Créés en 1933 pour accueillir les opposants au régime, les camps de concentration, qui s’étaient sensiblement vidés en 1939, à la mobilisation, virent leur importance s’accroître avec la guerre. On y rassembla, outre les Allemands, les antifascistes et les Juifs des territoires occupés: en même temps, les camps changèrent de fonction. Baptisés d’abord camps de rééducation, ils devinrent des camps de travail, chargés de fournir une main-d’œuvre à bon marché à un certain nombre d’entreprises industrielles, et des camps d’extermination.

Les camps de concentration se muent, à partir de 1942 surtout, en énormes métropoles de la mort. Placés sous l’autorité d’officiers S.S. qui logent dans des villas situées hors du camp, ils sont construits sur un modèle identique à partir de 1936 et organisés selon un système hiérarchisé; les S.S., peu nombreux, en assurent la garde et la direction. Mais à l’intérieur ils placent, à la tête des baraques, des blocs, des chambrées, des internés, le plus souvent des condamnés de droit commun: les Kapos. 

Rasés et vêtus de défroques rayées, les internés reçoivent à leur arrivée au camp un numéro et des signes distinctifs suivant leur nationalité et la cause de leur internement. Livrés à l’arbitraire des kapos, soumis à des châtiments corporels, sous-alimentés, privés d’hygiène, entassés dans des baraquements sommaires, astreints à des besognes épuisantes, pas ou mal soignés, les déportés meurent par milliers. Ceux qui survivent le doivent souvent aux organisations de solidarité, créées la plupart du temps à l’initiative des communistes, qui forment le gros des déportés politiques et qui, comme à Buchenwald, libéreront le camp peu avant l’arrivée des troupes alliées.

L’antisémitisme chez les hitlériens a des fondements idéologiques et est utilisé à des fins politiques. Le IIIe Reich n’est pas, en Allemagne, l’inventeur de l’antisémitisme: il s’est borné à reprendre des idées largement répandues en les systématisant (voir les pages sur l'antisémitisme au Moyen Age).

Hitler voyait dans le Juif (personnage imaginaire et abstrait, doté de toutes les tares physiques, intellectuelles et morales) le responsable de tous les maux dont souffrent les nations et d’abord l’Allemagne. Au Juif, on oppose l’Aryen, personnage mythique lui aussi, porteur de civilisation supérieure, citoyen idéal du IIIe Reich.

Cette distinction s’exprime, dès les premiers textes programmatiques du national-socialisme, dans la notion d’un peuple allemand composé de Volksgenossen , c’est-à-dire d’individus «de sang allemand». Tous ceux qui sont de sang «étranger» ne sauraient faire partie de la communauté nationale et peuvent donc à tout moment en être expulsés.

Avant la prise du pouvoir, les Juifs sont, avec les marxistes, la catégorie politico-sociale sur laquelle les nationaux-socialistes tentent de polariser les mécontentements et qu’ils rendent responsables de toutes les misères. Jusqu’à la guerre une série de lois écartent les Juifs allemands de toutes les fonctions publiques et les contraignent à émigrer, parfois contre le versement d’une véritable rançon. Les persécutions ont lieu par à-coups en fonction de la conjoncture politique; ainsi, le meurtre à Paris du conseiller d’ambassade von Rath est le prétexte et l’occasion d’un véritable pogrom organisé par Goebbels et Himmler (Nuit de cristal, nov. 1938).

Avec l’approche de la guerre, les Juifs sont astreints au port de l’étoile jaune et ils n’ont plus le droit de quitter le Reich. La persécution antisémitique prend une autre dimension avec l’occupation de la Pologne. Les Juifs polonais sont d’abord regroupés dans des ghettos. Lors de l’invasion de l’Union soviétique, des commandos S.S., opérant sur les arrières de la Wehrmacht, procèdent à l’exécution d’une grande partie de la population juive (camions spéciaux où l’on asphyxie les Juifs raflés). Mais il n’existait pas jusqu’alors de plan global d’extermination.

Les grandes lignes de ce plan furent arrêtées au cours d’une conférence qui se tint le 20 janvier 1942 près de Berlin, sous la présidence de Reinhard Heydrich, adjoint de Himmler. Le procès-verbal précise: «La solution finale [Endlösung ] du problème juif en Europe sera appliquée à 11 millions de personnes environ.»

Dès lors, sous la direction d’Adolf Eichmann, l’Europe entière va être ratissée, les Juifs raflés méthodiquement, et envoyés pour la plupart au camp d’Auschwitz où ils seront exterminés. Selon le directeur du camp, R. Höss, 3 millions de déportés auraient péri à Auschwitz jusqu’au 1er décembre 1943: 500 000 de maladie ou d’épuisement, 2 500 000 exécutés, la plupart asphyxiés à l’aide du gaz Zyklon B fourni par l’I.G. Farben. Comme dans tous les camps, les corps des suppliciés étaient ensuite brûlés dans des fours crématoires (voir le dossier La solution finale).

Himmler, qui avait la responsabilité de ces massacres, poursuivait, parallèlement à la destruction des races dites inférieures (Juifs, Tsiganes...) et à l’anéantissement des ennemis politiques (exécution des commissaires politiques de l’armée soviétique et de nombreux prisonniers de guerre russes, extermination plus ou moins rapide des antifascistes déportés), la sélection des futurs cadres du parti qu’il opérait selon des critères biologiques, d’ailleurs mal définis («pureté» du sang), et idéologiques: «Les S.S. doivent être honnêtes, corrects, fidèles et bons camarades vis-à-vis de ceux qui sont de notre sang, mais envers personne d’autre.» Dans des établissements spéciaux (Napolas ), Himmler se proposait «de fournir en l’espace de vingt ou trente ans les cadres dirigeants pour l’Europe entière» et de repousser «en vingt ans la frontière de la germanité de 500 kilomètres vers l’est» (discours de Posen, 4 oct. 1943).

On estime à près de douze millions au total le nombre des victimes de diverses nationalités qui périrent dans les bagnes, les camps de concentration et d’extermination du IIIe Reich (voir le dossier La solution finale).