et en d'autres occasions, Boniface VIII expose une doctrine qui apparaît pleinement théocratique et qu'il formule en des expressions fracassantes et exaltées. C'est ainsi que, les princes allemands ayant déposé Adolphe de Nassau et désigné à sa place comme roi de Germanie Albert d'Autriche, il leur adresse le 13 mai 1300 une lettre très ferme pour déclarer que c'est de l'Église romaine qu'ils tiennent leur privilège d'élire et que c'est parce qu'elle le veut bien qu'ils peuvent choisir un roi, car, en droit, la concession du pouvoir n'appartient qu'à elle. C'est là une prétention tout à fait contraire à la doctrine d'Innocent III et même d'Innocent IV et de ses successeurs qui, pendant le Grand Interrègne (1250-1273), n'ont jamais envisagé de désigner eux-mêmes le roi de Germanie empereur, mais se sont toujours adressés à ce sujet aux princes électeurs pour les inciter ou les freiner selon les circonstances. Tout cela exalte finalement la totale reductio ad unum et l'unique souveraineté du pontife romain, à partir d'une réflexion qui est moins dans la tradition d'Innocent IV que dans celle de la théocratie grégorienne et qui contient, comme celle-ci, une appréciation pessimiste de l'État, qui, s'il n'est pas intégré à l'Église, est une institution diabolique, oeuvre du Mal, et l'est donc en soi.

Gilles de Rome bien que proche de la cour, se montre un ardent défenseur de la théocratie. Il proclame la prééminence spirituelle et temporelle du pape et la direction souveraine des deux domaines par l'Église romaine selon les arguments les plus courants. Pour Jacques de Viterbe, l'Église a une double juridiction, sacerdotale d'une part (conférer les sacrements, célébrer les offices, prêcher), royale d'autre part (juger, punir, administrer). Ces pouvoirs royaux et sacerdotaux sont exercés par tous les prélats, mais, en réalité ils n'appartiennent qu'au Christ, sinon l'Eglise ne serait pas une, sainte, catholique et apostolique. Seul les possède donc le pape, vicaire du Christ, qui réalise ici-bas, par sa fonction non par sa personne, cette unité, cette sainteté, cette catholicité, cette apostolicité.